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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001965

染色体: Chr01 坐标: 35002808-35006069 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001965
名称SmilChr01G001965
描述serine/threonine-protein kinase TOUSLED-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向35002808 - 35006069 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007065
GeneID131007065
locus_tag-
NCBI NameLOC131007065
原始查询LOC131007065

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述serine/threonine-protein kinase TOUSLED-like
产物serine/threonine-protein kinase TOUSLED-like
ArabidopsisAT5G20930 (TSL)
Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832217]
identity=82.9; qcov=0.896; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0749800
-
identity=85.7; qcov=0.892; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004674 (protein serine/threonine kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0007059 (chromosome segregation); GO:0018105 (peptidyl-serine phosphorylation); GO:0035556 (intracellular signal transduction)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007065

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057790196.1
2 Nucleoplasm 核质 1.00000 XP_057790196.1
3 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057790196.1
4 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057790196.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790196.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:35004530 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B126,C25,C72,D8
Chr1:35004562 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C4
Chr1:35005807 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 1 C80
Chr1:35005807 AT A 1bp_deletion CDS_variant 1 C80
Chr1:35005834 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B5,C2,C27
Chr1:35005947 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 44 A14,A20,B111,B118,B122,B126,B13,B130,B131,B133,B138,B14,B18,B28,B35,B40,B45,B51,B61,B68,B82,B84,B98,C10,C11,C14,C25,C30,C33,C34,C38,C42,C54,C58,C72,C8,C80,C85,C87,C9,D11,D2,D5,D8
Chr1:35005950 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 44 A14,A20,B111,B118,B122,B126,B13,B130,B131,B133,B138,B14,B18,B28,B35,B40,B45,B51,B61,B68,B82,B84,B98,C10,C11,C14,C25,C30,C33,C34,C38,C42,C54,C58,C72,C8,C80,C85,C87,C9,D11,D2,D5,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790196.1
424 aa
N
1
212
424
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 146-419 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 149-415 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057790196.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 146 419 1e-60 206.1 Protein kinase domain
XP_057790196.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 149 415 3.7e-33 115.6 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934213.1
ATGCCACATGATTCTTGGATTCCAAATGAGCTCATCATATCCAAAAGTTCTTATGATGTTATTGACAAGTCCGCAAATGTGGCCTTGTATTACCTCTTAGGGAGCATTGGTTCATCCCATGGTGTTTCCAGTGAATGTTTGAGGATTTTGTTGGAAACGAAGGAGGCAATTGAAAGACAGAGGAATCTGAAGAAACGGCCAACAGACAAGGGTGAGGTAGCTGATGCAGAGGGTGGGGTTCAGGAAGAAGATATTCTCAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131007065
ATGCCACATGATTCTTGGATTCCAAATGAGCTCATCATATCCAAAAGTTCTTATGATGTTATTGACAAGTCCGCAAATGTGGCCTTGTATTACCTCTTAGGGAGCATTGGTTCATCCCATGGTGTTTCCAGTGAATGTTTGAGGATTTTGTTGGAAACGAAGGAGGCAATTGAAAGACAGAGGAATCTGAAGAAACGGCCAACAGACAAGGGTGAGGTAGCTGATGCAGAGGGTGGGGTTCAGGAAGAAGATATTCTCAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790196.1
MPHDSWIPNELIISKSSYDVIDKSANVALYYLLGSIGSSHGVSSECLRILLETKEAIERQRNLXKKRPTDKGEVADAEGGVQEEDILMQDEIFKSRLASIKREEEAVMRERDRHELEKGRLIREMKRIRDEDGSRFNNFQILHHRYALLNLLGKGGFSEVYKAFDLVEHRYVACKLHGLNAQWSEEKKQSYIRHAIREYNIHKTLVHRHIVRLWDIFEIDHNTFCTVLEYCSGKDLDAVLKATPVLPEREARIIVVQIFQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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