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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001420

染色体: Chr02 坐标: 26818107-26819855 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001420
名称SmilChr02G001420
描述G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase At4g27290
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向26818107 - 26819855 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131007682
GeneID131007682
locus_tag-
NCBI NameLOC131007682
原始查询LOC131007682

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase At4g27290
产物G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase At4g27290
ArabidopsisAT4G27290 (AT4G27290)
S-locus lectin protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828837]
identity=39.1; qcov=0.924; evalue=9.48e-96; confidence=medium
RiceOs03g0556600
-
identity=36.5; qcov=0.889; evalue=1.12e-85; confidence=medium
GOGO:0048544 (recognition of pollen)
KEGG-
PfamPF00954 (S_locus_glycop); PF01453 (B_lectin); PF08276 (PAN_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131007682

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 0.60000 XP_057790598.1
2 Cell membrane 细胞膜 0.40000 XP_057790598.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057790598.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057790598.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057790598.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:26818275 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A11,B78,C32,C68
Chr2:26818510 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B91,C32,C47,C68,C87
Chr2:26818885 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A15
Chr2:26818995 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B57
Chr2:26819384 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B107,C57,D3
Chr2:26819530 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B73,B77
Chr2:26819756 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B15

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057790598.1
487 aa
N
1
244
487
B_lectin
S_locus_glycop
PAN_2
C
PF01453 B_lectin 87-191 aa PF00954 S_locus_glycop 223-331 aa PF08276 PAN_2 352-418 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057790598.1 Pfam PF01453 B_lectin Repeat 87 191 1.4e-32 112.9 D-mannose binding lectin
XP_057790598.1 Pfam PF00954 S_locus_glycop Domain 223 331 7.3e-21 75.5 S-locus glycoprotein domain
XP_057790598.1 Pfam PF08276 PAN_2 Domain 352 418 2.5e-19 69.9 PAN-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057934615.1
AATAACATAAGTGTAGTTATCATCTAAAATAATGGAGATACAAAATATAATATCTACATAAAGTTGTGAATGAAATCAAAGTTACTAGATTTGAACATGGCGCAGTTGTGCTTGTATACTTCAATCCTCTGCTGTCTGCTTCATTCCATCCCCTTTCTGAGTTTAACAGTTGGAGCAGTTGACGAGTGCAGTCTTTTACCATATCAAACGCTGGTTATTGGGCAGACTTTGATCTCTCAAAACCAAGTTTTTGAAATGGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131007682
ATGAAATCAAAGTTACTAGATTTGAACATGGCGCAGTTGTGCTTGTATACTTCAATCCTCTGCTGTCTGCTTCATTCCATCCCCTTTCTGAGTTTAACAGTTGGAGCAGTTGACGAGTGCAGTCTTTTACCATATCAAACGCTGGTTATTGGGCAGACTTTGATCTCTCAAAACCAAGTTTTTGAAATGGGTTTCTTCTCACCTGGAAAATCTTCAAATAGATTCTTGGGCATATGGTACAAGAGCACACCAGAAGCAGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057790598.1
MKSKLLDLNMAQLCLYTSILCCLLHSIPFLSLTVGAVDECSLLPYQTLVIGQTLISQNQVFEMGFFSPGKSSNRFLGIWYKSTPEAVVWVANRNHPITASQPPLFMISRNGSLVISSGKSIIWLANSSVVATNPVLQLLDSGNLVLLNNNTSTTEGYIWQSFDYPTDTMLPGMKMVDDVDAGVERYLTSWRSPDDPSPGEYVHRIQNRGLAEVVTLRGATKRYRVGQWNGMHFCGGAPFPNSIFKVDLVFKQERLISIGE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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