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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G002505

染色体: Chr08 坐标: 24092965-24093982 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G002505
名称SmilChr08G002505
描述abscisic acid receptor PYL4-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向24092965 - 24093982 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131002017
GeneID131002017
locus_tag-
NCBI NameLOC131002017
原始查询LOC131002017

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述abscisic acid receptor PYL4-like
产物abscisic acid receptor PYL4-like
ArabidopsisAT2G40330 (PYL6)
PYR1-like 6 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818626]
identity=55.1; qcov=1.05; evalue=4.72e-75; confidence=high
RiceOs05g0473000 (OsPYL/RCAR6)
-
identity=65.3; qcov=0.829; evalue=7.27e-64; confidence=high
GOGO:0004864 (protein phosphatase inhibitor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0009738 (abscisic acid-activated signaling pathway); GO:0010427 (abscisic acid binding); GO:0038023 (signaling receptor activity); GO:0080163 (GO:0080163)
KEGGsmil04016 (MAPK signaling pathway - plant - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04075 (Plant hormone signal transduction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF03364 (Polyketide_cyc); PF10604 (Polyketide_cyc2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131002017

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057784678.1
2 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057784678.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057784678.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057784678.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057784678.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:24093275 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B80
Chr8:24093315 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C14
Chr8:24093362 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B90
Chr8:24093538 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B90,B92
Chr8:24093576 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B90,B92
Chr8:24093642 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B123,B124,B136,B14
Chr8:24093653 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B84
Chr8:24093657 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C14
Chr8:24093681 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B123,B124,B136,B14
Chr8:24093755 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 3 B34,B98,C38
Chr8:24093755 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B34,B98,C38

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057784678.1
205 aa
N
1
102
205
Polyketide_cyc2
Polyketide_cyc
C
PF10604 Polyketide_cyc2 61-197 aa PF03364 Polyketide_cyc 64-169 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057784678.1 Pfam PF10604 Polyketide_cyc2 Family 61 197 1.5e-18 68.1 Polyketide cyclase / dehydrase and lipid transport
XP_057784678.1 Pfam PF03364 Polyketide_cyc Family 64 169 2.5e-05 25.3 Polyketide cyclase / dehydrase and lipid transport

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057928695.1
TCCACGCCTGCGTAAGCCCTGTGATCATAGACCTGCTCTTCTTTTCCTCCCATGAAAAAACCTCTCTATTTTTATTACAACTCGACAAACATTTCCCTTCTCTCTCTCTCTCTCTCCGCCTACATTTTATATACCGCCTCAAACCCAATCTCAATCCCTTCTTATCTTTTACTCCATTTCAAAATCCTAAAAAACAGAAAACAAACATGCCCTCTTCTCTTCAGATTCAGAGGATCAACCCCATAAACCACATCGCGTGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131002017
ATGCCCTCTTCTCTTCAGATTCAGAGGATCAACCCCATAAACCACATCGCGTGCATGCATCAGAAGGCGGCGAATCCCGCTTCCTGGGTATGCCCCGCCTCCGCCGCCGCCTCCCTGCCGGAGGAGATGCTCCACCACCACACCCACGCGGTGGCCCCGGGGCAGTGCTGCTCCGCGGCGGTGCAGCTGATCGACGCGTCGGTGGAGGCCGTGTGGTCCGTGGTGCGCCGCTTCGACAGGCCGCACGAGTACAAGAAGTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057784678.1
MPSSLQIQRINPINHIACMHQKAANPASWVCPASAAASLPEEMLHHHTHAVAPGQCCSAAVQLIDASVEAVWSVVRRFDRPHEYKKFLKSCHVILGDGDVGTLREVRVVSGLPAATSTERLEILDDERHVMSFSVVGGDHRLRNYSSVTTLHAAGGGGGTVVVESYVVDVPHGNTKEETCAFIDTIVKCNLHSLAQIAQNLPKTY

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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