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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G002325`

染色体: Chr08 坐标: 21929435-21931623 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G002325`
名称	SmilChr08G002325
描述	protein SHORT-ROOT-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	21929435 - 21931623 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131001848`
GeneID	`131001848`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131001848`
原始查询	`LOC131001848`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein SHORT-ROOT-like
产物	protein SHORT-ROOT-like
Arabidopsis	`AT4G37650` (SHR) GRAS family transcription factor [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829919] identity=62.8; qcov=0.933; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os07g0586900` (OsSHR1) - identity=60.5; qcov=0.924; evalue=9.61e-162; confidence=high
GO	GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0008356 (asymmetric cell division); GO:0009956 (radial pattern formation); GO:0043565 (sequence-specific DNA binding); GO:0045930 (negative regulation of mitotic cell cycle); GO:0048366 (leaf development)
KEGG	-
Pfam	PF03514 (GRAS)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131001848

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057784452.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057784452.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057784452.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057784452.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057784452.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:21929738`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr8:21929740`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C58
`Chr8:21929781`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr8:21929799`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A4,B29,B95,C32,C68
`Chr8:21929870`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B91
`Chr8:21929916`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B124
`Chr8:21929979`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A4,B29,B95,C32,C68
`Chr8:21930167`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C65
`Chr8:21930219`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr8:21930222`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr8:21930254`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B134,B37,D8
`Chr8:21930290`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B78,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057784452.1

447 aa

224

447

GRAS

PF03514 GRAS 72-445 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057784452.1`	Pfam	`PF03514`	GRAS	Family	72	445	6.7e-103	345.2	GRAS domain family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057928469.1
GTTGGGAGAGTGAAAATTAAAAATATTTAATTAGTTGGTGGTGCATTTGATAATGATGATAAAAGTGCACGCCCCTCCCGCAGCTTTTCATCCACTCACAAATCACAATACAATATTCACAATTCACATACATACTCTGCTTAATTACAAAGCCACACCCACTACTACCACAAACAACCAAAACACATACACATATGGAAACATGCCTCTTTTTTCTCCTCACTTTCTTGGTCTTTTTGTCAGACAAATTTTTCTATCTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131001848
ATGGATACCTTGTACAGACTAGTGAGCCTGCTCCAAGCTGATCAGTCGAGCAGCAGCTCCAAATCCTCCAAGCACCAAAACCCTAATTACGACGAAGAATGCTTCAACGTTTTCATGGATGATGAGGATTTGTCTTCTTCTTCTTCCTCCAAGCACGACGTCACTCTGGAATTCGCCGCCGCCCTCTCCGGCCACAACACCAAGTGGTCTGACGACATCCTTGTGGAAGCGGCGAGGGCCATGACCGAGAGAAACAGCGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057784452.1
MDTLYRLVSLLQADQSSSSSKSSKHQNPNYDEECFNVFMDDEDLSSSSSSKHDVTLEFAAALSGHNTKWSDDILVEAARAMTERNSARVQQLMWMLNELSSPYGDIDQKLASYFLQALFSRITDSGDRTYATLSSASDRNCSFDSTRRTVLKFQEVSPWMMFGHVACNGAIMEAFEGETRLHIVDVSNTFCTQWPTLLEAIATRAHDTPHLRITTVLAGGGPAVHRVMKEIAARMEKFARLMGVPFAFAVVHHHGDLADL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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