Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G002428`

染色体: Chr08 坐标: 23063418-23068638 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G002428`
名称	SmilChr08G002428
描述	chorismate synthase 1, chloroplastic-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	23063418 - 23068638 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131001948`
GeneID	`131001948`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131001948`
原始查询	`LOC131001948`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	chorismate synthase 1, chloroplastic-like
产物	chorismate synthase 1%2C chloroplastic-like
Arabidopsis	`AT1G48850` (EMB1144) chorismate synthase, putative / 5-enolpyruvylshikimate-3-phosphate phospholyase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841307] identity=78.7; qcov=0.998; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0254800` (CS) - identity=75.4; qcov=0.913; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004107 (chorismate synthase activity); GO:0005829 (cytosol); GO:0009073 (aromatic amino acid biosynthetic process); GO:0009423 (chorismate biosynthetic process); GO:0010181 (FMN binding)
KEGG	smil00400 (Phenylalanine, tyrosine and tryptophan biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01230 (Biosynthesis of amino acids - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF01264 (Chorismate_synt)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131001948

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057784581.1`
2	Mitochondrion	线粒体	0.60000	`XP_057784581.1`
3	Chloroplast stroma	叶绿体基质	0.60000	`XP_057784581.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057784581.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057784581.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:23063819`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A23
`Chr8:23065009`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B119,B72,C26
`Chr8:23065494`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B140,C4,C46
`Chr8:23066623`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B70,C62
`Chr8:23066871`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B30,B80,B84,C59,C81
`Chr8:23068326`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B118,B60

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057784581.1

437 aa

218

437

Chorismate_synt

PF01264 Chorismate_synt 59-406 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057784581.1`	Pfam	`PF01264`	Chorismate_synt	Family	59	406	1.6e-135	451.7	Chorismate synthase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057928598.1
CGCGGAGGAGGGGTAGGTGGTGCCATGGTGGCGAACCCTTGTTGCGGGCCCCACTTCACTTCACACCCAACTATTTTTCCCACACCAACTACCCATCTACTCTCCACACACATTTTATATATAAAATCTATATACAAATTTTACAATTGCTGAGCCACCGAAATTTCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTACACTCACCAAACCAGAGAGAGAATTCCACCAAACTCCAGTTCGACGCGACCGTTGGATTAATGGCGTCGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131001948
ATGGCGTCGAGCCTCTACACCAAACACTTCCTCGGAGCTCCATCGTCCTCCGATGGACCCGCCCGCCTTGGATCTCTCCAGTCGCCGCCGTCGCCCAGCCTCCAGATGCCTGCTCGCCGATCCCGCGTCAAACGCCTTGAAATACAGGCTGCTGGCAGTACATATGGAACCTACTTCCGTGTTACAACATTTGGAGAATCTCATGGTGGAGGCGTAGGCTGTGTAATAGATGGGTGCCCTCCCAGACTTCCCCTCTCAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057784581.1
MASSLYTKHFLGAPSSSDGPARLGSLQSPPSPSLQMPARRSRVKRLEIQAAGSTYGTYFRVTTFGESHGGGVGCVIDGCPPRLPLSEADMQVDLDRRRPGQSRITTPRKETDTCKIASGTADGFTTGSPIKVEVPNTDQRGNDYTEMSQAYRPSHADATYDFKYGVRSVQGGGRSSARETIGRVAAGAVAKKILKLYAGTEIIAYVSQVHNVVLPEDLVDHETVTLDQIESNIVRCPNPEYAEKMIAAIDAVRVRGDSVG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器