Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN
同源 qcov 为最佳单个 HSP 在查询序列上的坐标跨度／序列长度；置信度是规则分级，不是已验证的正交关系。

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及有 accession 序列支持的文献基因名查询；身份待核实的名称仅提供候选导航。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004799

染色体: Chr08 坐标: 57319461-57324326 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一基因 IDSmilChr08G004799
名称SmilChr08G004799
描述probable disease resistance protein At1g58602
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向57319461 - 57324326 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999466
GeneID130999466
locus_tag-
NCBI 名称LOC130999466
原始查询LOC130999466

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable disease resistance protein At1g58602
产物probable disease resistance protein At1g58602
拟南芥AT1G58390 (AT1G58390)
Disease resistance protein (CC-NBS-LRR class) family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842208]
identity=32.06; qcov=0.998; evalue=1.57e-128; confidence=low
水稻Os07g0186500
-
identity=27.05; qcov=0.998; evalue=1.98e-68; confidence=low
GOGO:0043531 (ADP binding); GO:0098542 (defense response to other organism)
KEGG-
PfamPF00931 (NB-ARC); PF18052 (Rx_N); PF23559 (WHD_DRP); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999466

打开注释模块

亚细胞定位候选（最多五项）

预测得分表示模型支持程度，不能作为定位概率；所有候选均需实验验证。

方法与数据说明

当前结果已使用全部46,325条核基因组蛋白的完整原生特征重算。逐条核验39×39×7 PROFEAT、1280维ESM2、整条序列及五组模型的定位判定；当前模型、阈值文件和执行种子有记录。历史缓存及历史执行版本仍未确认。结果为计算候选，预测得分表示模型支持程度，不是校准概率，也不代表实验确认或已建立的预测准确率。模型含部分动物相关标签，应谨慎解读其在植物中的适用性。 四舍五入后概率与阈值相等的481条记录已按未舍入模型值再次复核，原始投票全部一致。

排序定位位置预测得分蛋白 ID
1 细胞膜 1.00000 XP_057780976.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 参考等位基因 变异等位基因 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:57321114 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C87
Chr8:57321163 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B128,C49
Chr8:57321206 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B2,B53,B91,B94
Chr8:57321234 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 12 A18,A19,A3,B104,B76,C2,C39,C40,C73,C74,D1,D10
Chr8:57321236 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 12 A18,A19,A3,B104,B76,C2,C39,C40,C73,C74,D1,D10
Chr8:57321239 A AAT 2bp_insertion frameshift_variant 12 A18,A19,A3,B104,B76,C2,C39,C40,C73,C74,D1,D10
Chr8:57321272 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B135,B47,B55
Chr8:57321297 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B107,B131,B6,C67,C79
Chr8:57321299 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B1,B120,B41,B46,D4
Chr8:57321310 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr8:57321318 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B16,B83,C2,C64
Chr8:57321331 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B92,C42,C46,C8,C9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057780976.1
925 aa
N
1
462
925
Rx_N
NB-ARC
WHD_DRP
LRR_14
C
PF18052 Rx_N 5-89 aa PF00931 NB-ARC 173-343 aa PF23559 WHD_DRP 428-505 aa PF23598 LRR_14 565-897 aa
XP_057780978.1
925 aa
N
1
462
925
Rx_N
NB-ARC
WHD_DRP
LRR_14
C
PF18052 Rx_N 5-89 aa PF00931 NB-ARC 173-343 aa PF23559 WHD_DRP 428-505 aa PF23598 LRR_14 565-897 aa
蛋白 ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value 得分 说明
XP_057780976.1 Pfam PF18052 Rx_N Domain 5 89 1e-19 71.1 Rx N-terminal domain
XP_057780976.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 173 343 3.8e-34 118.4 NB-ARC domain
XP_057780976.1 Pfam PF23559 WHD_DRP Domain 428 505 3.5e-13 50.1 Disease resistance protein Winged helix domain
XP_057780976.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 565 897 2e-25 90.0 Leucine-rich repeat region
XP_057780978.1 Pfam PF18052 Rx_N Domain 5 89 1e-19 71.1 Rx N-terminal domain
XP_057780978.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 173 343 3.8e-34 118.4 NB-ARC domain
XP_057780978.1 Pfam PF23559 WHD_DRP Domain 428 505 3.5e-13 50.1 Disease resistance protein Winged helix domain
XP_057780978.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 565 897 2e-25 90.0 Leucine-rich repeat region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057924995.1
GAAGAAGAAAACAAGGTAGAATCCAAAACAAGTGGAATTAATTAAGATAATGTGCTTTCTCATAAGCTAAACTACTTTCACACTTTTCCCCACCAACGAAAGTCAAACCTCTCCCTTTTTCCTCACACAACTCTCCAAGAACTAATTTCTCTGTTCCAAAATCAAAATTCTTTGCAATCTCCATTGAAGAATTTGTATTCACAACAACGAGTTCCTTATCCTTATTCCTCTCTATATACTCACACCAATACTAAATCAGT...
XM_057924993.1
AAGAAGAAAACAAGGTAGAATCCAAAACAAGTGGAATTAATTAAGATAATGTGCTTTCTCATAAGCTAAACTACTTTCACACTTTTCCCCACCAACGAAAGTCAAACCTCTCCCTTTTTCCTCACACAACTCTCCAAGAACTAATTTCTCTGTTCCAAAATCAAAATTCTTTGCAATCTCCATTGAAGAATTTGTATTCACAACAACGAGTTCCTTATCCTTATTCCTCTCTATATACTCACACCAATACTAAATCAGTT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
lcl|NC_080394.1_cds_XP_057780976.1_46101
ATGGCAGAAGCTGTTGTGTCGACTGCTCTGGAAACCTTGCACGATTTGTTGGTGGAAGAAGCAAGGTTTTTATATGGTGTGGGCGACCAAGTGAGGGAGCTCGAGATCCAGCTCAAAGAGATGAAGTGTCTTCTCAAAGATGCCGACAGAAGACGACATGAAAATGAAACCATTTTCAATTGGATCTCAGAGATCAAAGATCTTGTGTACAGAGCAGAAGCTGCCATTGAAAGACACGCAGCTCATCAAGTGACTTCAAG...
lcl|NC_080394.1_cds_XP_057780978.1_46102
ATGGCAGAAGCTGTTGTGTCGACTGCTCTGGAAACCTTGCACGATTTGTTGGTGGAAGAAGCAAGGTTTTTATATGGTGTGGGCGACCAAGTGAGGGAGCTCGAGATCCAGCTCAAAGAGATGAAGTGTCTTCTCAAAGATGCCGACAGAAGACGACATGAAAATGAAACCATTTTCAATTGGATCTCAGAGATCAAAGATCTTGTGTACAGAGCAGAAGCTGCCATTGAAAGACACGCAGCTCATCAAGTGACTTCAAG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057780976.1
MAEAVVSTALETLHDLLVEEARFLYGVGDQVRELEIQLKEMKCLLKDADRRRHENETIFNWISEIKDLVYRAEAAIERHAAHQVTSRRRRGLRQLLRRCSCSLEEYKSIRQLGSEISPIKSRLERINKEMLESGIKKSIINNTDEGESSSANNRARKSFPDFEIGDCFVGMKDELTQLLHLLVEDEKHRVISVWGMGGSGKTTIAKKLYNENSTSFDLSAWVCISQQCQSFQSVWNDVLMQLQHQNTKDGPKIREDVTSL...
XP_057780978.1
MAEAVVSTALETLHDLLVEEARFLYGVGDQVRELEIQLKEMKCLLKDADRRRHENETIFNWISEIKDLVYRAEAAIERHAAHQVTSRRRRGLRQLLRRCSCSLEEYKSIRQLGSEISPIKSRLERINKEMLESGIKKSIINNTDEGESSSANNRARKSFPDFEIGDCFVGMKDELTQLLHLLVEDEKHRVISVWGMGGSGKTTIAKKLYNENSTSFDLSAWVCISQQCQSFQSVWNDVLMQLQHQNTKDGPKIREDVTSL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器