当前解析结果
SmilChr01G001965| 统一新 Gene ID | SmilChr01G001965 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G001965 |
| 描述 | serine/threonine-protein kinase TOUSLED-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 35002808 - 35006069 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131007065 |
|---|---|
| GeneID | 131007065 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131007065 |
| 原始查询 | LOC131007065 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | serine/threonine-protein kinase TOUSLED-like |
| 产物 | serine/threonine-protein kinase TOUSLED-like |
| Arabidopsis | AT5G20930 (TSL)Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832217] identity=82.9; qcov=0.896; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os03g0749800- identity=85.7; qcov=0.892; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0004674 (protein serine/threonine kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0007059 (chromosome segregation); GO:0018105 (peptidyl-serine phosphorylation); GO:0035556 (intracellular signal transduction) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131007065 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057790196.1 |
| 2 | Nucleoplasm | 核质 | 1.00000 | XP_057790196.1 |
| 3 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057790196.1 |
| 4 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057790196.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057790196.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:35004530 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B126,C25,C72,D8 |
Chr1:35004562 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C4 |
Chr1:35005807 |
AT |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C80 |
Chr1:35005807 |
AT |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | C80 |
Chr1:35005834 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B5,C2,C27 |
Chr1:35005947 |
AC |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 44 | A14,A20,B111,B118,B122,B126,B13,B130,B131,B133,B138,B14,B18,B28,B35,B40,B45,B51,B61,B68,B82,B84,B98,C10,C11,C14,C25,C30,C33,C34,C38,C42,C54,C58,C72,C8,C80,C85,C87,C9,D11,D2,D5,D8 |
Chr1:35005950 |
AT |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 44 | A14,A20,B111,B118,B122,B126,B13,B130,B131,B133,B138,B14,B18,B28,B35,B40,B45,B51,B61,B68,B82,B84,B98,C10,C11,C14,C25,C30,C33,C34,C38,C42,C54,C58,C72,C8,C80,C85,C87,C9,D11,D2,D5,D8 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057790196.1PF00069
Pkinase 146-419 aa
PF07714
PK_Tyr_Ser-Thr 149-415 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057790196.1 |
Pfam | PF00069 |
Pkinase | Domain | 146 | 419 | 1e-60 | 206.1 | Protein kinase domain |
XP_057790196.1 |
Pfam | PF07714 |
PK_Tyr_Ser-Thr | Domain | 149 | 415 | 3.7e-33 | 115.6 | Protein tyrosine and serine/threonine kinase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。