同源 qcov 为最佳单个 HSP 在查询序列上的坐标跨度/序列长度;置信度是规则分级,不是已验证的正交关系。

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及有 accession 序列支持的文献基因名查询;公开文献名称仅收录身份已有序列证据的记录。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000061

染色体: Chr08 坐标: 356727-359313 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一基因 IDSmilChr08G000061
名称SmilChr08G000061
描述6,7,8-trihydroxycoumarin synthase-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向356727 - 359313 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999683
GeneID130999683
locus_tag-
NCBI 名称LOC130999683
原始查询LOC130999683

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功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述6,7,8-trihydroxycoumarin synthase-like
产物6%2C7%2C8-trihydroxycoumarin synthase-like
拟南芥AT4G31500 (CYP83B1)
cytochrome P450, family 83, subfamily B, polypeptide 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829277]
identity=46.51; qcov=0.994; evalue=2.95e-162; confidence=high
水稻Os09g0275400
-
identity=38.57; qcov=0.99; evalue=3.91e-112; confidence=medium
GOGO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding)
KEGG-
PfamPF00067 (p450)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999683

打开注释模块

亚细胞定位候选(最多五项)

预测得分表示模型支持程度,不能作为定位概率;所有候选均需实验验证。

方法与数据说明

当前结果已使用全部46,325条核基因组蛋白的完整原生特征重算。逐条核验39×39×7 PROFEAT、1280维ESM2、整条序列及五组模型的定位判定;当前模型、阈值文件和执行种子有记录。历史缓存及历史执行版本仍未确认。结果为计算候选,预测得分表示模型支持程度,不是校准概率,也不代表实验确认或已建立的预测准确率。模型含部分动物相关标签,应谨慎解读其在植物中的适用性。 四舍五入后概率与阈值相等的481条记录已按未舍入模型值再次复核,原始投票全部一致。

排序定位位置预测得分蛋白 ID
1 内质网 1.00000 XP_057781278.1
2 内质网膜 0.60000 XP_057781278.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 参考等位基因 变异等位基因 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:356935 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C71,C85
Chr8:356974 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C71,C85
Chr8:357007 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B118,B140,C2
Chr8:357015 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B110,B27,B58,C20,D5
Chr8:357031 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A8,B44,B83,C52,C61
Chr8:357082 T TTG 2bp_insertion frameshift_variant 2 C17,C86
Chr8:357082 T TTG 2bp_insertion CDS_variant 2 C17,C86
Chr8:357084 ACC A 2bp_deletion frameshift_variant 2 C17,C86
Chr8:357084 ACC A 2bp_deletion CDS_variant 2 C17,C86
Chr8:357102 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B10,C80
Chr8:357121 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B10,C80
Chr8:357194 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781278.1
501 aa
N
1
250
501
p450
C
PF00067 p450 29-479 aa
蛋白 ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value 得分 说明
XP_057781278.1 Pfam PF00067 p450 Domain 29 479 3.6e-104 349.8 Cytochrome P450

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925295.1
AAATAACTTTTTTAATTAAACTTTAAATTAGGGGAAATTTTATTTTTTTGGTAACTATAGCAACATTGTAAGTATTTATACTCCATTTCATGCTCTCCACATCTAAAATCTCTAGCACAAAATCGACAATATGATACTTCTATTATCCATATTTCTTCCCATAATCTTCTTCTACCTTCTCCACAAAACTCGAAAAACAACAAAATCAAACCTCCCGCCGGGTCCCCCGAGCCTGCCGTTGATCGGAAACCTCCACCAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
lcl|NC_080394.1_cds_XP_057781278.1_40243
ATGATACTTCTATTATCCATATTTCTTCCCATAATCTTCTTCTACCTTCTCCACAAAACTCGAAAAACAACAAAATCAAACCTCCCGCCGGGTCCCCCGAGCCTGCCGTTGATCGGAAACCTCCACCAGCTCGCCACCGCCAGCAACCTACACTTTTACCTATGGCTCCTCTCCAAGAAATACAGCTCTCCTATCATTCACTTGAAATTAGGCTCTCACCCCCTAATTGTTGTTTCCTCACCAAAATTGGCAAAAGAAGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057781278.1
MILLLSIFLPIIFFYLLHKTRKTTKSNLPPGPPSLPLIGNLHQLATASNLHFYLWLLSKKYSSPIIHLKLGSHPLIVVSSPKLAKEVLQTQDLSFCSRPKLIAMQKLTYQYSDIAFSPYSDNWREMRKMTFIHLLSTKKVQSFRPIREDEISLMIAMISKSASSHEVVNLSEMATALSCSLICRIAFGKRYNNHESETRRFKNLVNEFAAMTLTYFVSDYVPALGWVDKLVGSTKRLDRAFENHDSFYQELIDEHLDPRR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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