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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003387

染色体: Chr08 坐标: 35610812-35614781 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003387
名称SmilChr08G003387
描述enolase
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向35610812 - 35614781 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997935
GeneID130997935
locus_tag-
NCBI NameLOC130997935
原始查询LOC130997935

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述enolase
产物enolase
ArabidopsisAT2G36530 (LOS2)
Enolase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818226]
identity=90.5; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0248600 (OsEno2)
-
identity=88.3; qcov=0.998; evalue=0; confidence=high
GOGO:0000015 (phosphopyruvate hydratase complex); GO:0000287 (magnesium ion binding); GO:0004634 (phosphopyruvate hydratase activity); GO:0006096 (glycolytic process)
KEGGsmil00010 (Glycolysis / Gluconeogenesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01200 (Carbon metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01230 (Biosynthesis of amino acids - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil03018 (RNA degradation - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04820 (Cytoskeleton in muscle cells - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00113 (Enolase_C); PF03952 (Enolase_N); PF13378 (MR_MLE_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997935

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057779352.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057779352.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057779352.1
4 Melanosome Melanosome 0.20000 XP_057779352.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057779352.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:35611115 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr8:35611371 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B56
Chr8:35613598 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 12 A3,B115,B118,B137,B41,B44,C11,C24,C53,C61,C67,D4
Chr8:35613602 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 12 A3,B115,B118,B137,B41,B44,C11,C24,C53,C61,C67,D4
Chr8:35613640 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41
Chr8:35613700 CCA C 2bp_deletion frameshift_variant 44 A10,A19,A20,A3,A9,B103,B105,B108,B109,B115,B118,B130,B137,B23,B24,B32,B37,B40,B41,B44,B5,B55,B69,B71,B75,B99,C11,C12,C19,C20,C24,C28,C42,C46,C5,C51,C53,C58,C61,C67,C70,C71,D4,D8
Chr8:35613705 A AGC 2bp_insertion frameshift_variant 44 A10,A19,A20,A3,A9,B103,B105,B108,B109,B115,B118,B130,B137,B23,B24,B32,B37,B40,B41,B44,B5,B55,B69,B71,B75,B99,C11,C12,C19,C20,C24,C28,C42,C46,C5,C51,C53,C58,C61,C67,C70,C71,D4,D8
Chr8:35613721 GTA G 2bp_deletion frameshift_variant 26 A10,A20,A3,B103,B108,B109,B115,B118,B130,B137,B24,B32,B40,B44,B5,B55,B71,C12,C28,C42,C5,C53,C58,C61,C67,C70
Chr8:35613726 C CCA 2bp_insertion frameshift_variant 25 A10,A20,A3,B103,B108,B109,B115,B118,B130,B137,B24,B32,B40,B44,B5,B55,B71,C12,C28,C42,C5,C53,C58,C61,C70
Chr8:35613888 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B16,B69
Chr8:35613900 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B69
Chr8:35613915 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B69

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779352.1
444 aa
N
1
222
444
Enolase_N
Enolase_C
MR_MLE_C
C
PF03952 Enolase_N 4-139 aa PF00113 Enolase_C 148-439 aa PF13378 MR_MLE_C 292-401 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057779352.1 Pfam PF03952 Enolase_N Domain 4 139 4e-55 186.3 Enolase, N-terminal domain
XP_057779352.1 Pfam PF00113 Enolase_C Domain 148 439 3.1e-157 523.1 Enolase, C-terminal TIM barrel domain
XP_057779352.1 Pfam PF13378 MR_MLE_C Domain 292 401 6.1e-08 33.4 Enolase C-terminal domain-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923369.1
AAGTCATTTTGCAGTTTTCGACACAGTCGATGAAACTTGAAAGCACACAGATTTAGTCAGATTAATTTCTTGTCGCCCAAACAAAACCTTAATTTCCAATCTCATCTAAATCAACGGCTCTAAATAGCACCAACCTCCTCTACAAATACACGCCCATTTTCTTCTCCGCCTTCTATATCGTCAAAAGCATCACTCTACCCTTTTCTCTCTACTTTAAACCTCTCTCTCGCTCTAGATCTAATTTATCTCCGAAATGGCCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130997935
ATGGCCACTATCAAGAGCATCAAGGCCCGTCAGATCTTCGACAGTCGTGGCAATCCTACAGTCGAGGTTGATGTGCTTACATCCAATGGAGTGTTTGCTAGAGCTGCCGTTCCTAGTGGCGCATCCACTGGAATTTATGAGGCTCTTGAACTGAGGGATGGAGGATCCGACTACCTCGGCAAGGGTGTCTCAAAGGCTGTTAACAACGTCAACAGTATCATTGCACCTGCCCTTGTTGGAAAGGACCCAACAGATCAAAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779352.1
MATIKSIKARQIFDSRGNPTVEVDVLTSNGVFARAAVPSGASTGIYEALELRDGGSDYLGKGVSKAVNNVNSIIAPALVGKDPTDQTGIDNFMVHQLDGTQNEWGWCKQKLGANAILAVSLAVCKAGAAVLNIPLYKHIANLAGNKNMVLPVPAFNVINGGSHAGNKLAMQEFMILPIGASSFKEAMKMGVEVYHHLKAVIKKKYGQDATNVGDEGGFAPNIQENKEGLELLKTAIAKAGYTDKVVIGMDVAASEFYGED...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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