Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及有 accession 序列支持的文献基因名查询；公开文献名称仅收录身份已有序列证据的记录。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G004566`

染色体: Chr08 坐标: 55251495-55254125 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一基因 ID	`SmilChr08G004566`
名称	SmilChr08G004566
描述	putative late blight resistance protein homolog R1A-10
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	55251495 - 55254125 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998720`
GeneID	`130998720`
locus_tag	`-`
NCBI 名称	`LOC130998720`
原始查询	`LOC130998720`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	putative late blight resistance protein homolog R1A-10
产物	putative late blight resistance protein homolog R1A-10
拟南芥	`AT5G35450` (AT5G35450) Disease resistance protein (CC-NBS-LRR class) family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833508] identity=25.94; qcov=0.898; evalue=1.58e-64; confidence=low
水稻	`Os07g0186500` - identity=28.34; qcov=0.862; evalue=5.11e-76; confidence=low
GO	GO:0043531 (ADP binding); GO:0098542 (defense response to other organism)
KEGG	-
Pfam	PF00931 (NB-ARC); PF23559 (WHD_DRP); PF23598 (LRR_14)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998720

打开注释模块

亚细胞定位候选（最多五项）

预测得分表示模型支持程度，不能作为定位概率；所有候选均需实验验证。

方法与数据说明

当前结果已使用全部46,325条核基因组蛋白的完整原生特征重算。逐条核验39×39×7 PROFEAT、1280维ESM2、整条序列及五组模型的定位判定；当前模型、阈值文件和执行种子有记录。历史缓存及历史执行版本仍未确认。结果为计算候选，预测得分表示模型支持程度，不是校准概率，也不代表实验确认或已建立的预测准确率。模型含部分动物相关标签，应谨慎解读其在植物中的适用性。四舍五入后概率与阈值相等的481条记录已按未舍入模型值再次复核，原始投票全部一致。

排序	定位位置	预测得分	蛋白 ID
1	细胞膜	0.60000	`SmilChr08G004566.1`
2	细胞质基质	0.40000	`SmilChr08G004566.1`
3	细胞质	0.20000	`SmilChr08G004566.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	参考等位基因	变异等位基因	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:55251644`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B4
`Chr8:55251644`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B4
`Chr8:55251790`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C79
`Chr8:55251839`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A24,B40,C60,C62
`Chr8:55251841`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B64
`Chr8:55251922`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B35
`Chr8:55251971`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B129,B13,B17,C74
`Chr8:55251987`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B64,B99,C87
`Chr8:55252023`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B82
`Chr8:55252097`	`A`	`AGG`	2bp_insertion	frameshift_variant	37	A18,B106,B109,B113,B118,B123,B13,B130,B131,B140,B22,B25,B38,B4,B5,B51,B56,B61,B66,B9,B94,B96,B98,C17,C28,C3,C34,C36,C4,C5,C55,C58,C61,C63,C73,C81,C84
`Chr8:55252172`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B110,B79,B94,C70,C78
`Chr8:55252236`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B110,B79,C24,C78

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

SmilChr08G004566.1

来源蛋白: XP_057780113.1

876 aa

438

876

NB-ARC

WHD_DRP

LRR_14

PF00931 NB-ARC 145-315 aa PF23559 WHD_DRP 398-468 aa PF23598 LRR_14 575-834 aa

蛋白 ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	得分	说明
`SmilChr08G004566.1` XP_057780113.1	Pfam	`PF00931`	NB-ARC	Domain	145	315	4e-47	160.7	NB-ARC domain
`SmilChr08G004566.1` XP_057780113.1	Pfam	`PF23559`	WHD_DRP	Domain	398	468	4.2e-20	72.3	Disease resistance protein Winged helix domain
`SmilChr08G004566.1` XP_057780113.1	Pfam	`PF23598`	LRR_14	Repeat	575	834	5e-13	49.2	Leucine-rich repeat region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。蛋白及对应 CDS 使用“基因 ID.序号”；序号在当前参考发布内固定，来源 accession 同时保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057924130.1
ATGGCAGCTTACGCAGCTCTAGTTTCTCTTCTCAACACCGTCGACAACATCCAAAATCATCCTCACCTTTCTCATTGCTTTCTCCACAAACAGATTCAAACTTTAACCGCAAAGCTCGATTCCTTGCTAGCTTTTGTGGAGAAGTACACTTCTCAATCTCATGGAGAGTTGGAGAGCCAAATAGCTTCAGCATCTCACGCCGCTGAAGATGCCATCGAATCTCACATTGTGGATCATATTCTCGCCGGATCTGCCGAGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

SmilChr08G004566.1 (XP_057780113.1)
ATGGCAGCTTACGCAGCTCTAGTTTCTCTTCTCAACACCGTCGACAACATCCAAAATCATCCTCACCTTTCTCATTGCTTTCTCCACAAACAGATTCAAACTTTAACCGCAAAGCTCGATTCCTTGCTAGCTTTTGTGGAGAAGTACACTTCTCAATCTCATGGAGAGTTGGAGAGCCAAATAGCTTCAGCATCTCACGCCGCTGAAGATGCCATCGAATCTCACATTGTGGATCATATTCTCGCCGGATCTGCCGAGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

SmilChr08G004566.1 (XP_057780113.1)
MAAYAALVSLLNTVDNIQNHPHLSHCFLHKQIQTLTAKLDSLLAFVEKYTSQSHGELESQIASASHAAEDAIESHIVDHILAGSAENTPPSLLDLQKSIQEMDSIEEKLKAETRSEDLQPTYSTPAPPSTEAVTARKSTTMVGFEEYWEEVMDKLTSDQRQRQIIPITGMGGIGKTTLARNVYENATIVQCFDVRGWVTVSQDYSVRKILFEILSSLGESTREMDERTEYELSEKLHKTLFGRKYLVVLDDIWSIDAWKR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器