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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004220

染色体: Chr01 坐标: 60578752-60580941 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004220
名称SmilChr01G004220
描述uncharacterized SmilChr01G004220
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向60578752 - 60580941 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000532
GeneID131000532
locus_tag-
NCBI NameLOC131000532
原始查询LOC131000532

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Aha1 domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820379]; symbol=AT3G12050; hit=AT3G12050; species=arabidopsis; confidence=high
产物Aha1 domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820379]; symbol=AT3G12050; hit=AT3G12050; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT3G12050 (AT3G12050)
Aha1 domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820379]
identity=67.9; qcov=1.03; evalue=1.18e-180; confidence=high
RiceOs08g0464000
-
identity=64.5; qcov=1.02; evalue=3.07e-167; confidence=high
GOGO:0001671 (ATPase activator activity); GO:0005829 (cytosol); GO:0006457 (protein folding); GO:0032781 (positive regulation of ATP-dependent activity); GO:0051087 (protein-folding chaperone binding)
KEGG-
PfamPF08327 (AHSA1); PF09229 (Aha1_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000532

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057782483.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057782483.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057782483.1
4 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057782483.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057782483.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:60579006 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B126,C59,C6
Chr1:60579144 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B22,B41
Chr1:60579294 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C63,D9
Chr1:60579315 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B121,B42,B43,C16,C85
Chr1:60580585 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C50
Chr1:60580780 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B77

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782483.1
352 aa
N
1
176
352
Aha1_N
AHSA1
C
PF09229 Aha1_N 29-165 aa PF08327 AHSA1 228-348 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057782483.1 Pfam PF09229 Aha1_N Domain 29 165 9.1e-29 101.1 Activator of Hsp90 ATPase, N-terminal
XP_057782483.1 Pfam PF08327 AHSA1 Family 228 348 3e-15 57.3 Activator of Hsp90 ATPase homolog 1-like protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057926500.1
AACTCCTTCTAGAGCTTTCCAAGAGAAAAACTTTCCGCCAAAAAGTAATGGGAATTCTTAACATAAATCTAGACCCTTCTATTTACAGAACGGTCCAGATCTTTATATAAATTAATCTTCCTCCTCACACGCGCCGTCGCACGCTAAAATCCACAGTCACTCCCACACATCTCCACAATCTATAGCTCAAATTCGATAACAATGGCAAGATTGGGCGAAGGAGACAAGCGATGGATCGTGGAAGACCGCTCCGACGGAAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131000532
ATGGCAAGATTGGGCGAAGGAGACAAGCGATGGATCGTGGAAGACCGCTCCGACGGAACCAACGTCCACAATTGGCACTGGGCCGAAACTAATTGCCTCGAGTGGTCTAGGAAATTCCTCGAGAACCTTCTGTGCGACAAGACCCTCCTCTCCGGCGAGGGCAATCTCTACATAAAGACTAAGAAGGTCGAGAAGCTCGACGGAGAAGCATACGTTAATGTTCGCAAGGGGAAGATTATTCCCGGCTACGAGTTGAATTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057782483.1
MARLGEGDKRWIVEDRSDGTNVHNWHWAETNCLEWSRKFLENLLCDKTLLSGEGNLYIKTKKVEKLDGEAYVNVRKGKIIPGYELNLVVSYEAEAKDSDGKSILKTEGSVEVPYISDENAGEDPDLRITIKDDGPIGKTLKEAFVAKGKPFVFEKIRAYVDAMAKGGPAKEDLEVKKVSVKKPGSESAAGSNNAAAAAAPVKEVKKKVEKRKEGFKTITMSEKFSCRARDLFEILMDENRWRGFTQSNARISKEVGGEFS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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