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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004940

染色体: Chr02 坐标: 71362767-71365907 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004940
名称SmilChr02G004940
描述uncharacterized SmilChr02G004940
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向71362767 - 71365907 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009950
GeneID131009950
locus_tag-
NCBI NameLOC131009950
原始查询LOC131009950

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述G protein alpha subunit 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817170]; symbol=GP ALPHA 1; hit=AT2G26300; species=arabidopsis; confidence=low
产物G protein alpha subunit 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817170]; symbol=GP ALPHA 1; hit=AT2G26300; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT2G26300 (GP ALPHA 1)
G protein alpha subunit 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817170]
identity=86.8; qcov=0.412; evalue=5.66e-70; confidence=low
RiceOs05g0333200 (D1)
-
identity=81.4; qcov=0.408; evalue=7.08e-65; confidence=low
GOGO:0001664 (G protein-coupled receptor binding); GO:0003924 (GTPase activity); GO:0005834 (heterotrimeric G-protein complex); GO:0007188 (adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway); GO:0019001 (guanyl nucleotide binding); GO:0031683 (G-protein beta/gamma-subunit complex binding)
KEGG-
PfamPF00503 (G-alpha)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009950

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057793330.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057793330.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057793330.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057793330.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057793330.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:71362834 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 13 B112,B131,B2,B23,B29,B3,B31,C23,C3,C32,C52,C61,C86
Chr2:71363073 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B50
Chr2:71363074 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C13,C28
Chr2:71363087 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B72
Chr2:71363089 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B102,B68,D10
Chr2:71363102 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B102,B26,B30,B58
Chr2:71363107 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B125,C56,C65
Chr2:71363116 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 2 B7,C60
Chr2:71363116 TA T 1bp_deletion CDS_variant 2 B7,C60
Chr2:71363169 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A20,B111,B115,B76,B89
Chr2:71363175 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94
Chr2:71363177 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 3 C16,C32,C68

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793330.1
277 aa
N
1
138
277
G-alpha
C
PF00503 G-alpha 158-270 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057793330.1 Pfam PF00503 G-alpha Domain 158 270 4.9e-43 148.3 G-protein alpha subunit

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937347.1
ATGGGCATTATATGCTCGTGGGCTTCTGCTCCAATACTCCTAACACACCCGCCGCCTCCCCCGGTGACGCCGCGCCGGACGACGCTGCACGAGCAACCGGACGCCGGTGCCAGTGAGTCAGTGACCGCCCCTGCCCCCCCCCCACCCTGCATCGCGTCGCCTCTGACGCCGCTCTTCTCGCAGCAGCAGATCGAGCGGCGGAGCACCCTTCTCCTCTCCACCGAGCACGAGCAGACCACCCCTCTCCTCCGCCGACGCCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009950
ATGGGCATTATATGCTCGTGGGCTTCTGCTCCAATACTCCTAACACACCCGCCGCCTCCCCCGGTGACGCCGCGCCGGACGACGCTGCACGAGCAACCGGACGCCGGTGCCAGTGAGTCAGTGACCGCCCCTGCCCCCCCCCCACCCTGCATCGCGTCGCCTCTGACGCCGCTCTTCTCGCAGCAGCAGATCGAGCGGCGGAGCACCCTTCTCCTCTCCACCGAGCACGAGCAGACCACCCCTCTCCTCCGCCGACGCCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057793330.1
MGIICSWASAPILLTHPPPPPVTPRRTTLHEQPDAGASESVTAPAPPPPCIASPLTPLFSQQQIERRSTLLLSTEHEQTTPLLRRRRSSRSSSSRSGFLLLRLPPTAPVSLSPSVRPSSCRRSSSESQTLGAAAVAAAFYNSHHQDLNQLFLPFSNGTLWRDSAIQETYVRGNELQLPDCAHFFMENLQRLSDIDYVPTKEDVLYARVRTTGVVEIQFSPVGENKKSGEVYRLFDVGGQKNERRKWIHLFEGVSAVIFCA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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