同源 qcov 为最佳单个 HSP 在查询序列上的坐标跨度/序列长度;置信度是规则分级,不是已验证的正交关系。

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及有 accession 序列支持的文献基因名查询;公开文献名称仅收录身份已有序列证据的记录。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004430

染色体: Chr08 坐标: 54003859-54004844 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一基因 IDSmilChr08G004430
名称SmilChr08G004430
描述(-)-isopiperitenone reductase-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向54003859 - 54004844 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999153
GeneID130999153
locus_tag-
NCBI 名称LOC130999153
原始查询LOC130999153

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述(-)-isopiperitenone reductase-like
产物(-)-isopiperitenone reductase-like
拟南芥AT3G61220 (SDR1)
NAD(P)-binding Rossmann-fold superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825294]
identity=51.61; qcov=0.879; evalue=4.74e-43; confidence=medium
水稻Os04g0532400
-
identity=49.58; qcov=0.85; evalue=1.57e-33; confidence=medium
GOGO:0016020 (membrane)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999153

打开注释模块

亚细胞定位候选(最多五项)

预测得分表示模型支持程度,不能作为定位概率;所有候选均需实验验证。

方法与数据说明

当前结果已使用全部46,325条核基因组蛋白的完整原生特征重算。逐条核验39×39×7 PROFEAT、1280维ESM2、整条序列及五组模型的定位判定;当前模型、阈值文件和执行种子有记录。历史缓存及历史执行版本仍未确认。结果为计算候选,预测得分表示模型支持程度,不是校准概率,也不代表实验确认或已建立的预测准确率。模型含部分动物相关标签,应谨慎解读其在植物中的适用性。 四舍五入后概率与阈值相等的481条记录已按未舍入模型值再次复核,原始投票全部一致。

排序定位位置预测得分蛋白 ID
1 细胞质基质 1.00000 SmilChr08G004430.1
2 细胞质 0.40000 SmilChr08G004430.1
3 过氧化物酶体 0.40000 SmilChr08G004430.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 参考等位基因 变异等位基因 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:54004051 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C9
Chr8:54004087 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B88
Chr8:54004092 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 4 B118,B82,C23,C45
Chr8:54004092 A AT 1bp_insertion CDS_variant 4 B118,B82,C23,C45
Chr8:54004110 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D3
Chr8:54004154 GAC G 2bp_deletion frameshift_variant 97 A10,A16,A18,A19,A2,A22,A25,A3,A4,A5,A8,B1,B10,B103,B104,B106,B107,B108,B109,B112,B117,B123,B124,B129,B131,B133,B135,B136,B138,B14,B22,B23,B24,B25,B29,B30,B37,B38,B39,B4,B42,B43,B50,B54,B55,B57,B6,B60,B62,B63,B66,B67,B71,B74,B77,B8,B83,B85,B90,B92,B97,B98,C10,C11,C12,C17,C18,C19,C23,C25,C3,C34,C36,C37,C38,C43,C45,C49,C51,C55,C57,C59,C63,C67,C69,C72,C77,C80,C81,C83,C84,C85,D11,D2,D5,D7,D9
Chr8:54004341 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A14,B128,B67,C33,C56

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。蛋白及对应 CDS 使用“基因 ID.序号”;序号在当前参考发布内固定,来源 accession 同时保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924657.1
GCACACATCTAATCACTCAAATGAGTGATTGTTTATCATCGCAAAATTGATCGAGTGGATTATTTGATCACCCCTCCAATCCTATCAATCTTATCTATCTCATCCACCAAATCAAACACTTCCTAATAAAACATTGTTGAGGGGAATACATAAAATTTTAAGATGAGATGATCATTCAACATAGATCTCTTATTGTTTCTTACAAAATGGGGGCTTTCTTTATAATGGATTCCAAGCTTACACAATGAATGGAGTACATG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
SmilChr08G004430.1 (XP_057780640.1)
ATGTTAAATAGGACGGAGGCAGTAACAATGATCATATATTTGCAGCATTTGCCTAATGAATGGGCAAAGGGAGTGCTGAGCAACAAAGACAGCCTAACAGAAGAGAGAGTAGATGAAGTTGTGCAGCAATTTCTCAGCAACTTCAAAGAGGGGAAACTGCAAGAGAATCAATGGCCTCCTCACTTTGCAGCCTACATAGTGTCGAAAGCAGCTCTCAACGCGTATACTTGGCTTGCAGCACAAAAATACACCAATCTCTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
SmilChr08G004430.1 (XP_057780640.1)
MLNRTEAVTMIIYLQHLPNEWAKGVLSNKDSLTEERVDEVVQQFLSNFKEGKLQENQWPPHFAAYIVSKAALNAYTWLAAQKYTNLCINSVCPGFARTDLTFNYGVLSEVEAAEAPVKVALLPHGGPSGSFFLRREALSL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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