Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及有 accession 序列支持的文献基因名查询；公开文献名称仅收录身份已有序列证据的记录。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G003088`

染色体: Chr08 坐标: 31103768-31106530 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一基因 ID	`SmilChr08G003088`
名称	SmilChr08G003088
描述	60S ribosomal protein L13-1-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	31103768 - 31106530 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998317`
GeneID	`130998317`
locus_tag	`-`
NCBI 名称	`LOC130998317`
原始查询	`LOC130998317`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	60S ribosomal protein L13-1-like
产物	60S ribosomal protein L13-1-like
拟南芥	`AT3G49010` (BBC1) breast basic conserved 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824062] identity=66.67; qcov=0.587; evalue=9.27e-32; confidence=medium
水稻	`Os06g0115500` - identity=62.07; qcov=0.623; evalue=1.93e-30; confidence=medium
GO	GO:0003723 (RNA binding); GO:0003735 (structural constituent of ribosome); GO:0005840 (ribosome); GO:0006412 (translation); GO:0022625 (cytosolic large ribosomal subunit)
KEGG	smil03010 (Ribosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF01294 (Ribosomal_L13e)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998317

打开注释模块

亚细胞定位候选（最多五项）

预测得分表示模型支持程度，不能作为定位概率；所有候选均需实验验证。

方法与数据说明

当前结果已使用全部46,325条核基因组蛋白的完整原生特征重算。逐条核验39×39×7 PROFEAT、1280维ESM2、整条序列及五组模型的定位判定；当前模型、阈值文件和执行种子有记录。历史缓存及历史执行版本仍未确认。结果为计算候选，预测得分表示模型支持程度，不是校准概率，也不代表实验确认或已建立的预测准确率。模型含部分动物相关标签，应谨慎解读其在植物中的适用性。四舍五入后概率与阈值相等的481条记录已按未舍入模型值再次复核，原始投票全部一致。

排序	定位位置	预测得分	蛋白 ID
1	细胞质	0.80000	`SmilChr08G003088.1`
2	细胞质基质	0.20000	`SmilChr08G003088.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	参考等位基因	变异等位基因	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:31103785`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A23,B102,B11,B81
`Chr8:31103932`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C39
`Chr8:31103934`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C39
`Chr8:31103935`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C54
`Chr8:31103950`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B120,B133,B40,C54
`Chr8:31103956`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B120,B133,C36
`Chr8:31103964`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B56,B96,D10,D4
`Chr8:31105671`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C39
`Chr8:31105770`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A20,A25,B37
`Chr8:31105772`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr8:31105784`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C39
`Chr8:31105786`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

SmilChr08G003088.1

来源蛋白: XP_057779728.1

138 aa

138

Ribosomal_L13e

PF01294 Ribosomal_L13e 40-116 aa

蛋白 ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	得分	说明
`SmilChr08G003088.1` XP_057779728.1	Pfam	`PF01294`	Ribosomal_L13e	Family	40	116	1.4e-11	45.3	Ribosomal protein L13e

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。蛋白及对应 CDS 使用“基因 ID.序号”；序号在当前参考发布内固定，来源 accession 同时保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057923745.1
ATGGATACTGATTATCAGAGGGAGTTGGAGAGGAAGATCGCCAGATTCAATATCACGACAACCGCGAGCAGCATCTTCACCACCACCTCCGCCGCCTGCAGCAGCAAATCTGCTAACAACCACCACAATCGCCATAGATTGAAGACATTCAAAGCTAAGCTCGTTGTCTTCCCAAGACGTGTTCGCAAGTTCAAGGCCGGCGATTCTACTCCAGAGGAGCTGGCTATAGCCACACAAGTTGTCGGTCCTTACATGCTTAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

SmilChr08G003088.1 (XP_057779728.1)
ATGGATACTGATTATCAGAGGGAGTTGGAGAGGAAGATCGCCAGATTCAATATCACGACAACCGCGAGCAGCATCTTCACCACCACCTCCGCCGCCTGCAGCAGCAAATCTGCTAACAACCACCACAATCGCCATAGATTGAAGACATTCAAAGCTAAGCTCGTTGTCTTCCCAAGACGTGTTCGCAAGTTCAAGGCCGGCGATTCTACTCCAGAGGAGCTGGCTATAGCCACACAAGTTGTCGGTCCTTACATGCTTAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

SmilChr08G003088.1 (XP_057779728.1)
MDTDYQRELERKIARFNITTTASSIFTTTSAACSSKSANNHHNRHRLKTFKAKLVVFPRRVRKFKAGDSTPEELAIATQVVGPYMLTVCEKPTMDLVKVTEEMKLFNTYDKLHLEKTNASHVGVRAKRAAEAEKEDKK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器