Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及有 accession 序列支持的文献基因名查询；公开文献名称仅收录身份已有序列证据的记录。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G004467`

染色体: Chr08 坐标: 54340712-54343252 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一基因 ID	`SmilChr08G004467`
名称	SmilChr08G004467
描述	protein-ribulosamine 3-kinase, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	54340712 - 54343252 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130999191`
GeneID	`130999191`
locus_tag	`-`
NCBI 名称	`LOC130999191`
原始查询	`LOC130999191`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein-ribulosamine 3-kinase, chloroplastic
产物	protein-ribulosamine 3-kinase%2C chloroplastic
拟南芥	`AT3G61080` (AT3G61080) Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825280] identity=78.09; qcov=0.935; evalue=0.0; confidence=high
水稻	`Os03g0117800` - identity=75.65; qcov=0.914; evalue=3.16e-180; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF01636 (APH); PF03881 (Fructosamin_kin)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130999191

打开注释模块

亚细胞定位候选（最多五项）

预测得分表示模型支持程度，不能作为定位概率；所有候选均需实验验证。

方法与数据说明

当前结果已使用全部46,325条核基因组蛋白的完整原生特征重算。逐条核验39×39×7 PROFEAT、1280维ESM2、整条序列及五组模型的定位判定；当前模型、阈值文件和执行种子有记录。历史缓存及历史执行版本仍未确认。结果为计算候选，预测得分表示模型支持程度，不是校准概率，也不代表实验确认或已建立的预测准确率。模型含部分动物相关标签，应谨慎解读其在植物中的适用性。四舍五入后概率与阈值相等的481条记录已按未舍入模型值再次复核，原始投票全部一致。

排序	定位位置	预测得分	蛋白 ID
1	叶绿体	1.00000	`SmilChr08G004467.1`
2	叶绿体基质	1.00000	`SmilChr08G004467.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	参考等位基因	变异等位基因	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:54340809`	`G`	`GC`	1bp_insertion	frameshift_variant	13	B107,B108,B122,B2,B7,B70,B79,B8,C2,C35,C47,C78,D5
`Chr8:54340811`	`G`	`GGC`	2bp_insertion	frameshift_variant	13	B107,B108,B122,B2,B7,B70,B79,B8,C2,C35,C47,C78,D5
`Chr8:54340812`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr8:54341305`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B64
`Chr8:54341555`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B30
`Chr8:54341567`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C82
`Chr8:54342305`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B16,B83,C9
`Chr8:54342322`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr8:54342489`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A15,B51,C47,C67,C86
`Chr8:54342676`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B30
`Chr8:54342719`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B35,C83
`Chr8:54343021`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B36

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

SmilChr08G004467.1

来源蛋白: XP_057780676.1

337 aa

168

337

Fructosamin_kin

APH

PF03881 Fructosamin_kin 47-333 aa PF01636 APH 66-289 aa

蛋白 ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	得分	说明
`SmilChr08G004467.1` XP_057780676.1	Pfam	`PF03881`	Fructosamin_kin	Family	47	333	1.1e-99	334.1	Fructosamine kinase
`SmilChr08G004467.1` XP_057780676.1	Pfam	`PF01636`	APH	Domain	66	289	9.1e-11	42.7	Phosphotransferase enzyme family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。蛋白及对应 CDS 使用“基因 ID.序号”；序号在当前参考发布内固定，来源 accession 同时保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057924693.1
AAATATATATGATATTGATAAAATTTTGAGCCAATAGAAAGCGGGCAACAAAGAGGAGTGGTTTTCTTGAAGCTGCAAAAAGATGGCGGCGGCGGCGGGGCTTCTGTTTCTCTCCACCACTACCATTCCCACTCTCTCTCTATCCGCGCCGCTTACTCGTCTCCGCTTCCCTACCACCAAACCCAAATCACTTACTCTGGCATCAATGGCGATGAGTGAGGATCCAATTCGTGAATGGATTTTGTCCGAAGGGAAGGCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

SmilChr08G004467.1 (XP_057780676.1)
ATGGCGGCGGCGGCGGGGCTTCTGTTTCTCTCCACCACTACCATTCCCACTCTCTCTCTATCCGCGCCGCTTACTCGTCTCCGCTTCCCTACCACCAAACCCAAATCACTTACTCTGGCATCAATGGCGATGAGTGAGGATCCAATTCGTGAATGGATTTTGTCCGAAGGGAAGGCAACTAAAATAACTGCCACTCGTTCAGTTGGTGGCGGTTGCATCAATCGTGCTTATCGATATGAGACAGATGCTGGCTCTTTCTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

SmilChr08G004467.1 (XP_057780676.1)
MAAAAGLLFLSTTTIPTLSLSAPLTRLRFPTTKPKSLTLASMAMSEDPIREWILSEGKATKITATRSVGGGCINRAYRYETDAGSFFVKTNRSIGPSMFEGEVRGLSAMYETRTIRVPQPYKYGALPSGGSYIIMEFIEFGASRGNQAALGRKLGEMHKAGKSTKGFGFDVENTIGSTPQINTWTSDWIEFYGVHRLGYQLKLARQQFGDSLIYEKGQRLIKNMAPLFNGAVLEPCLLHGDLWSGNVSYDKNGEPLILDP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器