同源 qcov 为最佳单个 HSP 在查询序列上的坐标跨度/序列长度;置信度是规则分级,不是已验证的正交关系。

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及有 accession 序列支持的文献基因名查询;公开文献名称仅收录身份已有序列证据的记录。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G004891

染色体: Chr08 坐标: 57963145-57965963 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一基因 IDSmilChr08G004891
名称SmilChr08G004891
描述uncharacterized SmilChr08G004891
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向57963145 - 57965963 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999545
GeneID130999545
locus_tag-
NCBI 名称LOC130999545
原始查询LOC130999545

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功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Arabidopsis/Rice homolog
描述B-cell receptor-associated protein 31-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834924]; symbol=AT5G48660; hit=AT5G48660; species=arabidopsis; confidence=high
产物B-cell receptor-associated protein 31-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834924]; symbol=AT5G48660; hit=AT5G48660; species=arabidopsis; confidence=high
拟南芥AT5G48660 (AT5G48660)
B-cell receptor-associated protein 31-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834924]
identity=64.19; qcov=0.986; evalue=7.51e-76; confidence=high
水稻Os03g0848400
-
identity=56.6; qcov=0.972; evalue=2.52e-74; confidence=high
GOGO:0005783 (endoplasmic reticulum); GO:0005789 (endoplasmic reticulum membrane); GO:0006886 (intracellular protein transport); GO:0006888 (endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport); GO:0070973 (protein localization to endoplasmic reticulum exit site)
KEGGsmil04141 (Protein processing in endoplasmic reticulum - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999545

打开注释模块

亚细胞定位候选(最多五项)

预测得分表示模型支持程度,不能作为定位概率;所有候选均需实验验证。

方法与数据说明

当前结果已使用全部46,325条核基因组蛋白的完整原生特征重算。逐条核验39×39×7 PROFEAT、1280维ESM2、整条序列及五组模型的定位判定;当前模型、阈值文件和执行种子有记录。历史缓存及历史执行版本仍未确认。结果为计算候选,预测得分表示模型支持程度,不是校准概率,也不代表实验确认或已建立的预测准确率。模型含部分动物相关标签,应谨慎解读其在植物中的适用性。 四舍五入后概率与阈值相等的481条记录已按未舍入模型值再次复核,原始投票全部一致。

排序定位位置预测得分蛋白 ID
1 内质网 1.00000 SmilChr08G004891.1
2 核膜 0.80000 SmilChr08G004891.1
3 内质网膜 0.60000 SmilChr08G004891.1
4 内核膜 0.40000 SmilChr08G004891.1
5 细胞核 0.20000 SmilChr08G004891.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 参考等位基因 变异等位基因 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:57965304 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B64,C10,C15,C24

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。蛋白及对应 CDS 使用“基因 ID.序号”;序号在当前参考发布内固定,来源 accession 同时保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XR_009093535.1
AAATCAAATTTCTCAACGCAAGTTAAGTTTTTGAAAATGTTTTATTAACCTCTCTCTCTCTCTACGCTTCCCAACTTTCCCCTCTTTCCGCTTTTCCTTTTTGCTAGTCTTTTTTATCCAAGAAAAAGTAGAATTAATTCGGAGTTTCATCCTTTAGTAAGCAAAGCCCCAAAAGTAATGAGAAAGCAACAAATGGGATTTGATTAATTGTAGTGTTTAGTTTGTTTTAGCATCTATTTCCATTCTGTGCTGAGAGAGGC...
XM_057925099.1
AGTTAAGTTTTTGAAAATGTTTTATTAACCTCTCTCTCTCTCTACGCTTCCCAACTTTCCCCTCTTTCCGCTTTTCCTTTTTGCTAGTCTTTTTTATCCAAGAAAAAGTAGAATTAATTCGGAGTTTCATCCTTTAGTAAGCAAAGCCCCAAAAGTAATGAGAAAGCAACAAATGGGATTTGATTAATTGTAGTGTTTAGTTTGTTTTAGCATCTATTTCCATTCTGTGCTGAGAGAGGCGTGGTGGGTTATTGCTTTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
SmilChr08G004891.1 (XP_057781082.1)
ATGATTCCTCTGTTCTTTTTAGTTGTGTGTGGTGAGGGTTTTGTGGCATTCCTTTTAATGGTGAAGATTGGGCCATTAAGGGAATTGGTGATGAAGGGTTTGGATCAAGTGAAAATGAGAAGGGGCACAGTTTCAACCATTGCTGGCACTATTTTTGTGATTCTGTTATCAGACTTGTTTAGCATTGTCAAGATTCAGAACAAGGGTTCTAAGCACGGGGCGATGACGCCTATGGATCAGGTGATTTGGAGGACTAACCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
SmilChr08G004891.1 (XP_057781082.1)
MIPLFFLVVCGEGFVAFLLMVKIGPLRELVMKGLDQVKMRRGTVSTIAGTIFVILLSDLFSIVKIQNKGSKHGAMTPMDQVIWRTNLLEATLMGFSLFLGFLVDRMHHYMRKLTKLRSSTGVSTREVERLEREKLQLKEKEERAAEEAKQLRQEISSLIDDLKKVKMETAEKDERLDTAEAHVVALQKQAADLLLEYDRLLEDNQILQNQALGYHS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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