Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G005361`

染色体: Chr02 坐标: 74329679-74332328 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G005361`
名称	SmilChr02G005361
描述	isocitrate lyase
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	74329679 - 74332328 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131009210`
GeneID	`131009210`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131009210`
原始查询	`LOC131009210`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	isocitrate lyase
产物	isocitrate lyase
Arabidopsis	`AT3G21720` (ICL) isocitrate lyase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821726] identity=82.1; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os07g0529000` (OsEnS-107) - identity=78.8; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004451 (isocitrate lyase activity); GO:0009514 (glyoxysome); GO:0019752 (carboxylic acid metabolic process)
KEGG	smil00630 (Glyoxylate and dicarboxylate metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00640 (Propanoate metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01200 (Carbon metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00463 (ICL); PF13714 (PEP_mutase)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131009210

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057792448.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057792448.1`
3	Peroxisome	过氧化物酶体	0.40000	`XP_057792448.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057792448.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057792448.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:74329899`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A18
`Chr2:74330065`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C8
`Chr2:74330369`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B122
`Chr2:74330538`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C4
`Chr2:74330564`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B102
`Chr2:74330672`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B13,B136,B68,C39
`Chr2:74330750`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B6,B61,C42,C87,D5
`Chr2:74330778`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C2
`Chr2:74330786`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C47,C7,C87
`Chr2:74330798`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B126,B67,C26
`Chr2:74330810`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C49,C77
`Chr2:74330840`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B85,C72

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792448.1

576 aa

288

576

ICL

PEP_mutase

PF00463 ICL 21-551 aa PF13714 PEP_mutase 164-256 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057792448.1`	Pfam	`PF00463`	ICL	Domain	21	551	3.5e-274	910.9	Isocitrate lyase family
`XP_057792448.1`	Pfam	`PF13714`	PEP_mutase	Domain	164	256	8.1e-11	42.7	Phosphoenolpyruvate phosphomutase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057936465.1
TTTTTTTAATAAATGAAGTCTAAATTTTTATTGGGTTTTGCAATTTCCCTTATCTCTTCAACCGCTTATAAATGCAGCAATCAGCCTCAACAATTCCCCATCAATCCCTTCTACTTCTAGGCTTCTAGCACATAAAATTGTATAGAGCTTTAAAAGAAAACAAACAAAAAAAAAATCGAGAATTTATTCAGAGTTCTATCATGGCTGCATCTTACTCAGTCCCTTCAATGATTATGGAGGAGGAAGGGAGGTTCGAAACG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131009210
ATGGCTGCATCTTACTCAGTCCCTTCAATGATTATGGAGGAGGAAGGGAGGTTCGAAACGGAAGTGGCGGAGGTGCAATCGTGGTGGAACTCGGAGCGGTTCAGGCTGACGCGCCGCCCCTACTCCGCCCGCGACGTGGTGGCGCTGCGCGGCCACCTCCGGCAGAGCTACGCCTCCAACGAGCTGGCGAAGAAGCTGTGGCGCACGCTCAAGACGCACCAAGCCGACGGCACCGCTTCTAGAACCTTCGGGTCTCTCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057792448.1
MAASYSVPSMIMEEEGRFETEVAEVQSWWNSERFRLTRRPYSARDVVALRGHLRQSYASNELAKKLWRTLKTHQADGTASRTFGSLDPVQVTMMAKHLDTIYVSGWQCSSTHTSTNEPGPDLADYPYDTVPNKVEHLFFAQQYHDRKQREARMNMSREERARTPFVDYLKPIIADGDTGFGGATATVKLCKLFVERGAAGVHIEDQSSVTKKCGHMAGKVLVAVSEHINRLVAARLQFDVMGVETVLVARTDAVAATLIQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器