当前解析结果
SmilChr08G001540| 统一新 Gene ID | SmilChr08G001540 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G001540 |
| 描述 | bet1-like SNARE 1-2 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 12560335 - 12563859 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131001085 |
|---|---|
| GeneID | 131001085 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131001085 |
| 原始查询 | LOC131001085 |
| 来源 | GFF basic annotation; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | bet1-like SNARE 1-2 |
| 产物 | bet1-like SNARE 1-2 |
| Arabidopsis | AT4G14455 (ATBET12)Target SNARE coiled-coil domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827091] identity=62.5; qcov=0.966; evalue=8.63e-48; confidence=medium |
| Rice | Os08g0563300- identity=63.5; qcov=0.897; evalue=4.33e-45; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | smil04130 (SNARE interactions in vesicular transport - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF30871 (Sft1-BET1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131001085 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 1.00000 | XP_057783270.1 |
| 2 | Trans-golgi network | Trans-golgi network | 0.40000 | XP_057783270.1 |
| 3 | Vacuole | 液泡 | 0.20000 | XP_057783271.1 |
| 4 | Vacuole membrane | 液泡膜 | 0.20000 | XP_057783271.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057783270.1 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057783270.1PF30871
Sft1-BET1 40-99 aa
XP_057783271.1PF30871
Sft1-BET1 23-82 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057783270.1 |
Pfam | PF30871 |
Sft1-BET1 | Family | 40 | 99 | 2.7e-08 | 34.4 | Sft1/BET1 SNARE domain |
XP_057783271.1 |
Pfam | PF30871 |
Sft1-BET1 | Family | 23 | 82 | 2.1e-08 | 34.7 | Sft1/BET1 SNARE domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。