Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G004867`

染色体: Chr01 坐标: 66790523-66793700 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G004867`
名称	SmilChr01G004867
描述	L-galactose dehydrogenase
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	66790523 - 66793700 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131005205`
GeneID	`131005205`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131005205`
原始查询	`LOC131005205`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	L-galactose dehydrogenase
产物	L-galactose dehydrogenase
Arabidopsis	`AT4G33670` (AT4G33670) NAD(P)-linked oxidoreductase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829509] identity=79; qcov=0.994; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os12g0482700` - identity=71.5; qcov=0.984; evalue=2.85e-173; confidence=high
GO	GO:0005829 (cytosol); GO:0010349 (L-galactose dehydrogenase activity); GO:0019853 (L-ascorbic acid biosynthetic process)
KEGG	smil00053 (Ascorbate and aldarate metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01240 (Biosynthesis of cofactors - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00248 (Aldo_ket_red)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131005205

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057788023.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057788023.1`
3	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057788023.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057788023.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057788023.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:66790782`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	B122
`Chr1:66790782`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B122
`Chr1:66791943`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B103,C15,C21
`Chr1:66792037`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D2
`Chr1:66792783`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr1:66793219`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A5,B126,B71,B74,C62

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788023.1

321 aa

160

321

Aldo_ket_red

PF00248 Aldo_ket_red 21-286 aa

XP_057788024.1

321 aa

160

321

Aldo_ket_red

PF00248 Aldo_ket_red 21-286 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057788023.1`	Pfam	`PF00248`	Aldo_ket_red	Domain	21	286	3.4e-57	194.4	Aldo/keto reductase family
`XP_057788024.1`	Pfam	`PF00248`	Aldo_ket_red	Domain	21	286	3.4e-57	194.4	Aldo/keto reductase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057932041.1
GTCACAAATTCCAACTCAATGTGATCATTTTTTTTTTATCATTATTACTCCCTTCGTCCCATTTCAAATGTCTCATTTTCTATTTTGGATTGTTCCACTCCAAATTGGGACGGTGGAAATATTTGAGATACTATTAAAATGAAGCAGTTGAATTATAGGCTAACCAAACACATCCCAACCAATCCCGTCACTCCTCAGCACTCCATCAATATTCAATAATGGCGCTAACCCCGCTAGAGCTCCGGCCGTTGGGCAATACG...

XM_057932040.1
CACAAATTCCAACTCAATGTGATCATTTTTTTTTTATCATTATTACTCCCTTCGTCCCATTTCAAATGTCTCATTTTCTATTTTGGATTTGGGACGGTGGAAATATTTGAGATACTATTAAAATGAAGCAGTTGAATTATAGGCTAACCAAACACATCCCAACCAATCCCGTCACTCCTCAGCACTCCATCAATATTCAATAATGGCGCTAACCCCGCTAGAGCTCCGGCCGTTGGGCAATACGGGGCTTAAGCTTAGCT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131005205
ATGGCGCTAACCCCGCTAGAGCTCCGGCCGTTGGGCAATACGGGGCTTAAGCTTAGCTGCGTCGGCTTCGGCGCCTCGCCTCTCGGTAATGTTTTCGGACACGTATCTGAAGCCGACGCCATCGCCACCGTCCGCCAAGCTTTTACCCTCGGAATCAACTTTTTCGATACATCACCGTATTATGGAGGAACATTATCTGAAAAGATGTTGGGGAAAGCATTGAAGGCTTTGGGAGTACCTAGAAATGAGTACATTGTGTC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057788023.1
MALTPLELRPLGNTGLKLSCVGFGASPLGNVFGHVSEADAIATVRQAFTLGINFFDTSPYYGGTLSEKMLGKALKALGVPRNEYIVSTKCGRYKEGFDFSAERVTRSIDESLERLQLDYVDILQCHDIEFGSLDQIVTETIPALHKLKEAGKVKFIGITGLPLGIFTYVLDRVPPGTVDVVLSYCHYGVNDSTLEDLIPYLKSKGVGIISASPLAMGLLTESGPPEWHPASVELKAACQDAAAYCKEKGKNISKLSLQYS...

XP_057788024.1
MALTPLELRPLGNTGLKLSCVGFGASPLGNVFGHVSEADAIATVRQAFTLGINFFDTSPYYGGTLSEKMLGKALKALGVPRNEYIVSTKCGRYKEGFDFSAERVTRSIDESLERLQLDYVDILQCHDIEFGSLDQIVTETIPALHKLKEAGKVKFIGITGLPLGIFTYVLDRVPPGTVDVVLSYCHYGVNDSTLEDLIPYLKSKGVGIISASPLAMGLLTESGPPEWHPASVELKAACQDAAAYCKEKGKNISKLSLQYS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器