Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G004742`

染色体: Chr02 坐标: 69640286-69644121 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G004742`
名称	SmilChr02G004742
描述	protein ANTHESIS POMOTING FACTOR 1
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	69640286 - 69644121 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131008717`
GeneID	`131008717`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131008717`
原始查询	`LOC131008717`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein ANTHESIS POMOTING FACTOR 1
产物	protein ANTHESIS POMOTING FACTOR 1
Arabidopsis	`AT5G14530` (AT5G14530) Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831304] identity=74.4; qcov=0.988; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os05g0543300` (OsWD40-121) - identity=75.5; qcov=0.961; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0003682 (chromatin binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0048188 (Set1C/COMPASS complex); GO:0080182 (GO:0080182)
KEGG	smil03015 (mRNA surveillance pathway - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00400 (WD40)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131008717

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057791715.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057791715.1`
3	Chromosome	染色体	0.20000	`XP_057791715.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057791715.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057791715.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:69640654`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B56,B68,B94,B96
`Chr2:69641063`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B55,C85
`Chr2:69641438`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A20,B40
`Chr2:69641683`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B2,D5
`Chr2:69643139`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C8
`Chr2:69643148`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B55,C85
`Chr2:69643843`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C74,C81
`Chr2:69643851`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A6,B51,B87

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791715.1

332 aa

166

332

WD40

PF00400 WD40 26-53 aa PF00400 WD40 106-143 aa PF00400 WD40 252-273 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057791715.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	26	53	1.5e-21	76.6	WD domain, G-beta repeat
`XP_057791715.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	106	143	1.5e-21	76.6	WD domain, G-beta repeat
`XP_057791715.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	252	273	1.5e-21	76.6	WD domain, G-beta repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057935732.1
AGAGGGGCATGTCATAAGCCCAAAATACCAACGCAAATTTTTTTTTTTGAGGGACAATACCAACGCAAATTAAAAAGGCATTGAGAAGCAAATATCAAGATTCCATTCCACTGAAATAAAAAGATTCCACTCCTAAATCCCCTCGTAAACCCTAATCAAATTACAGCACCTCAAATCAGTTACAATTCCGGCGGTAATTTTCTGAATTCCGATTTCTTGCTCGCTGCCGATCGCCAGACTGAGATGACTATACTTTCCGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131008717
ATGACTATACTTTCCGAACTTAATGACGACATCATCCGCAGCATGTCGGTTGGAGCCGTCTTCTCAGATTTTGGTGGCAAAATTAATTCGCTTGATTTTCATCGGACAGCAGATGTGTTGGTTACAGCAAGTGATGATGATTTGGTTCGATTTTATGACATAACTAATGCTCAATTAGTGAAGACAACATATCATAAGAAACATGGGGCTGATAGGGTTTGTTTCAGTCACCACCCGAGTTCCGTTATATGCTCTTCGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057791715.1
MTILSELNDDIIRSMSVGAVFSDFGGKINSLDFHRTADVLVTASDDDLVRFYDITNAQLVKTTYHKKHGADRVCFSHHPSSVICSSKYNLDSNGESLRYLSLYDNRCLRYFKGHKDRVVSLCMSPVNDSFMSGSLDHSVRMWDLRVNACQGILHLRGRPTVAYDQQGLVFAVAMEGGAIKLFDSRSYDKGPFDTFLVGGDTAEVCDIKFSNDGKSMLLTTTNNNVYLLDAYHGEKKCGFNMDSSANATIEASFTPDGQYV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器