当前解析结果
SmilChr08G000505| 统一基因 ID | SmilChr08G000505 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G000505 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr08G000505 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 3685949 - 3689222 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130997139 |
|---|---|
| GeneID | 130997139 |
| locus_tag | - |
| NCBI 名称 | LOC130997139 |
| 原始查询 | LOC130997139 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os04g0357300; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os04g0357300; species=rice; confidence=low |
| 拟南芥 | AT5G28780 (AT5G28780)PIF1 helicase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832993] identity=36.05; qcov=0.246; evalue=1.17e-41; confidence=weak |
| 水稻 | Os04g0357300- identity=49.21; qcov=0.43; evalue=9.82e-140; confidence=low |
| GO | GO:0000723 (telomere maintenance); GO:0003678 (DNA helicase activity); GO:0006281 (DNA repair) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF05970 (PIF1); PF13604 (AAA_30); PF14214 (Helitron_like_N); PF21530 (Pif1_2B_dom) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130997139 |
预测得分表示模型支持程度，不能作为定位概率；所有候选均需实验验证。
当前结果已使用全部46,325条核基因组蛋白的完整原生特征重算。逐条核验39×39×7 PROFEAT、1280维ESM2、整条序列及五组模型的定位判定；当前模型、阈值文件和执行种子有记录。历史缓存及历史执行版本仍未确认。结果为计算候选，预测得分表示模型支持程度，不是校准概率，也不代表实验确认或已建立的预测准确率。模型含部分动物相关标签，应谨慎解读其在植物中的适用性。 四舍五入后概率与阈值相等的481条记录已按未舍入模型值再次复核，原始投票全部一致。
| 排序 | 定位位置 | 预测得分 | 蛋白 ID |
|---|---|---|---|
| 1 | 细胞核 | 1.00000 | XP_057778382.1 |
| 2 | 端粒 | 0.60000 | XP_057778382.1 |
| 3 | 染色体 | 0.40000 | XP_057778382.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | 参考等位基因 | 变异等位基因 | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:3685966 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B82,C10,C7,D3,D6 |
Chr8:3685971 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B25,B75,C33,C36,C62 |
Chr8:3685972 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B1,B24,B74,C33 |
Chr8:3685977 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B105,B35,B42 |
Chr8:3685996 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C5,C57,C61 |
Chr8:3686020 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 13 | B119,B124,B136,B61,B64,B75,B91,C28,C4,C49,C54,D1,D10 |
Chr8:3686264 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A19,B137,B61,B83 |
Chr8:3686285 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B64,B91,C37,D9 |
Chr8:3686434 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 48 | A11,A4,A7,B117,B118,B121,B123,B126,B127,B128,B132,B134,B135,B41,B46,B50,B51,B60,B74,B76,B83,B90,B98,C1,C2,C21,C27,C34,C37,C44,C46,C48,C49,C53,C55,C56,C58,C59,C61,C63,C67,C69,C70,C79,C83,C85,D8,D9 |
Chr8:3686451 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B34 |
Chr8:3686453 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B13,B47,B93 |
Chr8:3686455 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C3,D10 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057778382.1PF14214
Helitron_like_N 14-134 aa
PF13604
AAA_30 577-736 aa
PF05970
PIF1 577-779 aa
PF21530
Pif1_2B_dom 870-912 aa
| 蛋白 ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | 得分 | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057778382.1 |
Pfam | PF14214 |
Helitron_like_N | Domain | 14 | 134 | 9.2e-43 | 147.4 | Helitron helicase-like domain at N-terminus |
XP_057778382.1 |
Pfam | PF13604 |
AAA_30 | Domain | 577 | 736 | 5e-07 | 30.4 | AAA domain |
XP_057778382.1 |
Pfam | PF05970 |
PIF1 | Family | 577 | 779 | 2.3e-67 | 227.6 | PIF1-like helicase |
XP_057778382.1 |
Pfam | PF21530 |
Pif1_2B_dom | Domain | 870 | 912 | 2.1e-17 | 63.3 | DNA helicase Pif1, 2B domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。