当前解析结果
SmilChr01G004304| 统一新 Gene ID | SmilChr01G004304 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G004304 |
| 描述 | bZIP transcription factor TGA10 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 61221492 - 61227244 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131001198 |
|---|---|
| GeneID | 131001198 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131001198 |
| 原始查询 | LOC131001198 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | bZIP transcription factor TGA10 |
| 产物 | bZIP transcription factor TGA10 |
| Arabidopsis | AT5G06839 (TGA10)bZIP transcription factor family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830575] identity=63; qcov=0.917; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os09g0489500 (OsTGA10)- identity=51.1; qcov=0.972; evalue=1.71e-147; confidence=high |
| GO | GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006351 (DNA-templated transcription); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0043565 (sequence-specific DNA binding) |
| KEGG | smil04075 (Plant hormone signal transduction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF00170 (bZIP_1); PF07716 (bZIP_2); PF14144 (DOG1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131001198 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057783499.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057783499.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057783499.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057783499.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057783499.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:61223117 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B101,B55,C85,D5 |
Chr1:61223356 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C3,C50 |
Chr1:61223967 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B101,B55,C85,D5 |
Chr1:61223984 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B101,B55,C85,D5 |
Chr1:61224198 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B11,C79,C87 |
Chr1:61224316 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C54 |
Chr1:61225625 |
CA |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B59 |
Chr1:61225625 |
CA |
C |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B59 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057783499.1PF07716
bZIP_2 175-217 aa
PF00170
bZIP_1 178-208 aa
PF14144
DOG1 270-343 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057783499.1 |
Pfam | PF07716 |
bZIP_2 | Coiled-coil | 175 | 217 | 1.5e-06 | 28.8 | Basic region leucine zipper |
XP_057783499.1 |
Pfam | PF00170 |
bZIP_1 | Coiled-coil | 178 | 208 | 2.2e-08 | 34.8 | bZIP transcription factor |
XP_057783499.1 |
Pfam | PF14144 |
DOG1 | Family | 270 | 343 | 8.2e-31 | 106.7 | Seed dormancy control |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。