Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G004265`

染色体: Chr01 坐标: 60911850-60912890 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G004265`
名称	SmilChr01G004265
描述	putative germin-like protein 2-1
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	60911850 - 60912890 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131000825`
GeneID	`131000825`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131000825`
原始查询	`LOC131000825`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	putative germin-like protein 2-1
产物	putative germin-like protein 2-1
Arabidopsis	`AT5G39160` (AT5G39160) RmlC-like cupins superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833910] identity=61; qcov=1.01; evalue=5.73e-87; confidence=high
Rice	`Os02g0491600` (OsGLP2-1) - identity=66.8; qcov=0.977; evalue=8.76e-101; confidence=high
GO	GO:0005618 (cell wall); GO:0030145 (manganese ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF00190 (Cupin_1); PF07883 (Cupin_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131000825

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	1.00000	`XP_057782911.1`
2	Cell wall	细胞壁	0.20000	`XP_057782911.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057782911.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057782911.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057782911.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:60912242`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A2,B26,B27,B77,C74
`Chr1:60912333`	`G`	`GGA`	2bp_insertion	frameshift_variant	18	A5,A9,B10,B101,B108,B127,B2,B33,B52,B79,B86,B91,B93,C16,C33,C4,C45,D1
`Chr1:60912351`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C2,C32,C68
`Chr1:60912356`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr1:60912419`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B2,B82,C33,C48
`Chr1:60912421`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B46,C17
`Chr1:60912496`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A6
`Chr1:60912518`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B140,B89,C34,C59
`Chr1:60912803`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	21	B109,B122,B137,B22,B31,B34,B67,B71,B81,B85,B95,B97,C15,C20,C24,C25,C34,C37,C72,C73,C81
`Chr1:60912871`	`TA`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	3	B4,C36,D6
`Chr1:60912871`	`TA`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	3	B4,C36,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782911.1

216 aa

108

216

Cupin_1

Cupin_2

PF00190 Cupin_1 61-207 aa PF07883 Cupin_2 97-169 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057782911.1`	Pfam	`PF00190`	Cupin_1	Domain	61	207	3.1e-54	183.4	Cupin
`XP_057782911.1`	Pfam	`PF07883`	Cupin_2	Domain	97	169	1.3e-09	38.3	Cupin domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057926928.1
ATCAATCATGGCAAAAAATATTATGTTACTGTGCCTAGTAGCCTTGTCTTTTGGTTTTCTTGCATATGCATTTGAGCCTAGCCCTTTGCAAGATTTCTGTGTAGCTGATACGTCCAGCTCAGCAAGAGTGAATGGGCATGTCTGCAAGAACCCTGGATCAGTTGGCGCTGAGGACTTCTCCTTTAGCGGCCTGCATATGCCCGGCAACACCTCCAACCCTAACGGCTCGAGGGTGACCCCGGTCACTGTTGCCCAGTTGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131000825
ATGGCAAAAAATATTATGTTACTGTGCCTAGTAGCCTTGTCTTTTGGTTTTCTTGCATATGCATTTGAGCCTAGCCCTTTGCAAGATTTCTGTGTAGCTGATACGTCCAGCTCAGCAAGAGTGAATGGGCATGTCTGCAAGAACCCTGGATCAGTTGGCGCTGAGGACTTCTCCTTTAGCGGCCTGCATATGCCCGGCAACACCTCCAACCCTAACGGCTCGAGGGTGACCCCGGTCACTGTTGCCCAGTTGCCGGGGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057782911.1
MAKNIMLLCLVALSFGFLAYAFEPSPLQDFCVADTSSSARVNGHVCKNPGSVGAEDFSFSGLHMPGNTSNPNGSRVTPVTVAQLPGLNTLGISMVRIDYAPWGINPPHTHPRATEILAVIEGSLEVGFVTSNPDNRLITKTLQKGDVFVFPIGLVHFQRNVGTKNAVAIAALSSQNPGVITIANVVFGSKPDISSNVLAKAFQIEQSVVYHLQATF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器