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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004465

染色体: Chr01 坐标: 62745873-62750373 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004465
名称SmilChr01G004465
描述transcription factor TGA2.2-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向62745873 - 62750373 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131003004
GeneID131003004
locus_tag-
NCBI NameLOC131003004
原始查询LOC131003004

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述transcription factor TGA2.2-like
产物transcription factor TGA2.2-like
ArabidopsisAT3G12250 (TGA6)
TGACG motif-binding factor 6 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820405]
identity=73.5; qcov=0.721; evalue=1.97e-172; confidence=high
RiceOs01g0808100 (OsbZIP08)
-
identity=66.7; qcov=0.979; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006351 (DNA-templated transcription); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0043565 (sequence-specific DNA binding)
KEGGsmil04075 (Plant hormone signal transduction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00170 (bZIP_1); PF07716 (bZIP_2); PF14144 (DOG1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131003004

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057785467.1
2 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057785467.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057785467.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057785467.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057785467.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:62747168 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B122
Chr1:62747276 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48
Chr1:62747517 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B66
Chr1:62747826 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C86,C87
Chr1:62748960 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B55,C23,C64,C66

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057785467.1
466 aa
N
1
233
466
bZIP_2
bZIP_1
DOG1
C
PF07716 bZIP_2 178-222 aa PF00170 bZIP_1 181-221 aa PF14144 DOG1 264-338 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057785467.1 Pfam PF07716 bZIP_2 Coiled-coil 178 222 6.7e-06 26.8 Basic region leucine zipper
XP_057785467.1 Pfam PF00170 bZIP_1 Coiled-coil 181 221 3.1e-07 31.1 bZIP transcription factor
XP_057785467.1 Pfam PF14144 DOG1 Family 264 338 5.3e-33 113.7 Seed dormancy control

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057929484.1
GGAGGCTTTAAAAAGTGGAAAATATGCTTCCGCTGAAAATGACGCCTAGCTTGGAATGATCTGAACGTCACGTCTCTCAATCGCCATAAACAATTGTTCAAGATCATTAAACAAAGAAGCTTAATCACAACTGGGACCCTGGAATTTTGTGCTCGAACACTCTCCCTTCAGAAATTTCTAGATATAATCAAAGAAAACTATTCAAATATCCAATCCATTTATTAAACTAAACAATTTCCAATCTCGTGCGTTCAAGATTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131003004
ATGGGTAGTAAAACCATCAAATTTAGTGCAGAGGATAACAGAACAGGGATGCCAAGTTTCATTTCTCAGACTCCTGCTTCCAATCCCATGGGTACAGAGGCAAATGCAACTCAATCTTCACAAGTTCCAAATTTTGGGGTCCTCGAGCAATATCTGGGGTTTCGGATTGGAGATCCTGCTAATAATGTCGGCCGAAGTCAAGTATTTAACCAAAGTATGAATAGCCAATCCGTTGGTCCCGATCTCCAGTCCGGTTTATT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057785467.1
MGSKTIKFSAEDNRTGMPSFISQTPASNPMGTEANATQSSQVPNFGVLEQYLGFRIGDPANNVGRSQVFNQSMNSQSVGPDLQSGLFNKTYASTNTNFSAALLGSQPVQLQKGPQPNLLSTSSGQHENWGESNMAESSSRTDTSTDLDPDDKSQKIDMGQSAGVAVSDSSDKSKEKTSDQKTLRRLAQNREAARKSRLRKKAYVQQLENSRLKLTQLEQELQRARQQGIFISNSGDQSHSGSANGALAFDVEYARWTEEQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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