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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G004638`

染色体: Chr02 坐标: 68831096-68836022 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G004638`
名称	SmilChr02G004638
描述	cysteine protease ATG4-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	68831096 - 68836022 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131008630`
GeneID	`131008630`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131008630`
原始查询	`LOC131008630`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	cysteine protease ATG4-like
产物	cysteine protease ATG4-like
Arabidopsis	`AT3G59950` (AT3G59950) Peptidase family C54 protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825165] identity=57; qcov=0.919; evalue=9.63e-170; confidence=high
Rice	`Os04g0682000` (Atg4) - identity=57.8; qcov=0.855; evalue=3.99e-159; confidence=high
GO	GO:0019786 (protein-phosphatidylethanolamide deconjugating activity)
KEGG	smil04136 (Autophagy - other - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04145 (Phagocytosis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF03416 (Peptidase_C54)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131008630

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057791553.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057791553.1`
3	Golgi apparatus	高尔基体	0.20000	`XP_057791553.1`
4	Trans-golgi network	Trans-golgi network	0.20000	`XP_057791553.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057791553.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:68831688`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B23,C39,D4
`Chr2:68831689`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C61,D1
`Chr2:68831703`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D4
`Chr2:68831748`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C61,D1
`Chr2:68831779`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	6	B2,B83,B91,C44,C63,C67
`Chr2:68831843`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A11,A3
`Chr2:68831881`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C49
`Chr2:68832004`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C14
`Chr2:68832197`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A4,B106,C29
`Chr2:68832359`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C12,C47,D7
`Chr2:68832382`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B18,B91
`Chr2:68833231`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791553.1

496 aa

248

496

Peptidase_C54

PF03416 Peptidase_C54 155-438 aa

XP_057791554.1

496 aa

248

496

Peptidase_C54

PF03416 Peptidase_C54 155-438 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057791553.1`	Pfam	`PF03416`	Peptidase_C54	Domain	155	438	3.1e-93	313.0	Peptidase C54 catalytic domain
`XP_057791554.1`	Pfam	`PF03416`	Peptidase_C54	Domain	155	438	3.1e-93	313.0	Peptidase C54 catalytic domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057935570.1
CTTTAATTTAATCTAAGCATTGAAAGTTAAGACAAAAGAAGTGGCAAGTGCCGATTGTACGCAAACCGAATTATTATTGCATACGAACAGCGATATCATCTCCTCCACCCCCCCGCCCCCCAAGGCGCATCCCACACTTTGGATTCTGCTTCTGCCGCTGGCGTCTCCGATATTGGAATTAATGGTTCTTGGAGGCTGCTGTTCTTATGTGGCACCAGTTATTGAATCTCCTGGTGCTTCCTGATTAGTTGATGAAGGGG...

XM_057935571.1
CAAACCGAATTATTATTGCATACGAACAGCGATATCATCTCCTCCACCCCCCCGCCCCCCAAGGCGCATCCCACACTTTGGATTCTGCTTCTGCCGCTGGCGTCTCCGACGGTCAATGATGCAAAAGACTAGGATCAATTGCTTCTAATCTGAGATAGAAGTTATTTGCTTTCTAGGTTGTCGTTTTATTGAACGGTTAGTGATTTTAATTTTGTTTCTCAGATATTGGAATTAATGGTTCTTGGAGGCTGCTGTTCTTA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131008630
ATGAAGGGGTTTCCTGAGAGTGACACCGATTCTATTGATAATTCAAGTAGAAAAAATTTCAGTTGCACTAATTCGCCCAAGGGTTCTGTCTCGGGTGAGGCAGAGCCGGGTATTGGTTGTAGAAAGCATCAAAAGCCGGCAGCACTTTGGTCTGGGATCTGGCCGCCGGCTACATCAATATTTGGGCATTCGAGTGGTAGTCCAAAGAGAAGTGATTGCAGGAGTTGCAGCACTAACAGTAGTATCAGGAAAAAGTCGGC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057791553.1
MKGFPESDTDSIDNSSRKNFSCTNSPKGSVSGEAEPGIGCRKHQKPAALWSGIWPPATSIFGHSSGSPKRSDCRSCSTNSSIRKKSASGKTYYEGWRAAVRRFMMNGGSMRRILGFSRTNSSNSNSDIWLLGVCYHVAQEGEDSSNPTQSEGFAAFVEDFSSRILITYRKGFSPIGDSKYSSDVNWGCMLRSSQMLVAQAFLVHKLGRSWRKSSDKPLDESYMEILHLFGDAEDSPFSIHNLLQAGSAYGLAAGSWVGPY...

XP_057791554.1
MKGFPESDTDSIDNSSRKNFSCTNSPKGSVSGEAEPGIGCRKHQKPAALWSGIWPPATSIFGHSSGSPKRSDCRSCSTNSSIRKKSASGKTYYEGWRAAVRRFMMNGGSMRRILGFSRTNSSNSNSDIWLLGVCYHVAQEGEDSSNPTQSEGFAAFVEDFSSRILITYRKGFSPIGDSKYSSDVNWGCMLRSSQMLVAQAFLVHKLGRSWRKSSDKPLDESYMEILHLFGDAEDSPFSIHNLLQAGSAYGLAAGSWVGPY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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