当前解析结果
SmilChr01G005471| 统一新 Gene ID | SmilChr01G005471 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G005471 |
| 描述 | beta-D-glucosyl crocetin beta-1,6-glucosyltransferase-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 71693794 - 71695315 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131005802 |
|---|---|
| GeneID | 131005802 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131005802 |
| 原始查询 | LOC131005802 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | beta-D-glucosyl crocetin beta-1,6-glucosyltransferase-like |
| 产物 | beta-D-glucosyl crocetin beta-1%2C6-glucosyltransferase-like |
| Arabidopsis | AT5G65550 (AT5G65550)UDP-Glycosyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836681] identity=34.2; qcov=0.971; evalue=2.81e-75; confidence=low |
| Rice | Os07g0672700- identity=36.6; qcov=1.06; evalue=2.18e-102; confidence=medium |
| GO | GO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00201 (UDPGT) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131005802 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057788872.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057788872.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057788872.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057788872.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057788872.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:71693942 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B134,D3 |
Chr1:71694258 |
A |
AC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | B2 |
Chr1:71694258 |
A |
AC |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | B2 |
Chr1:71694464 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B131,B138,C35,C53 |
Chr1:71694669 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B108,C23 |
Chr1:71694678 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B53,B65,C42,C63 |
Chr1:71694968 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B26,C38,C59,C70 |
Chr1:71695012 |
CA |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C83 |
Chr1:71695012 |
CA |
C |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | C83 |
Chr1:71695173 |
A |
ATC |
2bp_insertion | frameshift_variant | 63 | A14,A15,A19,A20,A25,B112,B113,B115,B12,B126,B128,B129,B130,B134,B18,B21,B27,B3,B32,B37,B38,B39,B5,B53,B54,B55,B56,B63,B65,B66,B72,B74,B79,B86,B9,B91,B94,B96,B98,C1,C11,C12,C13,C15,C23,C26,C27,C28,C29,C32,C46,C49,C54,C6,C68,C69,C85,C9,D1,D3,D5,D7,D8 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057788872.1PF00201
UDPGT 258-387 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057788872.1 |
Pfam | PF00201 |
UDPGT | Family | 258 | 387 | 1.1e-16 | 61.4 | UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。