当前解析结果
SmilChr08G000262| 统一新 Gene ID | SmilChr08G000262 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G000262 |
| 描述 | cyanate hydratase |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 1803436 - 1805581 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130999859 |
|---|---|
| GeneID | 130999859 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130999859 |
| 原始查询 | LOC130999859 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | cyanate hydratase |
| 产物 | cyanate hydratase |
| Arabidopsis | AT3G23490 (CYN)cyanase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821930] identity=74.07; qcov=0.931; evalue=3.75e-88; confidence=high |
| Rice | Os10g0471300 (OsCYN)- identity=69.03; qcov=0.891; evalue=8.18e-82; confidence=high |
| GO | GO:0003677 (DNA binding); GO:0008824 (cyanate hydratase activity); GO:0009439 (GO:0009439) |
| KEGG | smil00910 (Nitrogen metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF02560 (Cyanate_lyase) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130999859 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | 五折投票比例 | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.60000 | XP_057781522.1 |
| 2 | Mitochondrion | 线粒体 | 0.60000 | XP_057781522.1 |
| 3 | Mitochondrion matrix | 线粒体基质 | 0.60000 | XP_057781522.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.40000 | XP_057781522.1 |
| 5 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057781522.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:1803577 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B60,C61 |
Chr8:1803684 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B126,B57,C19 |
Chr8:1803696 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B101 |
Chr8:1803720 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B56,B96 |
Chr8:1803747 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B40,B53,B82,C60 |
Chr8:1803753 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B129,B34,B71,C9 |
Chr8:1804130 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B115,B125 |
Chr8:1804934 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A8 |
Chr8:1805214 |
GA |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B75 |
Chr8:1805214 |
GA |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B75 |
Chr8:1805252 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A1,B107,B3 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057781522.1PF02560
Cyanate_lyase 83-150 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057781522.1 |
Pfam | PF02560 |
Cyanate_lyase | Domain | 83 | 150 | 2.3e-30 | 104.9 | Cyanate lyase C-terminal domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。