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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001550

染色体: Chr08 坐标: 12694515-12698451 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001550
名称SmilChr08G001550
描述ureidoglycolate hydrolase
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向12694515 - 12698451 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001092
GeneID131001092
locus_tag-
NCBI NameLOC131001092
原始查询LOC131001092

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ureidoglycolate hydrolase
产物ureidoglycolate hydrolase
ArabidopsisAT5G43600 (UAH)
ureidoglycolate amidohydrolase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834380]
identity=76.6; qcov=0.953; evalue=0; confidence=high
RiceOs12g0597500 (OsUAH)
-
identity=72.8; qcov=0.955; evalue=0; confidence=high
GOGO:0016813 (hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amidines)
KEGGsmil00230 (Purine metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF01546 (Peptidase_M20); PF04389 (Peptidase_M28)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001092

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 0.40000 XP_057783284.1
2 Mitochondrion 线粒体 0.20000 XP_057783284.1
3 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057783284.1
4 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057783284.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057783284.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:12694691 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C34
Chr8:12694707 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B77,C19,C40
Chr8:12694718 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B111,B113,B53,B61,C7
Chr8:12696131 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B77,C19,C40
Chr8:12696618 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B98,C25,C45
Chr8:12696673 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B112,B124,B16,C59
Chr8:12697151 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B77,C19,C40
Chr8:12697809 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C34
Chr8:12697884 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B29,C51
Chr8:12697961 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A16,A22,C25,C47,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057783284.1
466 aa
N
1
233
466
Peptidase_M28
Peptidase_M20
C
PF04389 Peptidase_M28 112-200 aa PF01546 Peptidase_M20 130-461 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057783284.1 Pfam PF04389 Peptidase_M28 Domain 112 200 1.7e-07 31.9 Peptidase family M28
XP_057783284.1 Pfam PF01546 Peptidase_M20 Family 130 461 9.4e-26 91.7 Peptidase family M20/M25/M40

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057927301.1
GAACTAGAATTAATTAGTTGCTTTTTGATAAAAAAGATAAACGCTAAAAGACAACGTTACGTGACAATGCAAGACTGACACAGCCCGCACAATTTCCCAACCAAGAACAATTGTTAAACCTCAAAACTCCAAAGATTTTAGCACCAATTTTTTTGCAAAACACACCAGAAAAATGGCTCCCAGAATCTCTCTCCTCATCCTCTCTCTCTACTTCTTTGCTGGAATCTCATCTCAGAGTAATGAATATGACGCCACAATCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131001092
ATGGCTCCCAGAATCTCTCTCCTCATCCTCTCTCTCTACTTCTTTGCTGGAATCTCATCTCAGAGTAATGAATATGACGCCACAATCAGAATCATGGAGGAGTTTTCAGGGTACCAAATTCGTGAGCCAATCTTGCAGGATTCCTCCTCATCTTCACTTTCAGTAGACACTGAAACTCTACAGAGACAGATTGATGAGCTATCAACTTTCTCTGATACACCTGCGCCTTCGGTCACCAGGATCCTTTACAGCGAAAAAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057783284.1
MAPRISLLILSLYFFAGISSQSNEYDATIRIMEEFSGYQIREPILQDSSSSSLSVDTETLQRQIDELSTFSDTPAPSVTRILYSEKDVQARGFVKNLLSISGLSVREDAVGNIFGRWVGSEPELAPVSTGSHIDAIPYSGKYDGVVGVLGAIEAINVLKRSGFKPKRSLEVIMFTSEEPTRFGISCLGSRLLSGSKELAQLLKRTVDGQNISFSDAAKFAGYTNNDFSSVFLEKGSYSAFIELHIEQGPILEEEAISIGV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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