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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G000698

染色体: Chr08 坐标: 5176403-5186157 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G000698
名称SmilChr08G000698
描述kinesin-like protein KIN-12E
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向5176403 - 5186157 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000274
GeneID131000274
locus_tag-
NCBI NameLOC131000274
原始查询LOC131000274

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述kinesin-like protein KIN-12E
产物kinesin-like protein KIN-12E
ArabidopsisAT3G44050 (AT3G44050)
P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823523]
identity=62.5; qcov=0.611; evalue=0; confidence=high
RiceOs12g0590500
-
identity=54.4; qcov=0.398; evalue=0; confidence=low
GOGO:0003777 (microtubule motor activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0007018 (microtubule-based movement); GO:0008017 (microtubule binding)
KEGGsmil04814 (Motor proteins - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00225 (Kinesin); PF16796 (Microtub_bd)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000274

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoskeleton 细胞骨架 1.00000 XP_057782073.1
2 Phragmoplast Phragmoplast 0.80000 XP_057782073.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057782073.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057782073.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057782073.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:5176596 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A5,B115,B6
Chr8:5176651 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C19
Chr8:5176719 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B66,B8
Chr8:5176753 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B66,B8
Chr8:5176760 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B66,B8
Chr8:5176765 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B66,B8
Chr8:5176795 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A9
Chr8:5176917 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C14
Chr8:5176924 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C46
Chr8:5176932 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C46
Chr8:5177041 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A5,B115,B6,B66,B8
Chr8:5177076 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B124

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782073.1
1499 aa
N
1
750
1499
Microtub_bd
Kinesin
C
PF16796 Microtub_bd 138-290 aa PF00225 Kinesin 144-474 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057782073.1 Pfam PF16796 Microtub_bd Domain 138 290 1.3e-21 77.8 Microtubule binding
XP_057782073.1 Pfam PF00225 Kinesin Domain 144 474 6.8e-111 371.1 Kinesin motor domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057926090.1
ATGGTAAAAACAAAGATCCACCTGTTTTCAAATCTCACCCTGAGGGGTATAAGCGTTATTTCCATACCTGAATCATGCAACACTGGCTCACGCTTTCAAATTCAAAATATTTCAAAATCTTCAACGGTCCTTCCAAATCCTCTCCGTCTCCATTCACTCTCTCATCAAAACTCAGTAACCTTCTTCATATTCTATCGCAAAATCACTCTTCCCAATCCATTCGAGCCGTCAAAATGCCGGTGTTCTCCTCCAACACCGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131000274
ATGCAACACTGGCTCACGCTTTCAAATTCAAAATATTTCAAAATCTTCAACGGTCCTTCCAAATCCTCTCCGTCTCCATTCACTCTCTCATCAAAACTCAGTAACCTTCTTCATATTCTATCGCAAAATCACTCTTCCCAATCCATTCGAGCCGTCAAAATGCCGGTGTTCTCCTCCAACACCGAATCTACCATGTCCGCTATTAGGTCGCGGTTTGGCTATGGCCAAATTCAGCACCCTGAATTGGCTGACTCGGCCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057782073.1
MQHWLTLSNSKYFKIFNGPSKSSPSPFTLSSKLSNLLHILSQNHSSQSIRAVKMPVFSSNTESTMSAIRSRFGYGQIQHPELADSATTVMKSSASSPALLLKSASRDNSVSDDGETTSAAATRNFEFGLDPSFWKEHNVQVIIRLRPLSSSEISVQGSNRCVRQDSSQTITWTGHPESRFTFDIVADESVSQEMLFKVAGVPMVENCMLGYNSCMFAYGQTGSGKTHTMLGDIEGGTRRHSVNCGMTPRVFEYLFSRIQK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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