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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005471

染色体: Chr01 坐标: 71693794-71695315 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005471
名称SmilChr01G005471
描述beta-D-glucosyl crocetin beta-1,6-glucosyltransferase-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向71693794 - 71695315 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005802
GeneID131005802
locus_tag-
NCBI NameLOC131005802
原始查询LOC131005802

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述beta-D-glucosyl crocetin beta-1,6-glucosyltransferase-like
产物beta-D-glucosyl crocetin beta-1%2C6-glucosyltransferase-like
ArabidopsisAT5G65550 (AT5G65550)
UDP-Glycosyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836681]
identity=34.2; qcov=0.971; evalue=2.81e-75; confidence=low
RiceOs07g0672700
-
identity=36.6; qcov=1.06; evalue=2.18e-102; confidence=medium
GOGO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF00201 (UDPGT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005802

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057788872.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057788872.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057788872.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057788872.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057788872.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:71693942 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B134,D3
Chr1:71694258 A AC 1bp_insertion frameshift_variant 1 B2
Chr1:71694258 A AC 1bp_insertion CDS_variant 1 B2
Chr1:71694464 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B131,B138,C35,C53
Chr1:71694669 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B108,C23
Chr1:71694678 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B53,B65,C42,C63
Chr1:71694968 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B26,C38,C59,C70
Chr1:71695012 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 1 C83
Chr1:71695012 CA C 1bp_deletion CDS_variant 1 C83
Chr1:71695173 A ATC 2bp_insertion frameshift_variant 63 A14,A15,A19,A20,A25,B112,B113,B115,B12,B126,B128,B129,B130,B134,B18,B21,B27,B3,B32,B37,B38,B39,B5,B53,B54,B55,B56,B63,B65,B66,B72,B74,B79,B86,B9,B91,B94,B96,B98,C1,C11,C12,C13,C15,C23,C26,C27,C28,C29,C32,C46,C49,C54,C6,C68,C69,C85,C9,D1,D3,D5,D7,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788872.1
454 aa
N
1
227
454
UDPGT
C
PF00201 UDPGT 258-387 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057788872.1 Pfam PF00201 UDPGT Family 258 387 1.1e-16 61.4 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932889.1
CAGCTGCGTGTAGTTTGTGCGTAATGAATTCCACCAAAAACCAAAGCCCCCGTATCTTGATGTTCCCATGGTTAGGCTATGGTCACATAACACCCTATCTCGAGCTAGCCAAAAAACTCACAATAAAAGGCTTCTACATATACTTGTGCTCCACTCCAGCCACACTCTCTTCCATCGAGAAAAAAATCACTCAAAATTTCTCTAACTCCATAGAACTAGTGTCCCTTTTGTTGGAGGTTTCATCAGAGCTCCCTGCAAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131005802
ATGAATTCCACCAAAAACCAAAGCCCCCGTATCTTGATGTTCCCATGGTTAGGCTATGGTCACATAACACCCTATCTCGAGCTAGCCAAAAAACTCACAATAAAAGGCTTCTACATATACTTGTGCTCCACTCCAGCCACACTCTCTTCCATCGAGAAAAAAATCACTCAAAATTTCTCTAACTCCATAGAACTAGTGTCCCTTTTGTTGGAGGTTTCATCAGAGCTCCCTGCAAAGTTTCACACCACCAATGGCCTCCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057788872.1
MNSTKNQSPRILMFPWLGYGHITPYLELAKKLTIKGFYIYLCSTPATLSSIEKKITQNFSNSIELVSLLLEVSSELPAKFHTTNGLPPHLMVKLKEAFDKSVENFSAILKNLKPDLLIFDFLQPWAPLLAEAQKIPSVIFITSSSVMTSLMFHHFKNPDTDFPFKNIRFRDYESRFMDELLENARDCREREKGSIGVDKSCKIVLIKGFREIEGRYIDYVSALVGKRFVPVGPLVQEPSLDDGGSSEIFSWLDKKKARST...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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