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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005138

染色体: Chr01 坐标: 69164447-69168079 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005138
名称SmilChr01G005138
描述purple acid phosphatase 2-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向69164447 - 69168079 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005470
GeneID131005470
locus_tag-
NCBI NameLOC131005470
原始查询LOC131005470

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述purple acid phosphatase 2-like
产物purple acid phosphatase 2-like
ArabidopsisAT2G16430 (PAP10)
purple acid phosphatase 10 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816141]
identity=75.1; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0776600 (OsPAP10a)
-
identity=73.2; qcov=0.985; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003993 (acid phosphatase activity); GO:0046872 (metal ion binding)
KEGG-
PfamPF00149 (Metallophos); PF14008 (Metallophos_C); PF16656 (Pur_ac_phosph_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005470

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.60000 XP_057788450.1
2 Lysosome 溶酶体 0.20000 XP_057788450.1
3 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057788450.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057788450.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057788450.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:69164676 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B139
Chr1:69164750 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A11,B108,B119,C23
Chr1:69164804 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B74
Chr1:69165085 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B110,B124,C19,C61,C78
Chr1:69165471 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A14,C2,C8
Chr1:69165905 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A10,B23
Chr1:69165906 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B109,B13,C1,D10
Chr1:69165912 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B124,C48,D6
Chr1:69165995 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B109
Chr1:69166017 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B125,B139,B90,B92
Chr1:69166479 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B94,C16
Chr1:69166501 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B125,B139,B90,B92

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788450.1
466 aa
N
1
233
466
Pur_ac_phosph_N
Metallophos
Metallophos_C
C
PF16656 Pur_ac_phosph_N 58-149 aa PF00149 Metallophos 160-358 aa PF14008 Metallophos_C 384-443 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057788450.1 Pfam PF16656 Pur_ac_phosph_N Domain 58 149 1.6e-20 74.2 Purple acid Phosphatase, N-terminal domain
XP_057788450.1 Pfam PF00149 Metallophos Domain 160 358 7.5e-27 95.8 Calcineurin-like phosphoesterase
XP_057788450.1 Pfam PF14008 Metallophos_C Domain 384 443 2.3e-21 76.9 Iron/zinc purple acid phosphatase-like protein C

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932467.1
AAGAGTCAACCTCATTAAAACCTCCATAAATTTATTGCTTCAAAATATCCACACCATTTTTTTTACACACAAATACAATCTCTTTCCAATATATCCGCAACTCGAGATCTCGATCCTCAGCCGTTGATGAAAATCTCAATCAGTTGACTCACAAACGGCTAAACTTCATAGTATTCGAATCAATCCCTGAATATACCCCACAAAACTCGTTGAATTGCTGATAATATTCACCGCTGATCCAGCATTATATTCCCCTTGCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131005470
ATGGGTCATTGTAGAGAGACGATGGCGATGGTGGTTTTCGCTGCTACTGTTCTGCATGCTGCGGTTCTGTGCAGTGGAGGGATGACGAGTAGTTTCGTGAGGAGCCCTCACAAGAGTGTCGATATGCCTCTCGATAGTGATGTGTTCAAGGCGCCTCCCGGCTATAATGCGCCGCAGCAGGTGCACATAACTCAAGGAGATCACGTAGGAAAAGCAGTGATTGTATCGTGGGTAACCGTAGACGAGCCCGGTTCAAGCAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057788450.1
MGHCRETMAMVVFAATVLHAAVLCSGGMTSSFVRSPHKSVDMPLDSDVFKAPPGYNAPQQVHITQGDHVGKAVIVSWVTVDEPGSSIVLYWAEKSSHKYKAEGKLTKYKFYNYTSGYIHHCTIKKLEYDTKYYYEVGVGHTTRTFWFTTPPKVGPDVPYTFGLIGDLGQTYDSNITLTHYEKNPTKGQTVLYVGDLSYADNYPFHDNVRWDTWGRFVERSVAYQPWIWTAGNHEIDFVPEIGETKPFKPFTHRYRVPYRA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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