同源 qcov 为最佳单个 HSP 在查询序列上的坐标跨度/序列长度;置信度是规则分级,不是已验证的正交关系。

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及有 accession 序列支持的文献基因名查询;公开文献名称仅收录身份已有序列证据的记录。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004410

染色体: Chr08 坐标: 53771219-53773199 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一基因 IDSmilChr08G004410
名称SmilChr08G004410
描述salt tolerance receptor-like cytoplasmic kinase 1
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向53771219 - 53773199 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999135
GeneID130999135
locus_tag-
NCBI 名称LOC130999135
原始查询LOC130999135

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述salt tolerance receptor-like cytoplasmic kinase 1
产物salt tolerance receptor-like cytoplasmic kinase 1
拟南芥AT1G68400 (AT1G68400)
leucine-rich repeat transmembrane protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843169]
identity=63.75; qcov=0.427; evalue=1.55e-26; confidence=low
水稻Os12g0145900
-
identity=50.91; qcov=0.297; evalue=3.21e-15; confidence=weak
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999135

打开注释模块

亚细胞定位候选(最多五项)

预测得分表示模型支持程度,不能作为定位概率;所有候选均需实验验证。

方法与数据说明

当前结果已使用全部46,325条核基因组蛋白的完整原生特征重算。逐条核验39×39×7 PROFEAT、1280维ESM2、整条序列及五组模型的定位判定;当前模型、阈值文件和执行种子有记录。历史缓存及历史执行版本仍未确认。结果为计算候选,预测得分表示模型支持程度,不是校准概率,也不代表实验确认或已建立的预测准确率。模型含部分动物相关标签,应谨慎解读其在植物中的适用性。 四舍五入后概率与阈值相等的481条记录已按未舍入模型值再次复核,原始投票全部一致。

排序定位位置预测得分蛋白 ID
1 细胞质 0.80000 SmilChr08G004410.3
2 细胞质基质 0.60000 SmilChr08G004410.3
3 内质网 0.40000 SmilChr08G004410.1
4 线粒体 0.20000 SmilChr08G004410.2

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

SmilChr08G004410.1
来源蛋白: XP_057780615.1
185 aa
N
1
92
185
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 87-151 aa
SmilChr08G004410.2
来源蛋白: XP_057780616.1
184 aa
N
1
92
184
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 87-149 aa
蛋白 ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value 得分 说明
SmilChr08G004410.1
XP_057780615.1
Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 87 151 4.7e-06 26.8 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
SmilChr08G004410.2
XP_057780616.1
Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 87 149 1.5e-05 25.2 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。蛋白及对应 CDS 使用“基因 ID.序号”;序号在当前参考发布内固定,来源 accession 同时保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924632.1
CTCTTTCACGGTTTCACTCACCCTCCCCCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTTCTTCGAGCTCAGATCGCCGGCGAAGCGCCGCTGCCCCGGCCTCGTCGCCTCCGCCATCTCCTGCTTCACCCCCCGCCGCGACTTTAGCCTCCGCCCGCCACCAATTCCTTCGAACCAGAGGAGGATGAGTGCGGTGGCGCTTCGAGTTCCGCGGGGTTTTCCCCCTTCGCCGCCAGCGATTCGGCGTCCTTGTTGCCGATTTTCAATTT...
XM_057924633.1
CTCTTTCACGGTTTCACTCACCCTCCCCCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTTCTTCGAGCTCAGATCGCCGGCGAAGCGCCGCTGCCCCGGCCTCGTCGCCTCCGCCATCTCCTGCTTCACCCCCCGCCGCGACTTTAGCCTCCGCCCGCCACCAATTCCTTCGAACCAGAGGAGGATGAGTGCGGTGGCGCTTCGAGTTCCGCGGGGTTTTCCCCCTTCGCCGCCAGCGATTCGGCGTCCTTGTTGCCGATTTTCAATTT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
SmilChr08G004410.1 (XP_057780615.1)
ATGAAAGACAATTCAGACGTCGACGCCGTGGGAGAGAGGGGCGGCGGCGTCGGAGACGGTGATTGCGAGGGTTTGAAGCGGCGGAGAAGACGTGAGGTTGAGGAGTGGCGGGACGAGGGGGAGGTGGTGCTCGGAGAGGACGAGGCGGCGGTAGCGACGGACGGCGCGGATGAGGTAACGGTGGCGGGGGCTGGAGATGGTGAATTTGGGGGAGAGGCGGATTGCTTGTGGGTGGGGCCACATGATTTGAATGTGAACGG...
SmilChr08G004410.2 (XP_057780616.1)
ATGAAAGACAATTCAGACGTCGACGCCGTGGGAGAGAGGGGCGGCGGCGTCGGAGACGGTGATTGCGAGGGTTTGAAGCGGCGGAGAAGACGTGAGGTTGAGGAGTGGCGGGACGAGGGGGAGGTGGTGCTCGGAGAGGACGAGGCGGCGGTAGCGACGGACGGCGCGGATGAGGTAACGGTGGCGGGGGCTGGAGATGGTGAATTTGGGGGAGAGGCGGATTGCTTGTGGGTGGGGCCACATGATTTGAATGTGAACGG...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
SmilChr08G004410.1 (XP_057780615.1)
MKDNSDVDAVGERGGGVGDGDCEGLKRRRRREVEEWRDEGEVVLGEDEAAVATDGADEVTVAGAGDGEFGGEADCLWVGPHDLNVNGKKEFEQQMEVLGRLRHPNLIGLKAYYFARDEKLLVHEFMPNGNLFWLLHAEAVKMRTMMRLTLALANSGSTRGLVGGTLTRKAWNLFSQLMMRLPNKL
SmilChr08G004410.2 (XP_057780616.1)
MKDNSDVDAVGERGGGVGDGDCEGLKRRRRREVEEWRDEGEVVLGEDEAAVATDGADEVTVAGAGDGEFGGEADCLWVGPHDLNVNGKKEFEQQMEVLGRLRHPNLIGLKAYYFARDEKLLVHEFMPNGNLFWLLHEAVKMRTMMRLTLALANSGSTRGLVGGTLTRKAWNLFSQLMMRLPNKL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器