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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003253

染色体: Chr08 坐标: 33492583-33495425 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003253
名称SmilChr08G003253
描述uncharacterized SmilChr08G003253
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向33492583 - 33495425 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997824
GeneID130997824
locus_tag-
NCBI NameLOC130997824
原始查询LOC130997824

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述heparan-alpha-glucosaminide N-acetyltransferase-like protein (DUF1624) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832835]; symbol=AT5G27730; hit=AT5G27730; species=arabidopsis; confidence=high
产物heparan-alpha-glucosaminide N-acetyltransferase-like protein (DUF1624) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832835]; symbol=AT5G27730; hit=AT5G27730; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G27730 (AT5G27730)
heparan-alpha-glucosaminide N-acetyltransferase-like protein (DUF1624) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832835]
identity=57.3; qcov=0.965; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0931100
-
identity=56.8; qcov=0.973; evalue=0; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF07786 (HGSNAT_cat)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997824

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 0.60000 XP_057779243.1
2 Endoplasmic reticulum 内质网 0.40000 XP_057779243.1
3 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.40000 XP_057779243.1
4 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057779243.1
5 Vacuole membrane 液泡膜 0.20000 XP_057779243.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:33492870 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B127,B43,B51,C21,C49
Chr8:33493013 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B61
Chr8:33493083 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A6,B34,C20
Chr8:33493091 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A21,B35,C22,C4,C73
Chr8:33493152 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B104,B46,C22,C82
Chr8:33493414 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B100,C83
Chr8:33494134 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C49
Chr8:33494154 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 C12
Chr8:33494154 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 C12
Chr8:33494298 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B124,C31
Chr8:33494352 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 D10,D11
Chr8:33494877 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 1 C44

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779243.1
485 aa
N
1
242
485
HGSNAT_cat
C
PF07786 HGSNAT_cat 52-192 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057779243.1 Pfam PF07786 HGSNAT_cat Domain 52 192 1.4e-06 28.7 Heparan-alpha-glucosaminide N-acetyltransferase, catalytic

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923260.1
ATAAAAATAAGAATGAAGTATAGCTGGATTGGAGGATCAACTTTAATTTGTACGCATATGGATTTGTTGTAACAACAGCCTTTGTTTTGTCCGAGTTGAATCCGATGTCGGACCCCAGCCATGGCCGGCCCTGAATTCAGAGATTCAAAAAAGTTGGAGGAGGGGTTTGGAGCGGGCCCACAAAATGAAGAGCCTGAGGGAAAGAGAGATGCAGAGGATATTAGCAATGAGGCTGAGATTAAGACATCAGAGGTGCAGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130997824
ATGGCCGGCCCTGAATTCAGAGATTCAAAAAAGTTGGAGGAGGGGTTTGGAGCGGGCCCACAAAATGAAGAGCCTGAGGGAAAGAGAGATGCAGAGGATATTAGCAATGAGGCTGAGATTAAGACATCAGAGGTGCAGCCATTGAAGAGCAAGAGAGTTGCAACCTTGGATGCCTTTAGAGGGCTCACCATAGTGTTGATGATACTCGTAGATGATGCTGGAGGGGCGTATGCACGCATTGATCATTCGCCATGGAATGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779243.1
MAGPEFRDSKKLEEGFGAGPQNEEPEGKRDAEDISNEAEIKTSEVQPLKSKRVATLDAFRGLTIVLMILVDDAGGAYARIDHSPWNGCTLADFVMPFFLFIVGVAIALALKRIPKVSLAIRKVILRTLKLLFWGVLLQGGYSHAPDDLSYGVDMKLIRWCGILQRIALVYFIVALIEILTIKIRPTTLKPAHFSIFSAYRWQWLGGFAAFVIYMVTTFSLYVPDWSFVLHEHHKSERYYVKCGMRGHLGPACNAVGYVDR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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