Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G004879`

染色体: Chr08 坐标: 57897608-57899889 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G004879`
名称	SmilChr08G004879
描述	GTP cyclohydrolase 1-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	57897608 - 57899889 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998829`
GeneID	`130998829`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130998829`
原始查询	`LOC130998829`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	GTP cyclohydrolase 1-like
产物	GTP cyclohydrolase 1-like
Arabidopsis	`AT3G07270` (AT3G07270) GTP cyclohydrolase I [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819915] identity=57.7; qcov=1.02; evalue=4.3e-165; confidence=high
Rice	`Os04g0662700` - identity=49.5; qcov=0.791; evalue=1.38e-95; confidence=high
GO	GO:0003934 (GTP cyclohydrolase I activity); GO:0005525 (GTP binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006729 (tetrahydrobiopterin biosynthetic process); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0046654 (tetrahydrofolate biosynthetic process)
KEGG	smil00790 (Folate biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01240 (Biosynthesis of cofactors - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF01227 (GTP_cyclohydroI)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998829

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057780217.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057780217.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057780217.1`
4	Nucleoplasm	核质	0.20000	`XP_057780217.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057780217.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:57897821`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C35
`Chr8:57897896`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr8:57897911`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B104,B68,C11,C69,C80
`Chr8:57897983`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B134,C1
`Chr8:57898089`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B137,C80
`Chr8:57898253`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D3
`Chr8:57898348`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D3
`Chr8:57898601`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B36

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780217.1

411 aa

206

411

GTP_cyclohydroI

PF01227 GTP_cyclohydroI 26-178 aa PF01227 GTP_cyclohydroI 260-406 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057780217.1`	Pfam	`PF01227`	GTP_cyclohydroI	Domain	26	178	1.4e-66	224.1	GTP cyclohydrolase I
`XP_057780217.1`	Pfam	`PF01227`	GTP_cyclohydroI	Domain	260	406	1.4e-66	224.1	GTP cyclohydrolase I

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057924234.1
GCTCGTATTAAAAATTTATCGTAATCAAGTTCAAGATCCCTAACCATATTTAAACAAAGCACTAACCATAATCTCTTATCTATACAACAGCCCTTCGTTTCTCTCTCTCACACATCATGGATTTATTGATAGCGAGGTTTTAACAGTTCGATTTTTGGTATTTTTGTGGTCGGTTTTAATCCGGAGTGGCATAAAGCAAAGAAAAAAAAAATAAAAAAAAAATTGAACCTTTAGAATTCGGAGGCAAAAACATTTGAATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130998829
ATGGGCGCTATAGATGCAGTGAATATTGGGGGCTGTGTTGAGCTAGGGTTTGAGGAAGAGCCTGAGATTTTGGCAATTGAAGAAGCTGTGAGAGTTTTGTTGCAGGTTTTGTGTGATGATTCCAATCGTGAAGGTGTGAGGAAAACTCCTTTGCGCGTGGCGAAGGCTCTCAGAGAAGGGACTCGAGGTTATAAGGAAAAGGTGAAGGACATTGTCAATGGCGCGTTATTTCCTGAAGTCGGGTTGGAGAATAGGGTCGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057780217.1
MGAIDAVNIGGCVELGFEEEPEILAIEEAVRVLLQVLCDDSNREGVRKTPLRVAKALREGTRGYKEKVKDIVNGALFPEVGLENRVGHAGGTGGLVIVRDLDLFSYCESCLLPFQIKCHVGYIPSGHRVVGLSKLSRVAEVFAKRLQDPQRLANEICEALQHGFGPTGVAVVLQCSHINFPNSESALSDPNHKGWVKMLVKSGTGVFDDDMTDVWTDFLSLLRFRGISVEDALPGGSDKKSWCPSHAFSKTGALDSAMLR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器