Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及有 accession 序列支持的文献基因名查询；公开文献名称仅收录身份已有序列证据的记录。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G003070`

染色体: Chr08 坐标: 30880101-30884661 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一基因 ID	`SmilChr08G003070`
名称	SmilChr08G003070
描述	DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 42-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	30880101 - 30884661 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130997624`
GeneID	`130997624`
locus_tag	`-`
NCBI 名称	`LOC130997624`
原始查询	`LOC130997624`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 42-like
产物	DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 42-like
拟南芥	`AT1G20920` (AT1G20920) P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838685] identity=72.57; qcov=0.835; evalue=0.0; confidence=high
水稻	`Os08g0159900` (PRP5) - identity=69.2; qcov=0.776; evalue=0.0; confidence=high
GO	GO:0000398 (mRNA splicing, via spliceosome); GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0003724 (RNA helicase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005634 (nucleus)
KEGG	smil03040 (Spliceosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00270 (DEAD); PF00271 (Helicase_C); PF23469 (KH_12)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130997624

打开注释模块

亚细胞定位候选（最多五项）

预测得分表示模型支持程度，不能作为定位概率；所有候选均需实验验证。

方法与数据说明

当前结果已使用全部46,325条核基因组蛋白的完整原生特征重算。逐条核验39×39×7 PROFEAT、1280维ESM2、整条序列及五组模型的定位判定；当前模型、阈值文件和执行种子有记录。历史缓存及历史执行版本仍未确认。结果为计算候选，预测得分表示模型支持程度，不是校准概率，也不代表实验确认或已建立的预测准确率。模型含部分动物相关标签，应谨慎解读其在植物中的适用性。四舍五入后概率与阈值相等的481条记录已按未舍入模型值再次复核，原始投票全部一致。

排序	定位位置	预测得分	蛋白 ID
1	细胞核	1.00000	`SmilChr08G003070.1`
2	核质	0.40000	`SmilChr08G003070.1`
3	核斑	0.20000	`SmilChr08G003070.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	参考等位基因	变异等位基因	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:30880698`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B68
`Chr8:30880910`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr8:30880927`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B10
`Chr8:30880930`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C87
`Chr8:30880948`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B67
`Chr8:30881011`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B84
`Chr8:30881338`	`T`	`TAC`	2bp_insertion	frameshift_variant	4	A18,B17,C18,C45
`Chr8:30881338`	`T`	`TAC`	2bp_insertion	CDS_variant	4	A18,B17,C18,C45
`Chr8:30881715`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B35,B42,B43,B77
`Chr8:30881794`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A19
`Chr8:30882122`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C5
`Chr8:30882450`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B102,B4,B73,C29,C31

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

SmilChr08G003070.1

来源蛋白: XP_057778992.1

1147 aa

574

1147

DEAD

Helicase_C

KH_12

PF00270 DEAD 539-710 aa PF00271 Helicase_C 750-856 aa PF23469 KH_12 1049-1127 aa

SmilChr08G003070.2

来源蛋白: XP_057778993.1

1147 aa

574

1147

DEAD

Helicase_C

KH_12

PF00270 DEAD 539-710 aa PF00271 Helicase_C 750-856 aa PF23469 KH_12 1049-1127 aa

蛋白 ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	得分	说明
`SmilChr08G003070.1` XP_057778992.1	Pfam	`PF00270`	DEAD	Domain	539	710	4.7e-52	176.8	DEAD/DEAH box helicase
`SmilChr08G003070.1` XP_057778992.1	Pfam	`PF00271`	Helicase_C	Domain	750	856	1.3e-30	106.5	Helicase conserved C-terminal domain
`SmilChr08G003070.1` XP_057778992.1	Pfam	`PF23469`	KH_12	Domain	1049	1127	2.6e-15	57.1	KH-domain
`SmilChr08G003070.2` XP_057778993.1	Pfam	`PF00270`	DEAD	Domain	539	710	4.7e-52	176.8	DEAD/DEAH box helicase
`SmilChr08G003070.2` XP_057778993.1	Pfam	`PF00271`	Helicase_C	Domain	750	856	1.3e-30	106.5	Helicase conserved C-terminal domain
`SmilChr08G003070.2` XP_057778993.1	Pfam	`PF23469`	KH_12	Domain	1049	1127	2.6e-15	57.1	KH-domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。蛋白及对应 CDS 使用“基因 ID.序号”；序号在当前参考发布内固定，来源 accession 同时保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057923009.1
AATTACTTTAATGGGCAATTGAAAAAATAAAAAAATGACCTTTTACCCCCTTTGCACCCTGACTTCCATTTTCCTAAACCTGAAAACATCTGCAAAATTCCCATCAAAATCCAATCCAATCCAATCTAGGTTTAATTCTGCCTCAAATTCTACTCGACTTCTCCTCACATGACTGTCATGGCGCCTCCCGCCCCAAATGAGGGAGAATACGCACGCGTGCGCGTTTTGTGTGTGTTTTTTGCTCTGTTTCTGTGAGAGAA...

XM_057923010.1
TTTACCCCCTTTGCACCCTGACTTCCATTTTCCTAAACCTGAAAACATCTGCAAAATTCCCATCAAAATCCAATCCAATCCAATCTAGGTTTAATTCTGCCTCAAATTCTACTCGACTTCTCCTCACATGACTGTCATGGCGCCTCCCGCCCCAAATGAGGTCTAGTTATAAAGAAAAGAGAGAAGCATAGTTTTCCTTTTAAACGGAACCCTAAACCGCCCGTGAGTAGAACGCCGGCGTCCTCCGCCGTTGATCTCCG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

SmilChr08G003070.1 (XP_057778992.1)
ATGGAAGAACCTAAAAGCAAGTCTAGGAGGGAGGGCTCTGAAAATGAGGAAGTGAAAGTAAGTCACCATAGAGAGGATCGAAAGCGTGAAAAAGAGAGGAATGGTGAGAGGCACAAGGACAGGGACAGGGACAGGGACAGGGACAGGGACCGCGATAGTCGCCACGAGAGAGAAAAGAGTGTTGATGACAAGCACAGGGACAGAGAAAAACACAAGTCGAAGCGTCGTGACAAGGAACAAGAACAGGAGAGAGCCAGGAA...

SmilChr08G003070.2 (XP_057778993.1)
ATGGAAGAACCTAAAAGCAAGTCTAGGAGGGAGGGCTCTGAAAATGAGGAAGTGAAAGTAAGTCACCATAGAGAGGATCGAAAGCGTGAAAAAGAGAGGAATGGTGAGAGGCACAAGGACAGGGACAGGGACAGGGACAGGGACAGGGACCGCGATAGTCGCCACGAGAGAGAAAAGAGTGTTGATGACAAGCACAGGGACAGAGAAAAACACAAGTCGAAGCGTCGTGACAAGGAACAAGAACAGGAGAGAGCCAGGAA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

SmilChr08G003070.1 (XP_057778992.1)
MEEPKSKSRREGSENEEVKVSHHREDRKREKERNGERHKDRDRDRDRDRDRDSRHEREKSVDDKHRDREKHKSKRRDKEQEQERARNHDDERPRDKAKGREKDKDDREVDRDREDREKEKERGRDRDRGRDKEREREKERERERERHVERERERERERRERARDRERERKERERKHEKEKRRDRDRSHSSDEDVKDHERKKRKKEEDHQTRDSEQNSKANRHRDGSEDNSSRKKGDGDSEDKKEKSWGGDLAEEQQRLDD...

SmilChr08G003070.2 (XP_057778993.1)
MEEPKSKSRREGSENEEVKVSHHREDRKREKERNGERHKDRDRDRDRDRDRDSRHEREKSVDDKHRDREKHKSKRRDKEQEQERARNHDDERPRDKAKGREKDKDDREVDRDREDREKEKERGRDRDRGRDKEREREKERERERERHVERERERERERRERARDRERERKERERKHEKEKRRDRDRSHSSDEDVKDHERKKRKKEEDHQTRDSEQNSKANRHRDGSEDNSSRKKGDGDSEDKKEKSWGGDLAEEQQRLDD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器