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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005429

染色体: Chr01 坐标: 71458652-71461641 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005429
名称SmilChr01G005429
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At3g22150, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向71458652 - 71461641 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005757
GeneID131005757
locus_tag-
NCBI NameLOC131005757
原始查询LOC131005757

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At3g22150, chloroplastic
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At3g22150%2C chloroplastic
ArabidopsisAT3G22150 (AT3G22150)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821779]
identity=57.5; qcov=0.946; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0602600
-
identity=47.2; qcov=0.909; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005757

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 0.80000 XP_057788803.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.40000 XP_057788803.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057788803.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057788803.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057788803.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:71458697 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B13,B4,C15,C74
Chr1:71459062 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C40,C5,C50
Chr1:71459073 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 60 A1,A11,A15,A19,A22,A4,A6,B103,B107,B109,B112,B115,B120,B124,B125,B13,B130,B132,B136,B139,B14,B15,B16,B20,B23,B25,B26,B28,B3,B31,B35,B37,B48,B52,B55,B56,B63,B7,B73,B76,B79,B8,B94,B96,C15,C21,C23,C3,C39,C4,C52,C55,C59,C6,C79,C8,C83,C84,C85,D5
Chr1:71459132 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C75
Chr1:71459502 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A6
Chr1:71459567 TGC T 2bp_deletion frameshift_variant 62 A1,A11,A15,A19,A22,A4,A6,B103,B107,B109,B112,B115,B120,B124,B125,B13,B130,B132,B136,B139,B14,B15,B16,B20,B23,B25,B26,B28,B3,B31,B35,B37,B48,B52,B55,B56,B63,B7,B73,B76,B79,B8,B82,B94,B96,C15,C21,C23,C25,C3,C39,C4,C52,C55,C59,C6,C79,C8,C83,C84,C85,D5
Chr1:71459636 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B10
Chr1:71459663 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A22,B11
Chr1:71459718 G GGC 2bp_insertion frameshift_variant 54 A1,A15,A19,A22,A4,A6,B103,B107,B109,B112,B120,B124,B125,B13,B132,B136,B139,B14,B15,B16,B20,B23,B26,B3,B31,B35,B37,B48,B55,B56,B63,B7,B73,B74,B76,B79,B82,B94,B96,C15,C21,C23,C25,C3,C39,C4,C52,C55,C6,C79,C8,C83,C84,D5
Chr1:71459768 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C40,C50
Chr1:71459770 A ACT 2bp_insertion frameshift_variant 53 A1,A15,A19,A22,A4,A6,B103,B107,B109,B112,B115,B120,B124,B125,B13,B130,B132,B136,B139,B14,B15,B16,B23,B26,B28,B3,B31,B35,B37,B48,B55,B63,B7,B73,B74,B76,B79,B8,B82,B94,B96,C15,C21,C25,C3,C55,C59,C6,C8,C83,C84,C85,D5
Chr1:71459813 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788803.1
838 aa
N
1
419
838
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR
PPR_3
PPR
E_motif
C
PF01535 PPR 91-115 aa PF13041 PPR_2 199-239 aa PF01535 PPR 202-232 aa PF01535 PPR 306-327 aa PF01535 PPR 381-407 aa PF13041 PPR_2 406-452 aa PF01535 PPR 409-439 aa PF01535 PPR 512-540 aa PF13041 PPR_2 609-656 aa PF13812 PPR_3 610-656 aa PF01535 PPR 612-642 aa PF13812 PPR_3 633-693 aa PF01535 PPR 651-674 aa PF20431 E_motif 728-791 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057788803.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 91 115 1.2e-58 192.1 PPR repeat
XP_057788803.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 199 239 7.6e-60 199.5 PPR repeat family
XP_057788803.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 202 232 1.2e-58 192.1 PPR repeat
XP_057788803.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 306 327 1.2e-58 192.1 PPR repeat
XP_057788803.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 381 407 1.2e-58 192.1 PPR repeat
XP_057788803.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 406 452 7.6e-60 199.5 PPR repeat family
XP_057788803.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 409 439 1.2e-58 192.1 PPR repeat
XP_057788803.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 512 540 1.2e-58 192.1 PPR repeat
XP_057788803.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 609 656 7.6e-60 199.5 PPR repeat family
XP_057788803.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 610 656 2.3e-21 76.3 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057788803.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 612 642 1.2e-58 192.1 PPR repeat
XP_057788803.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 633 693 2.3e-21 76.3 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057788803.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 651 674 1.2e-58 192.1 PPR repeat
XP_057788803.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 728 791 2.9e-11 44.2 E motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932820.1
TTAATATAGAATTATATAAAATTTTAGGATAGGGGAGAAGAAAATGCGAGCAAGCATGATGTCTTCTTCACCACTGCCCTTCCACCTGTCCTCATCCACCATCGCACAATCCCACCCCCACAAATACCCCGCCTCCTTAATCCCCGCCGCCGCGTCGCCGCCGCAGCGCAGCCAACAGCAGCCATGCTCCACATCGGACCCAACCCCACCTCTCAAGCCCAAAACCATCCGGTTCCGTCTCAGCCAGCTCTGCCAGCAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131005757
ATGCGAGCAAGCATGATGTCTTCTTCACCACTGCCCTTCCACCTGTCCTCATCCACCATCGCACAATCCCACCCCCACAAATACCCCGCCTCCTTAATCCCCGCCGCCGCGTCGCCGCCGCAGCGCAGCCAACAGCAGCCATGCTCCACATCGGACCCAACCCCACCTCTCAAGCCCAAAACCATCCGGTTCCGTCTCAGCCAGCTCTGCCAGCAAGGCCATCTCAGCGTCGCCCGCCAACTGTTCGACGCAATTCCCCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057788803.1
MRASMMSSSPLPFHLSSSTIAQSHPHKYPASLIPAAASPPQRSQQQPCSTSDPTPPLKPKTIRFRLSQLCQQGHLSVARQLFDAIPQPTTVLWNTLIIGYVCNNMPHEAISMYSRFFYAVNNSFVDRKRDAYTYSSVLKACAEAKQLSIGKAVHCHILRCDAYPSRIVHNSLLNMYASCLLSSSGFDLVERVFRAMRRRNVVSWNTMIAWYVKKGRFVEAVSCLVMMMRVGIRPSVVSFINVFPAVSGLGDIDVADTVYG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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