Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G005977`

染色体: Chr01 坐标: 75433252-75436139 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G005977`
名称	SmilChr01G005977
描述	V-type proton ATPase subunit G 1
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	75433252 - 75436139 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131006245`
GeneID	`131006245`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131006245`
原始查询	`LOC131006245`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	V-type proton ATPase subunit G 1
产物	V-type proton ATPase subunit G 1
Arabidopsis	`AT4G23710` (VAG2) vacuolar ATP synthase subunit G2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828471] identity=69.6; qcov=0.927; evalue=5.3e-44; confidence=medium
Rice	`Os04g0601700` - identity=75.5; qcov=1; evalue=3.55e-54; confidence=high
GO	GO:0016471 (vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex); GO:0046961 (proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism); GO:1902600 (proton transmembrane transport)
KEGG	smil00190 (Oxidative phosphorylation - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04142 (Lysosome biogenesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04145 (Phagocytosis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF03179 (V-ATPase_G)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131006245

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Vacuole	液泡	1.00000	`XP_057789407.1`
2	Vacuole membrane	液泡膜	0.80000	`XP_057789407.1`
3	Endocytic vesicle	Endocytic vesicle	0.40000	`XP_057789407.1`
4	Clathrin-coated vesicle	Clathrin-coated vesicle	0.40000	`XP_057789407.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057789407.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:75433680`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B118,B130,B6,B7
`Chr1:75433688`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B45
`Chr1:75433710`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C11,C69
`Chr1:75433758`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A15,A18,B29
`Chr1:75433785`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A15,A18,B29
`Chr1:75433981`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B118,B130,B6
`Chr1:75434005`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A23,B35,B56,B64,B96

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789407.1

110 aa

110

V-ATPase_G

PF03179 V-ATPase_G 5-109 aa

XP_057789408.1

110 aa

110

V-ATPase_G

PF03179 V-ATPase_G 5-109 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057789407.1`	Pfam	`PF03179`	V-ATPase_G	Coiled-coil	5	109	9e-34	116.9	Vacuolar (H+)-ATPase G subunit
`XP_057789408.1`	Pfam	`PF03179`	V-ATPase_G	Coiled-coil	5	109	9e-34	116.9	Vacuolar (H+)-ATPase G subunit

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057933424.1
CATAATTTTAAAAAATATTTATAATAATTAAAAATATGATTAGTAGTGCAAAAATAATTTAAAATTTAAATTAATATTTATCTTATAGTAATAAAATAACCCTATAGATTTATTCCAAATTCCTTTTCAAACCTTCAACTCAAAATCTTTTGGTCACCCCATTTTTCTATCTCGTTGCAAAAATTCTCTGCTGCTTCACTATCTCCGAAGACGATCTGACCTCAGCCCTTCTTCGGATTCTGTAAATATGGCAGCCAGCA...

XM_057933425.1
CATAATTTTAAAAAATATTTATAATAATTAAAAATATGATTAGTAGTGCAAAAATAATTTAAAATTTAAATTAATATTTATCTTATAGTAATAAAATAACCCTATAGATTTATTCCAAATTCCTTTTCAAACCTTCAACTCAAAATCTTTTGGTCACCCCATTTTTCTATCTCGTTGCAAAAATTCTCTGCTGCTTCACTATCTCCGAAGACGATCTGACCTCAGTGCAGCCCTTCTTCGGATTCTGTAAATATGGCAGC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131006245
ATGGCAGCCAGCAGCAGCCAGAACGGAATCCAACTCTTGTTATCTGCGGAGCAAGAAGCCCAGCACATCGTGAATACTGCTAGAAGTGCAAAGCAAGCTAGATTGAAGCAGGCAAAAGAAGAGGCCGAGAGGGAAATTGCTGAATTCCGCGCCCAAATGGAGGCTGACTTTCAGAAGAAGGTTGAGGAGAGCAGTGGAGACTCGGGTGCGAATGTGAAGCGCCTTGAGCAAGAAACTGATGCAAAGATCGATCACCTGAA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057789407.1
MAASSSQNGIQLLLSAEQEAQHIVNTARSAKQARLKQAKEEAEREIAEFRAQMEADFQKKVEESSGDSGANVKRLEQETDAKIDHLKREASIISPDVVSMLLRHVTTVKN

XP_057789408.1
MAASSSQNGIQLLLSAEQEAQHIVNTARSAKQARLKQAKEEAEREIAEFRAQMEADFQKKVEESSGDSGANVKRLEQETDAKIDHLKREASIISPDVVSMLLRHVTTVKN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器