当前解析结果
SmilChr08G003347| 统一基因 ID | SmilChr08G003347 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G003347 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr08G003347 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 34867290 - 34868558 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130998387 |
|---|---|
| GeneID | 130998387 |
| locus_tag | - |
| NCBI 名称 | LOC130998387 |
| 原始查询 | LOC130998387 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | DNAse I-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840968]; symbol=AT1G43760; hit=AT1G43760; species=arabidopsis; confidence=low |
| 产物 | DNAse I-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840968]; symbol=AT1G43760; hit=AT1G43760; species=arabidopsis; confidence=low |
| 拟南芥 | AT1G43760 (AT1G43760)DNAse I-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840968] identity=26.57; qcov=0.618; evalue=1.03e-21; confidence=low |
| 水稻 | Os10g0351414- identity=21.8; qcov=0.917; evalue=4.95e-21; confidence=weak |
| GO | GO:0003824 (catalytic activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03372 (Exo_endo_phos); PF14529 (Exo_endo_phos_2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130998387 |
预测得分表示模型支持程度，不能作为定位概率；所有候选均需实验验证。
当前结果已使用全部46,325条核基因组蛋白的完整原生特征重算。逐条核验39×39×7 PROFEAT、1280维ESM2、整条序列及五组模型的定位判定；当前模型、阈值文件和执行种子有记录。历史缓存及历史执行版本仍未确认。结果为计算候选，预测得分表示模型支持程度，不是校准概率，也不代表实验确认或已建立的预测准确率。模型含部分动物相关标签，应谨慎解读其在植物中的适用性。 四舍五入后概率与阈值相等的481条记录已按未舍入模型值再次复核，原始投票全部一致。
| 排序 | 定位位置 | 预测得分 | 蛋白 ID |
|---|---|---|---|
| 1 | 细胞质 | 0.80000 | XP_057779789.1 |
| 2 | 细胞核 | 0.60000 | XP_057779789.1 |
| 3 | 细胞质基质 | 0.40000 | XP_057779789.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | 参考等位基因 | 变异等位基因 | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:34867315 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B23,C65 |
Chr8:34867338 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 19 | A25,A4,A5,B114,B132,B3,B63,B82,B9,C1,C15,C18,C2,C3,C32,C33,C6,C61,C86 |
Chr8:34867340 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B83 |
Chr8:34867367 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C23 |
Chr8:34867370 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B24,B34,B45,B50,B52 |
Chr8:34867392 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 5 | B7,B90,C60,C7,D1 |
Chr8:34867392 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B7,B90,C60,C7,D1 |
Chr8:34867424 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B54,C34,C43 |
Chr8:34867429 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B14,C17 |
Chr8:34867460 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr8:34867477 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B58,C2 |
Chr8:34867482 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D1 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057779789.1PF03372
Exo_endo_phos 4-217 aa
PF14529
Exo_endo_phos_2 105-230 aa
| 蛋白 ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | 得分 | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057779789.1 |
Pfam | PF03372 |
Exo_endo_phos | Domain | 4 | 217 | 2.2e-13 | 51.2 | Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family |
XP_057779789.1 |
Pfam | PF14529 |
Exo_endo_phos_2 | Domain | 105 | 230 | 1.4e-07 | 32.1 | Endonuclease-reverse transcriptase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。