同源 qcov 为最佳单个 HSP 在查询序列上的坐标跨度/序列长度;置信度是规则分级,不是已验证的正交关系。

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及有 accession 序列支持的文献基因名查询;公开文献名称仅收录身份已有序列证据的记录。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000960

染色体: Chr08 坐标: 7156054-7156876 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一基因 IDSmilChr08G000960
名称SmilChr08G000960
描述serine carboxypeptidase-like 47
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向7156054 - 7156876 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998002
GeneID130998002
locus_tag-
NCBI 名称LOC130998002
原始查询LOC130998002

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述serine carboxypeptidase-like 47
产物serine carboxypeptidase-like 47
拟南芥AT3G45010 (scpl48)
serine carboxypeptidase-like 48 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823636]
identity=58.14; qcov=0.982; evalue=1.54e-88; confidence=high
水稻Os02g0114200 (CBP3)
-
identity=57.48; qcov=0.982; evalue=1.83e-85; confidence=high
GOGO:0004185 (serine-type carboxypeptidase activity); GO:0005773 (vacuole); GO:0006508 (proteolysis)
KEGG-
PfamPF00450 (Peptidase_S10)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998002

打开注释模块

亚细胞定位候选(最多五项)

预测得分表示模型支持程度,不能作为定位概率;所有候选均需实验验证。

方法与数据说明

当前结果已使用全部46,325条核基因组蛋白的完整原生特征重算。逐条核验39×39×7 PROFEAT、1280维ESM2、整条序列及五组模型的定位判定;当前模型、阈值文件和执行种子有记录。历史缓存及历史执行版本仍未确认。结果为计算候选,预测得分表示模型支持程度,不是校准概率,也不代表实验确认或已建立的预测准确率。模型含部分动物相关标签,应谨慎解读其在植物中的适用性。 四舍五入后概率与阈值相等的481条记录已按未舍入模型值再次复核,原始投票全部一致。

排序定位位置预测得分蛋白 ID
1 胞外分泌 0.80000 XP_057779424.1
2 液泡 0.80000 XP_057779424.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 参考等位基因 变异等位基因 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:7156072 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B58,C31
Chr8:7156080 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B58,C31
Chr8:7156083 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B58,C31
Chr8:7156288 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 16 A1,A23,B113,B123,B2,B22,B25,B46,C12,C44,C65,C74,C77,C8,C9,D3
Chr8:7156401 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 A23
Chr8:7156401 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 A23
Chr8:7156546 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B100,B13,B68
Chr8:7156831 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 21 A2,A9,B101,B114,B137,B24,B41,B56,B59,B7,B71,B78,B96,B99,C13,C61,C63,C67,C75,C85,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779424.1
218 aa
N
1
109
218
Peptidase_S10
C
PF00450 Peptidase_S10 16-214 aa
蛋白 ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value 得分 说明
XP_057779424.1 Pfam PF00450 Peptidase_S10 Domain 16 214 9.6e-41 141.2 Serine carboxypeptidase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923441.1
ATGAAATTGATCAACAGGGTTCAGTACTACCGCCTCGCCAGATCAGAGAAAACCTGCGAAATTAAGACAAGGGCTTGTGGCGCAAACAGTTGGTCATCAATCTGTGAAGAGGCCTACCGCATCTGCACCGGCATCTTCCATAGAATCGTTGTGTCCAAACCAGGCCTAAATTACTACGACATCCGCAAAAACTGCACCGGCTCTCTCTGCTACGACTTCTCAAACGTGGAGACTTTTCTCAACGACAAGGCGGTTCAGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
lcl|NC_080394.1_cds_XP_057779424.1_41448
ATGAAATTGATCAACAGGGTTCAGTACTACCGCCTCGCCAGATCAGAGAAAACCTGCGAAATTAAGACAAGGGCTTGTGGCGCAAACAGTTGGTCATCAATCTGTGAAGAGGCCTACCGCATCTGCACCGGCATCTTCCATAGAATCGTTGTGTCCAAACCAGGCCTAAATTACTACGACATCCGCAAAAACTGCACCGGCTCTCTCTGCTACGACTTCTCAAACGTGGAGACTTTTCTCAACGACAAGGCGGTTCAGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779424.1
MKLINRVQYYRLARSEKTCEIKTRACGANSWSSICEEAYRICTGIFHRIVVSKPGLNYYDIRKNCTGSLCYDFSNVETFLNDKAVQKALGVRDIYFVPCSSKVYELMFPDMMKNFQVGLPTLLQDGIKLLIYAGEYDLICNWLGNSRWVENMQWSGRKRFVSGKWVPFKVGGVAAGLRKSYGGLTFLKVYNAGHMVPMDQPRASLEMLRKWMQGLFDY

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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