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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004928

染色体: Chr02 坐标: 71292911-71295909 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004928
名称SmilChr02G004928
描述ATPase GET3A-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向71292911 - 71295909 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131008986
GeneID131008986
locus_tag-
NCBI NameLOC131008986
原始查询LOC131008986

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ATPase GET3A-like
产物ATPase GET3A-like
ArabidopsisAT1G01910 (AT1G01910)
P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839305]
identity=78.9; qcov=0.978; evalue=0; confidence=high
RiceOs09g0521500
-
identity=77.7; qcov=0.997; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005524 (ATP binding); GO:0006620 (post-translational protein targeting to endoplasmic reticulum membrane); GO:0016887 (ATP hydrolysis activity); GO:0043529 (GET complex)
KEGGsmil03060 (Protein export - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF01656 (CbiA); PF02374 (ArsA_ATPase); PF13614 (AAA_31)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131008986

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057792129.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057792129.1
3 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057792129.1
4 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057792129.1
5 Golgi apparatus 高尔基体 0.20000 XP_057792129.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:71294001 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B63,C48,C56
Chr2:71294197 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B122
Chr2:71294212 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B80
Chr2:71294824 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B122,C15
Chr2:71295016 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B122
Chr2:71295529 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B123,B138

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792129.1
359 aa
N
1
180
359
ArsA_ATPase
CbiA
AAA_31
C
PF02374 ArsA_ATPase 22-313 aa PF01656 CbiA 24-265 aa PF13614 AAA_31 28-147 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057792129.1 Pfam PF02374 ArsA_ATPase Domain 22 313 2.6e-103 346.1 Anion-transporting ATPase
XP_057792129.1 Pfam PF01656 CbiA Domain 24 265 3.2e-09 37.5 CobQ/CobB/MinD/ParA nucleotide binding domain
XP_057792129.1 Pfam PF13614 AAA_31 Domain 28 147 3.4e-09 37.6 AAA domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936146.1
GCCCAAAGCAAAAGATTTTTACGACAGGGGCTTTTTTGTAATAAGCAAAAGAGAGTGGGGCGAAGTAGCAAATAGAGTCAAAGTCGCGTACTTTGAAGAAAAGTAACAGAGGGAGGAGACCCAACAAGAAAGGAATCCGACCTCCCATCGGATCTGCCGCACTCCAACTGTTTGTATAAAATCCCCAGACAACCCAAAAAACTCGAGAACAAGCACGCCAAGCAGCCAAATTGCTACTGAATTGATACAATATCGATCGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131008986
ATGGGGTCCAACGCAGAGTTGCCGGATGGGACGGTGCAGAACATACTGGAGCAGGATTCGTTGAAGTGGATTTTTGTCGGCGGCAAAGGCGGCGTCGGCAAGACCACGTGCAGCTCTATCATCTCGATTCTGCTCGCCAGCGTGCGGGAGTCTGTGCTCATCATCTCCACCGACCCCGCCCATAACCTCAGCGATGCCTTCCAGCAGAAGTTCACCAAGTCTCCCTCGCTTGTTAATGGCTTCTCCAACTTGTACGCTAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057792129.1
MGSNAELPDGTVQNILEQDSLKWIFVGGKGGVGKTTCSSIISILLASVRESVLIISTDPAHNLSDAFQQKFTKSPSLVNGFSNLYAMEVDPTVEHEDSLGSDATDGFVSELANSIPGIDEAMSFAEMLKLVQTMDYSVIVFDTAPTGHTLRLLQFPSTLEKGLAKIMSLKNRFGGLLSQMTRLFGLDDEFNEDAILGKLEGMKDVIEQVNKQFKDPDLTTFVCVCIPEFLSLYETERLVQELTKFEIDTHNIIINQVIYD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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