当前解析结果
SmilChr08G004483| 统一基因 ID | SmilChr08G004483 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G004483 |
| 描述 | calmodulin-2/4-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 54443836 - 54444624 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130999208 |
|---|---|
| GeneID | 130999208 |
| locus_tag | - |
| NCBI 名称 | LOC130999208 |
| 原始查询 | LOC130999208 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | calmodulin-2/4-like |
| 产物 | calmodulin-2/4-like |
| 拟南芥 | AT5G39670 (AT5G39670)Calcium-binding EF-hand family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833963] identity=34.5; qcov=0.952; evalue=1.47e-21; confidence=low |
| 水稻 | Os03g0812400- identity=44.19; qcov=0.509; evalue=4.77e-16; confidence=low |
| GO | GO:0005509 (calcium ion binding) |
| KEGG | smil04016 (MAPK signaling pathway - plant - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04070 (Phosphatidylinositol signaling system - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04075 (Plant hormone signal transduction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04626 (Plant-pathogen interaction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF00036 (EF-hand_1); PF13202 (EF-hand_5); PF13405 (EF-hand_6); PF13499 (EF-hand_7); PF13833 (EF-hand_8) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130999208 |
预测得分表示模型支持程度，不能作为定位概率；所有候选均需实验验证。
当前结果已使用全部46,325条核基因组蛋白的完整原生特征重算。逐条核验39×39×7 PROFEAT、1280维ESM2、整条序列及五组模型的定位判定；当前模型、阈值文件和执行种子有记录。历史缓存及历史执行版本仍未确认。结果为计算候选，预测得分表示模型支持程度，不是校准概率，也不代表实验确认或已建立的预测准确率。模型含部分动物相关标签，应谨慎解读其在植物中的适用性。 四舍五入后概率与阈值相等的481条记录已按未舍入模型值再次复核，原始投票全部一致。
| 排序 | 定位位置 | 预测得分 | 蛋白 ID |
|---|---|---|---|
| 1 | 细胞质 | 0.60000 | SmilChr08G004483.1 |
| 2 | 内质网 | 0.40000 | SmilChr08G004483.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | 参考等位基因 | 变异等位基因 | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:54443917 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B5 |
Chr8:54444009 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B67,C49,C76 |
Chr8:54444048 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B97 |
Chr8:54444079 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B50 |
Chr8:54444081 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B5 |
Chr8:54444083 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A14,B72 |
Chr8:54444084 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B73,C23,C79 |
Chr8:54444118 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B111,B129,B29,B77,C14 |
Chr8:54444204 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B117 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
SmilChr08G004483.1PF00036
EF-hand_1 97-125 aa
PF13405
EF-hand_6 97-126 aa
PF13499
EF-hand_7 97-159 aa
PF13202
EF-hand_5 99-122 aa
PF13833
EF-hand_8 114-160 aa
PF00036
EF-hand_1 134-160 aa
PF13202
EF-hand_5 140-158 aa
| 蛋白 ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | 得分 | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr08G004483.1XP_057780693.1 |
Pfam | PF00036 |
EF-hand_1 | Domain | 97 | 125 | 3.6e-15 | 55.0 | EF hand domain |
SmilChr08G004483.1XP_057780693.1 |
Pfam | PF13405 |
EF-hand_6 | Domain | 97 | 126 | 3.2e-13 | 48.8 | EF-hand domain |
SmilChr08G004483.1XP_057780693.1 |
Pfam | PF13499 |
EF-hand_7 | Domain | 97 | 159 | 2.7e-15 | 57.2 | EF-hand domain pair |
SmilChr08G004483.1XP_057780693.1 |
Pfam | PF13202 |
EF-hand_5 | Domain | 99 | 122 | 4.5e-10 | 39.2 | EF hand |
SmilChr08G004483.1XP_057780693.1 |
Pfam | PF13833 |
EF-hand_8 | Domain | 114 | 160 | 4.9e-10 | 39.7 | EF-hand domain pair |
SmilChr08G004483.1XP_057780693.1 |
Pfam | PF00036 |
EF-hand_1 | Domain | 134 | 160 | 3.6e-15 | 55.0 | EF hand domain |
SmilChr08G004483.1XP_057780693.1 |
Pfam | PF13202 |
EF-hand_5 | Domain | 140 | 158 | 4.5e-10 | 39.2 | EF hand |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。蛋白及对应 CDS 使用“基因 ID.序号”；序号在当前参考发布内固定，来源 accession 同时保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。