Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G005023`

染色体: Chr02 坐标: 71981671-71985177 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G005023`
名称	SmilChr02G005023
描述	probable cyclic nucleotide-gated ion channel 16
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	71981671 - 71985177 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131008925`
GeneID	`131008925`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131008925`
原始查询	`LOC131008925`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable cyclic nucleotide-gated ion channel 16
产物	probable cyclic nucleotide-gated ion channel 16
Arabidopsis	`AT3G48010` (CNGC16) cyclic nucleotide-gated channel 16 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823956] identity=57.7; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os02g0789100` (OsCNGC5) - identity=54.4; qcov=0.985; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005249 (voltage-gated potassium channel activity); GO:0006813 (potassium ion transport); GO:0016020 (membrane); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG	smil04626 (Plant-pathogen interaction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00027 (cNMP_binding); PF00520 (Ion_trans)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131008925

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057792028.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057792028.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057792028.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057792028.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057792028.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:71981922`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B26,C14,C84
`Chr2:71982208`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B101
`Chr2:71982309`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C65
`Chr2:71982704`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr2:71984338`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B73
`Chr2:71984407`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A16,A3,B55,B91,C23
`Chr2:71984797`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B121,B29,B48,C10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792028.1

657 aa

328

657

Ion_trans

cNMP_binding

PF00520 Ion_trans 36-355 aa PF00027 cNMP_binding 451-540 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057792028.1`	Pfam	`PF00520`	Ion_trans	Family	36	355	2.4e-15	57.1	Ion transport protein
`XP_057792028.1`	Pfam	`PF00027`	cNMP_binding	Domain	451	540	1.1e-07	32.4	Cyclic nucleotide-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057936045.1
ATAATTTGAAAATGATGACTAGTTTAATTTCGAGGGAACATTTGTAAAATTTAGAGAATTCATAAATGAGAATGTAAAATTGTGAGAAATGAATGCATAATTTTGTAGCAGGGAAGAGCATCAAGAAGGATGAACAATCTCCGGTTGGTGGCGGGCGGGTCCCTCCTCCACGAGCACGAGCAGGAATGGTGGCGGCAGGTCCTGGATCCGGGCGGCGAGATAGTGAACCGATGGAACCGCATCTTCTTCGCGATCTGCAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131008925
ATGAACAATCTCCGGTTGGTGGCGGGCGGGTCCCTCCTCCACGAGCACGAGCAGGAATGGTGGCGGCAGGTCCTGGATCCGGGCGGCGAGATAGTGAACCGATGGAACCGCATCTTCTTCGCGATCTGCATGATCGCTCTGTACATCGATCCCCTCTTCTTCTACCTGATCCGTGTGGAGCCCCAGCACAACTGCCTCAGCATCGAATACCACCTCGCCGGCTTCCTCGTCCTCATCCGCACCATCGTCGACCTCTTCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057792028.1
MNNLRLVAGGSLLHEHEQEWWRQVLDPGGEIVNRWNRIFFAICMIALYIDPLFFYLIRVEPQHNCLSIEYHLAGFLVLIRTIVDLFSAIHILIKFRTAFIAPNSTVFGRGDLVTDTNLIAARYLKRNFAIDLAAALPLPQCVVWGVMPMSTSRTNNHVNHTISLLIILQYIPRLIIIFPLNWRIIKNTGVVAKTAWTGAAYNLILYLLASHALGAIWYLMSVERIYSCWRDYCAVEGRSVCNTGYFDCVSTLPGRETWHN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器