当前解析结果
SmilChr08G000046| 统一基因 ID | SmilChr08G000046 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G000046 |
| 描述 | pelargonidin 3-O-(6-caffeoylglucoside) 5-O-(6-O-malonylglucoside) 4'''-malonyltransferase-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 292882 - 293694 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130996986 |
|---|---|
| GeneID | 130996986 |
| locus_tag | - |
| NCBI 名称 | LOC130996986 |
| 原始查询 | LOC130996986 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | pelargonidin 3-O-(6-caffeoylglucoside) 5-O-(6-O-malonylglucoside) 4'''-malonyltransferase-like |
| 产物 | pelargonidin 3-O-(6-caffeoylglucoside) 5-O-(6-O-malonylglucoside) 4'''-malonyltransferase-like |
| 拟南芥 | AT4G15390 (AT4G15390)HXXXD-type acyl-transferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827205] identity=29.92; qcov=0.878; evalue=7.61e-28; confidence=low |
| 水稻 | Os02g0611800 (OsHCT2)- identity=32.8; qcov=0.444; evalue=4.59e-15; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02458 (Transferase) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130996986 |
预测得分表示模型支持程度,不能作为定位概率;所有候选均需实验验证。
当前结果已使用全部46,325条核基因组蛋白的完整原生特征重算。逐条核验39×39×7 PROFEAT、1280维ESM2、整条序列及五组模型的定位判定;当前模型、阈值文件和执行种子有记录。历史缓存及历史执行版本仍未确认。结果为计算候选,预测得分表示模型支持程度,不是校准概率,也不代表实验确认或已建立的预测准确率。模型含部分动物相关标签,应谨慎解读其在植物中的适用性。 四舍五入后概率与阈值相等的481条记录已按未舍入模型值再次复核,原始投票全部一致。
| 排序 | 定位位置 | 预测得分 | 蛋白 ID |
|---|---|---|---|
| 1 | 细胞质 | 1.00000 | XP_057778249.1 |
| 2 | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057778249.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | 参考等位基因 | 变异等位基因 | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:292966 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B10,C73 |
Chr8:293049 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D3 |
Chr8:293063 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B117,B120,B3,D8 |
Chr8:293085 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 9 | B138,B14,B32,B36,B66,B73,C19,C58,C72 |
Chr8:293094 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B25 |
Chr8:293098 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B25 |
Chr8:293111 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B5 |
Chr8:293130 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B61,B8,C24,C4 |
Chr8:293153 |
C |
CG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 9 | B110,B27,B3,B5,B58,C23,C44,C46,C80 |
Chr8:293158 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B119,B24 |
Chr8:293167 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A20,B65 |
Chr8:293179 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B44,C9 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057778249.1PF02458
Transferase 3-227 aa
| 蛋白 ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | 得分 | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057778249.1 |
Pfam | PF02458 |
Transferase | Family | 3 | 227 | 3e-36 | 125.7 | Transferase family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。