Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G004888`

染色体: Chr01 坐标: 66934731-66936349 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G004888`
名称	SmilChr01G004888
描述	probable xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase protein 10
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	66934731 - 66936349 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131005229`
GeneID	`131005229`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131005229`
原始查询	`LOC131005229`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase protein 10
产物	probable xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase protein 10
Arabidopsis	`AT2G14620` (XTH10) xyloglucan endotransglucosylase/hydrolase 10 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815950] identity=70.2; qcov=0.969; evalue=8.15e-152; confidence=high
Rice	`Os06g0697000` (OsXTH10) - identity=48; qcov=0.959; evalue=3.73e-90; confidence=high
GO	GO:0004553 (hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds); GO:0005618 (cell wall); GO:0010411 (xyloglucan metabolic process); GO:0016762 (xyloglucan:xyloglucosyl transferase activity); GO:0042546 (cell wall biogenesis); GO:0048046 (apoplast)
KEGG	-
Pfam	PF00722 (Glyco_hydro_16); PF06955 (XET_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131005229

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell wall	细胞壁	0.40000	`XP_057788052.1`
2	Secreted	分泌到胞外	0.40000	`XP_057788052.1`
3	Golgi apparatus	高尔基体	0.20000	`XP_057788052.1`
4	Vacuole	液泡	0.20000	`XP_057788052.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057788052.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:66935022`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B50
`Chr1:66935053`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C50
`Chr1:66935083`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C50
`Chr1:66935628`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B24,C8
`Chr1:66935636`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B105
`Chr1:66935649`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B128,C18,C84
`Chr1:66935919`	`G`	`GA`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	B94
`Chr1:66935919`	`G`	`GA`	1bp_insertion	CDS_variant	1	B94
`Chr1:66935924`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B94
`Chr1:66935928`	`TCA`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B94
`Chr1:66935928`	`TCA`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B94
`Chr1:66935964`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B134,C35,C5,C76,D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788052.1

291 aa

146

291

Glyco_hydro_16

XET_C

PF00722 Glyco_hydro_16 30-210 aa PF06955 XET_C 238-286 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057788052.1`	Pfam	`PF00722`	Glyco_hydro_16	Domain	30	210	1.9e-60	204.0	Glycosyl hydrolases family 16
`XP_057788052.1`	Pfam	`PF06955`	XET_C	Family	238	286	9.8e-17	61.2	Xyloglucan endo-transglycosylase (XET) C-terminus

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057932069.1
ATGATTGTAGTTTGTTACTAACTACGAATTTGAGGTTGTTGTGATTTGATGTAACTCCAAGCAAACTTAATTTGCCAATGTAGTTAATTGAATAGCAGTGCTTAATTATGGCAGATAAATAGTATAGTATATTTCATTGCTTCCTGGTAAAGATATTCTTGCTTAAGCAAAAAATCTTAGTGGTTCTCTTCACATTGTGCATGACTCTGACTCCCCTTATATCTAAGCCCTCATTCTTGATCGCACAAATAAATCATGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131005229
ATGAATAATTTGTGGAGTTTTTCCCTTTTGATCTCGATTTTGTTGATCCAAGATTCGTGGGCTTGGGTTGTTTCCACAGGAGATTTCAACAAGGATTTCTTTGTGACATGGTCAGCTAACCATGTTAATACATCTGCGGATGGTCAAACCAGAAGCTTACTTCTTGACAAGGATTCAGGTTCGGGTTTTGCTTCAAATGAGATGTTCTTGTTTGGGCAGTTTGACATGAAAATTAAGTTGGTGGCAGGGAACTCAGCAGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057788052.1
MNNLWSFSLLISILLIQDSWAWVVSTGDFNKDFFVTWSANHVNTSADGQTRSLLLDKDSGSGFASNEMFLFGQFDMKIKLVAGNSAGTVVAFYLTSDEPNRDELDFEFLGNVDGQPYTLQTNVYANGLDNREQRITLWFDPTKDFHTYSILWNLYQIVFMVDWVPIRTYRNHADKGVAFPRWQGMSVQASFWNGESWATNGGKDRIDWSKAPFVASFKEHKIDACVWKGNGGSCADKSPTNWWNNQRFNTLTWAQRRLLR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器