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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G001629

染色体: Chr08 坐标: 13477912-13479664 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G001629
名称SmilChr08G001629
描述serine/threonine-protein kinase BLUS1
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向13477912 - 13479664 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001173
GeneID131001173
locus_tag-
NCBI NameLOC131001173
原始查询LOC131001173

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述serine/threonine-protein kinase BLUS1
产物serine/threonine-protein kinase BLUS1
ArabidopsisAT4G14480 (AT4G14480)
Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827095]
identity=56.2; qcov=1.05; evalue=3.9e-180; confidence=high
RiceOs06g0486400
-
identity=48.9; qcov=0.803; evalue=2.87e-113; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0043539 (protein serine/threonine kinase activator activity)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001173

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057783470.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057783470.1
3 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057783470.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057783470.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057783470.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:13478194 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B24
Chr8:13478362 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A18
Chr8:13478506 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B6,B99
Chr8:13478521 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B138,B54
Chr8:13478556 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B17
Chr8:13478706 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A5,B80
Chr8:13478954 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B139
Chr8:13479081 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D2
Chr8:13479128 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B135
Chr8:13479135 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B103
Chr8:13479164 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B51
Chr8:13479199 A AGC 2bp_insertion frameshift_variant 4 B133,C22,C80,D1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057783470.1
456 aa
N
1
228
456
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 14-292 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 16-288 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057783470.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 14 292 1e-62 212.7 Protein kinase domain
XP_057783470.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 16 288 5e-43 148.0 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057927487.1
ATGAATCTCTCTTTCACAAGAAATCCGCTTTAGCTCTGCTTTTCATTTTCCACCTCTCAATACAAAAATAAATATCTTGACGTTGTGTTTCCACAAGAAACCATCTGTGAGAAAGGCGATGAGCGGCAGTGATCACTATCCTCTCGACTCAAACTGCTACAAGATTCTTGATGAAATTGGCAGAGGAGTTAGCGCCATTGTGTATAAGGCCGTCTGCATTCCAATGGAGTCCTCTGTGGTAGCTATCAAAGCGATTGATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131001173
ATGAGCGGCAGTGATCACTATCCTCTCGACTCAAACTGCTACAAGATTCTTGATGAAATTGGCAGAGGAGTTAGCGCCATTGTGTATAAGGCCGTCTGCATTCCAATGGAGTCCTCTGTGGTAGCTATCAAAGCGATTGATCTAGAGAAGTCGAAGACGGATTTCGAAAATGTGAGACGTGAAGCCAAGATCATGACCCTTTTGTGGCACCCTAACATCCTCCGAGCACACTGCTCCTTCACAGTGAAAAGCTCTCTTTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057783470.1
MSGSDHYPLDSNCYKILDEIGRGVSAIVYKAVCIPMESSVVAIKAIDLEKSKTDFENVRREAKIMTLLWHPNILRAHCSFTVKSSLWVVMPFMSGGSLQSIIASSYPDGLPEPCIASVLKEILSALSYLHDQGHLHRDIKAGNILIDSNGTVKLADFGVSASVYESSLSCGWAGSSSSMSRMLTDVTGTPYWMAPEVIHSHTGYGIKADIWSFGITALELAHGRPPLSHLPPSKSMMMKITKKFRFSDHYDKTKASMNKR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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