Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G004373`

染色体: Chr01 坐标: 61933830-61935588 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G004373`
名称	SmilChr01G004373
描述	zeatin O-glucosyltransferase-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	61933830 - 61935588 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131001907`
GeneID	`131001907`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131001907`
原始查询	`LOC131001907`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	zeatin O-glucosyltransferase-like
产物	zeatin O-glucosyltransferase-like
Arabidopsis	`AT3G50740` (UGT72E1) UDP-glucosyl transferase 72E1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824238] identity=38.8; qcov=0.616; evalue=1.28e-52; confidence=medium
Rice	`Os04g0556500` (CZOGT1) - identity=42.2; qcov=1.02; evalue=1.3e-106; confidence=medium
GO	GO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity)
KEGG	smil00908 (Zeatin biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00201 (UDPGT); PF26168 (Glyco_transf_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131001907

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057784529.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057784529.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057784529.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057784529.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057784529.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:61934218`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B129,B22,B41,B94,C59
`Chr1:61934261`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A13,B130,B21
`Chr1:61934265`	`A`	`ACC`	2bp_insertion	frameshift_variant	22	A11,A4,B1,B107,B109,B114,B125,B140,B26,B28,B3,B48,B49,B55,C3,C38,C40,C61,C75,C83,C85,D5
`Chr1:61934600`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr1:61934631`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr1:61934843`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	D11
`Chr1:61934843`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr1:61935143`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A20,A23
`Chr1:61935182`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A2,B26,D2
`Chr1:61935212`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B41,B94,C59
`Chr1:61935225`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr1:61935227`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057784529.1

456 aa

228

456

Glyco_transf_N

UDPGT

PF26168 Glyco_transf_N 5-235 aa PF00201 UDPGT 251-386 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057784529.1`	Pfam	`PF26168`	Glyco_transf_N	Domain	5	235	4.4e-62	210.7	Glycosyltransferase, N-terminal domain
`XP_057784529.1`	Pfam	`PF00201`	UDPGT	Family	251	386	1.7e-21	77.3	UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057928546.1
ATAAAAAGATACTCCCTCCGTCCACTAATTCAAGGCCTTCTTTCCTTTTTGGGACGTCCACCAACTCAAGACCTATCCATTTTTAGTAAGTTTTTATTTATATTTAATTGGTGGGTCCCAAAACAATACACTTTTTCTCCACTCAACTAATAAACAATATATTAATTGTGGGTCCCTTTCTCCACTCAACTAATAAAAATACACTTTTTCTTAAAACTCGTGTTTTGCTACTAAGGTCATGAATTAGTGGACGGAGGGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131001907
ATGGCGAAATCTAAAGTTGCGGTTGTGATTGTGCCACTTCCCACCCAAAGCCACCTGAACCAGCTCCTCCACCTCGCCGCTGTGCTATCCTCCCGCGGCCTCCCCGTCCACTTCGTCGGCTCCGCCACCCACAACCGCCAGGTCAGACTCCGAGCCTCTGGCCTAAAACCCAGCGCCGCCGCCAAAATCAAATTCCACGATCTTCACTCTTCGCCAATCGCGGCGCCGGAACCAGACACGACTAATGCAAACAAGCTCCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057784529.1
MAKSKVAVVIVPLPTQSHLNQLLHLAAVLSSRGLPVHFVGSATHNRQVRLRASGLKPSAAAKIKFHDLHSSPIAAPEPDTTNANKLPTHQKPALMAYMELNSPTCSLVRELSAESSRIAVIYDRLVSPAVKDAVAIENVESYAFSCLSALNLFCVLWENLGRPFDVEGEINRWPSVREFFPVPALKFIATTPAHFDERDGDIYNTSRLIEAKYIDLLRREEIGGGKKQFTIWPIWPRNLHDAKSRHECLEWLDLQSPRSV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器