同源 qcov 为最佳单个 HSP 在查询序列上的坐标跨度/序列长度;置信度是规则分级,不是已验证的正交关系。

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及有 accession 序列支持的文献基因名查询;身份待核实的名称仅提供候选导航。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002349

染色体: Chr08 坐标: 22200511-22207013 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一基因 IDSmilChr08G002349
名称SmilChr08G002349
描述uncharacterized SmilChr08G002349
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向22200511 - 22207013 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001874
GeneID131001874
locus_tag-
NCBI 名称LOC131001874
原始查询LOC131001874

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述INO80 complex subunit D-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817718]; symbol=AT2G31600; hit=AT2G31600; species=arabidopsis; confidence=medium
产物INO80 complex subunit D-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817718]; symbol=AT2G31600; hit=AT2G31600; species=arabidopsis; confidence=medium
拟南芥AT2G31600 (AT2G31600)
INO80 complex subunit D-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817718]
identity=42.81; qcov=0.979; evalue=1.11e-74; confidence=medium
水稻Os05g0304100
-
identity=41.67; qcov=0.63; evalue=6.19e-40; confidence=medium
GOGO:0043981 (GO:0043981); GO:0043982 (GO:0043982); GO:0043984 (GO:0043984); GO:0044545 (NSL complex)
KEGG-
PfamPF13891 (zf-C3HC3H_KANSL2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001874

打开注释模块

亚细胞定位候选(最多五项)

预测得分表示模型支持程度,不能作为定位概率;所有候选均需实验验证。

方法与数据说明

当前结果已使用全部46,325条核基因组蛋白的完整原生特征重算。逐条核验39×39×7 PROFEAT、1280维ESM2、整条序列及五组模型的定位判定;当前模型、阈值文件和执行种子有记录。历史缓存及历史执行版本仍未确认。结果为计算候选,预测得分表示模型支持程度,不是校准概率,也不代表实验确认或已建立的预测准确率。模型含部分动物相关标签,应谨慎解读其在植物中的适用性。 四舍五入后概率与阈值相等的481条记录已按未舍入模型值再次复核,原始投票全部一致。

排序定位位置预测得分蛋白 ID
1 细胞核 1.00000 XP_057784487.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 参考等位基因 变异等位基因 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:22201036 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B70,C62,C85
Chr8:22201050 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B107
Chr8:22206600 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B78

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057784487.1
284 aa
N
1
142
284
zf-C3HC3H_KANSL2
C
PF13891 zf-C3HC3H_KANSL2 161-223 aa
蛋白 ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value 得分 说明
XP_057784487.1 Pfam PF13891 zf-C3HC3H_KANSL2 Domain 161 223 1.2e-15 58.3 KANL2-like, probable zinc-finger domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057928504.1
TATAAATCTATTCTTCAAAAAATAAATTTTAGCATGCCTTACAAAACTAAACATTCTTTGAGAAAAAGTTCAAAATTTTCAGTAGTTCGAAATAGTACATGACGCATCAGTTGTTGTACTCCCATGGGCGTATATAAACCCTAACAAAGTCATTGTGGCCGTACACCCCACAAACGTAAATTTACTGATAGACGCACACGTTTCCGTATTCTCTCGCTCTCCAATGTTCAACGCCGCCGCGGCCACCACCTCCGCCGCCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
lcl|NC_080394.1_cds_XP_057784487.1_43406
ATGTTCAACGCCGCCGCGGCCACCACCTCCGCCGCCGCCGTCAGCGGTCCGAACCATCACTCCTCAATCGCCGTCTCATTCAAACACGAAACCAAGCCCTTCCACACGCACGCCGCCGAAATGCCGGACCCATCGCCGTCGTCCTCCGCCGGCCCAATTCGCATCGACGGATCCGAACAAGACGCCGTCCTATCGAAATCGGAGTTCCTGACCCGACCCGAAGTCCTCAATCGGCGCGCCCGCAGAGTGAAGCAGCTCGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057784487.1
MFNAAAATTSAAAVSGPNHHSSIAVSFKHETKPFHTHAAEMPDPSPSSSAGPIRIDGSEQDAVLSKSEFLTRPEVLNRRARRVKQLVRIYRDHYWALMEELKLKYREYYWEYGKSPFVEDEENERINPSRADGAGLAGDNGNGNLGVNGGNGIGIATSRCGVHGCKAKAMALTRFCHMHILSDAKQKLYKACIFTIKSSTTGPILCGKPILRSTVPSYCPAHFQKAERHMVRALKKSGLNIASTSKLAPKLHLIVVEYIR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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