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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000214

染色体: Chr08 坐标: 1451922-1462952 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000214
名称SmilChr08G000214
描述phosphate transporter PHO1-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向1451922 - 1462952 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130999819
GeneID130999819
locus_tag-
NCBI NameLOC130999819
原始查询LOC130999819

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述phosphate transporter PHO1-like
产物phosphate transporter PHO1-like
ArabidopsisAT3G23430 (PHO1)
phosphate 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821924]
identity=66.3; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0809800 (Pho1)
-
identity=50.8; qcov=1.07; evalue=0; confidence=high
GOGO:0000822 (inositol hexakisphosphate binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0005794 (Golgi apparatus); GO:0005802 (trans-Golgi network); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0006817 (phosphate ion transport); GO:0015114 (GO:0015114); GO:0016036 (cellular response to phosphate starvation)
KEGG-
PfamPF03105 (SPX); PF03124 (EXS)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130999819

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057781464.1
2 Golgi apparatus 高尔基体 0.20000 XP_057781464.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057781464.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057781464.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057781464.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:1452560 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B20,C31
Chr8:1452575 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B24
Chr8:1452584 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B24
Chr8:1452608 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C77
Chr8:1452756 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A18,B26,B72
Chr8:1452801 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B105,B117,B18
Chr8:1452808 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B20,B3,C2
Chr8:1452809 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B20,C31
Chr8:1452833 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C8,C85
Chr8:1452840 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A18,B26,B72
Chr8:1452870 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr8:1452884 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781464.1
783 aa
N
1
392
783
SPX
EXS
C
PF03105 SPX 2-337 aa PF03124 EXS 427-760 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781464.1 Pfam PF03105 SPX Domain 2 337 1.2e-71 243.2 SPX domain
XP_057781464.1 Pfam PF03124 EXS Family 427 760 8.8e-96 321.8 EXS family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925481.1
TATTTATACAATATTTCCCTATCTCACTTCTCTTGCCTCTCTCTCCTCTCTTCCCCTCTCCTCCAACTCCTCCCCCTCCGGCCGGCCGCCGCCACGTCGACATGGTGAAGTTCTCGAAGGAGCTGGAAGCGCAGCTCATACCGGAATGGAAAGATGCATTCGTCAACTATTGGCAGCTCAAAAAGAATGTGAAAAAGATCAAGCTTTCCAAAAAACCCAAGCATGTCTCTAACACTAACTACGACTTTGGCCGATCCATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130999819
ATGGTGAAGTTCTCGAAGGAGCTGGAAGCGCAGCTCATACCGGAATGGAAAGATGCATTCGTCAACTATTGGCAGCTCAAAAAGAATGTGAAAAAGATCAAGCTTTCCAAAAAACCCAAGCATGTCTCTAACACTAACTACGACTTTGGCCGATCCATTTTCGATCCCTTTCGAGCTCTCGCCCGCAAACTCGCCGGCTCCTCCGGCGACGTCGAAGGCCGCGAAATCCTTCAGGTTAAAAGTAGAGTTTCTAAAGGAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057781464.1
MVKFSKELEAQLIPEWKDAFVNYWQLKKNVKKIKLSKKPKHVSNTNYDFGRSIFDPFRALARKLAGSSGDVEGREILQVKSRVSKGDDGEEEELDVEVYETELDQLFSEEHEVRVFFEMLDEELNKVNHFYKSKEIEFLERGEILNKQLQILLDLKRLIADRRRKNFGGQTGSGGSGFLSRSGSSFGRNSDLSGSEREFCDSPNESQTDEVVAALEKNGVNFVNSAVRGKTKKGKPKMAMRIDIPATTPTKTIAAVTSML...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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