当前解析结果
SmilChr02G001420| 统一新 Gene ID | SmilChr02G001420 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G001420 |
| 描述 | G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase At4g27290 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 26818107 - 26819855 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131007682 |
|---|---|
| GeneID | 131007682 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131007682 |
| 原始查询 | LOC131007682 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase At4g27290 |
| 产物 | G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase At4g27290 |
| Arabidopsis | AT4G27290 (AT4G27290)S-locus lectin protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828837] identity=39.1; qcov=0.924; evalue=9.48e-96; confidence=medium |
| Rice | Os03g0556600- identity=36.5; qcov=0.889; evalue=1.12e-85; confidence=medium |
| GO | GO:0048544 (recognition of pollen) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00954 (S_locus_glycop); PF01453 (B_lectin); PF08276 (PAN_2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131007682 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.60000 | XP_057790598.1 |
| 2 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.40000 | XP_057790598.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057790598.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057790598.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057790598.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:26818275 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A11,B78,C32,C68 |
Chr2:26818510 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B91,C32,C47,C68,C87 |
Chr2:26818885 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A15 |
Chr2:26818995 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B57 |
Chr2:26819384 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B107,C57,D3 |
Chr2:26819530 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B73,B77 |
Chr2:26819756 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B15 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057790598.1PF01453
B_lectin 87-191 aa
PF00954
S_locus_glycop 223-331 aa
PF08276
PAN_2 352-418 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057790598.1 |
Pfam | PF01453 |
B_lectin | Repeat | 87 | 191 | 1.4e-32 | 112.9 | D-mannose binding lectin |
XP_057790598.1 |
Pfam | PF00954 |
S_locus_glycop | Domain | 223 | 331 | 7.3e-21 | 75.5 | S-locus glycoprotein domain |
XP_057790598.1 |
Pfam | PF08276 |
PAN_2 | Domain | 352 | 418 | 2.5e-19 | 69.9 | PAN-like domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。