Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004895

染色体: Chr02 坐标: 70971492-70973380 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004895
名称SmilChr02G004895
描述cytochrome P450 94A1-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向70971492 - 70973380 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008891
GeneID131008891
locus_tag-
NCBI NameLOC131008891
原始查询LOC131008891

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述cytochrome P450 94A1-like
产物cytochrome P450 94A1-like
ArabidopsisAT5G63450 (CYP94B1)
cytochrome P450, family 94, subfamily B, polypeptide 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836464]
identity=47.5; qcov=0.933; evalue=4.95e-152; confidence=high
RiceOs03g0223100
-
identity=46.3; qcov=0.978; evalue=9.07e-154; confidence=high
GOGO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding)
KEGGsmil00073 (Cutin, suberine and wax biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00067 (p450)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008891

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057791976.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057791976.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057791976.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057791976.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057791976.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:70971942 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B114
Chr2:70972068 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 8 B106,B118,B125,B132,B34,C39,C81,D9
Chr2:70972132 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B69
Chr2:70972219 CGA C 2bp_deletion frameshift_variant 7 B106,B119,B56,B8,B87,B96,C29
Chr2:70972331 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C54,C64,C66
Chr2:70972546 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C70
Chr2:70972821 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr2:70972894 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B92,C18,C39,C66
Chr2:70972903 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B92,C18,C39,C66
Chr2:70973191 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B41,B73,C17
Chr2:70973204 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C28

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057791976.1
508 aa
N
1
254
508
p450
C
PF00067 p450 48-482 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057791976.1 Pfam PF00067 p450 Domain 48 482 7.7e-66 223.5 Cytochrome P450

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057935993.1
AATCCATCCCTTTCCCTTCCCCTCCTCCAAGTCCGCCGGAGCTCCTCACCTACTGCCGCTCACCGCCGCCATGCTCCTCTCCCGCCACCGCCGCCCCATCCCCTTGGCCCCCCCCTAAAAGACCAACGAAAATTGGGCGACAAAGATAATAGAGAAGAACAAAATCAGTTTGACAAGCATGCAAGAATTTCCCCTTAGCTTTGTGAGTGAAAATCAATTTGTCAACTTCAATCTTAAAGAAGGTTTATAAATAAAAGTGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008891
ATGATTTGTTCCCACACAGCAAGCACTAAAATGGACTTCAACTTCAACTTGTCAACTTCAGTCTTACTATGCATACTCATCCTCCCTCTCTCTCTGCTCATCATCCTCGCAAAATTGAAGAAAACCGCCTCAACCAAGCTACCCAAATCATACCCCATTTTGGGCTCATTCTTCACAATCGTGAAGAACAAAGAGAGGTTCGTGCAGTGGACGTCGGAGATCGTGACGTCCACCCCGAACCTCACATTCCTCCTCCACCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057791976.1
MICSHTASTKMDFNFNLSTSVLLCILILPLSLLIILAKLKKTASTKLPKSYPILGSFFTIVKNKERFVQWTSEIVTSTPNLTFLLHRSPGSRVVITANPANVQHILKNNFSNYEKGEFSKAGMRDFLGHGIFNSDGPTWKFQRQVASHEFNTKSLRKFVETVVDSELSQRLIPILRRAAAEHAVVDFQDILQRFAFDNVCKIAFGYDPGYLSPSHPKEINFAAAFETAVKLSSERFASFTPLIWKIKRAFNVGSQKQLKI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器