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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G003487`

染色体: Chr01 坐标: 53418370-53421581 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G003487`
名称	SmilChr01G003487
描述	uncharacterized SmilChr01G003487
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	53418370 - 53421581 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131009979`
GeneID	`131009979`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131009979`
原始查询	`LOC131009979`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os04g0357300; species=rice; confidence=medium
产物	hit=Os04g0357300; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis	`AT3G51700` (AT3G51700) PIF1 helicase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824333] identity=45.5; qcov=0.489; evalue=1.13e-70; confidence=medium
Rice	`Os04g0357300` - identity=38.1; qcov=0.783; evalue=1.35e-98; confidence=medium
GO	GO:0000723 (telomere maintenance); GO:0003678 (DNA helicase activity); GO:0006281 (DNA repair)
KEGG	-
Pfam	PF05970 (PIF1); PF21530 (Pif1_2B_dom)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131009979

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057793359.1`
2	Telomere	端粒	0.40000	`XP_057793359.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057793359.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057793359.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057793359.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:53419576`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	51	A1,A4,A5,A7,B101,B112,B131,B136,B138,B14,B16,B2,B22,B25,B28,B29,B34,B44,B47,B56,B60,B68,B70,B71,B76,B82,B85,B88,B89,B93,B96,C10,C23,C3,C32,C34,C38,C42,C43,C48,C5,C50,C51,C61,C67,C7,C73,C8,C80,C81,C86
`Chr1:53419663`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A1,B117,B30,B63,C4
`Chr1:53419664`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A19,B17,B64
`Chr1:53419667`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D3
`Chr1:53419670`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A1,B117,B30,B63,C4
`Chr1:53419671`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	209	A1,A10,A13,A14,A15,A16,A18,A19,A2,A21,A22,A23,A24,A25,A4,A5,A6,A7,A8,B1,B10,B100,B101,B102,B103,B104,B106,B107,B108,B109,B11,B110,B111,B113,B114,B115,B117,B118,B119,B12,B120,B121,B122,B123,B125,B126,B127,B128,B13,B130,B131,B132,B133,B134,B135,B137,B139,B15,B16,B17,B2,B20,B21,B22,B23,B24,B25,B26,B27,B3,B30,B31,B32,B33,B34,B35,B36,B37,B38,B39,B4,B40,B41,B42,B44,B45,B46,B47,B49,B51,B52,B53,B54,B55,B56,B57,B58,B62,B63,B64,B65,B66,B67,B68,B69,B7,B71,B72,B74,B75,B79,B8,B80,B83,B84,B86,B87,B88,B9,B90,B91,B92,B94,B95,B96,B97,B98,B99,C10,C11,C12,C13,C14,C15,C16,C17,C18,C19,C2,C21,C22,C24,C25,C27,C28,C29,C3,C30,C32,C33,C34,C37,C38,C4,C40,C41,C42,C43,C44,C45,C47,C49,C5,C50,C51,C52,C53,C54,C55,C56,C57,C58,C59,C6,C60,C62,C63,C64,C65,C66,C67,C68,C69,C70,C71,C72,C73,C74,C75,C77,C78,C79,C8,C81,C82,C83,C85,C86,C87,C9,D1,D11,D3,D4,D5,D6,D7,D8,D9
`Chr1:53419679`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A1,B117,B30,B63,C4
`Chr1:53419698`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	214	A1,A10,A13,A14,A15,A16,A18,A19,A2,A21,A22,A23,A24,A25,A4,A5,A6,A7,A8,B1,B10,B100,B101,B102,B103,B104,B106,B107,B108,B109,B11,B110,B111,B113,B115,B117,B118,B119,B12,B120,B121,B123,B125,B126,B127,B128,B13,B130,B131,B132,B133,B134,B135,B137,B139,B15,B16,B17,B2,B20,B21,B22,B23,B24,B25,B26,B27,B29,B30,B31,B32,B33,B34,B35,B36,B37,B38,B39,B40,B41,B42,B44,B45,B46,B47,B49,B5,B51,B52,B53,B54,B55,B56,B57,B58,B61,B62,B63,B64,B65,B66,B67,B68,B69,B7,B71,B72,B73,B74,B75,B78,B79,B8,B80,B83,B84,B86,B87,B88,B9,B90,B91,B92,B93,B94,B95,B96,B97,B99,C1,C10,C11,C13,C14,C15,C16,C17,C18,C19,C2,C20,C21,C22,C24,C25,C26,C27,C29,C3,C30,C31,C32,C33,C34,C36,C37,C38,C4,C40,C41,C42,C43,C44,C45,C47,C48,C49,C5,C50,C51,C52,C53,C54,C55,C56,C57,C58,C59,C6,C60,C62,C63,C64,C65,C66,C67,C68,C69,C70,C71,C72,C73,C74,C75,C77,C78,C79,C8,C82,C83,C84,C85,C86,C87,C9,D1,D11,D3,D4,D5,D6,D7,D8,D9
`Chr1:53419721`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B117,B30,B63
`Chr1:53419723`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B134,C14,C4
`Chr1:53419740`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B134,C14,C4
`Chr1:53419746`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B134,B63,B86,C14,C4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793359.1

567 aa

284

567

PIF1

Pif1_2B_dom

PF05970 PIF1 85-307 aa PF21530 Pif1_2B_dom 404-450 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057793359.1`	Pfam	`PF05970`	PIF1	Family	85	307	1.3e-96	323.2	PIF1-like helicase
`XP_057793359.1`	Pfam	`PF21530`	Pif1_2B_dom	Domain	404	450	4.6e-23	81.4	DNA helicase Pif1, 2B domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057937376.1
ATGACTGTTAATGGTGTTGTGCATGGTTCATTCAAAGAAGCTTGCTATGCATTGGGATTGTTAAATGACGACAAAGAGTACATTGATGAAATTGAGAAATTGTTGAGAAGTTTTGGTAGGAGTTTACGAGAATTTGAAGGCATTCCTTATCCAAGTTCGGAATACTTCAAGTTTGATGAAAATACATTGATTAATGATGAACTGAGGTATGATAGAAGAGCTTTAACAGAGGAACACAAAGTTTTGATTACTCAACTTAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131009979
ATGACTGTTAATGGTGTTGTGCATGGTTCATTCAAAGAAGCTTGCTATGCATTGGGATTGTTAAATGACGACAAAGAGTACATTGATGAAATTGAGAAATTGTTGAGAAGTTTTGGTAGGAGTTTACGAGAATTTGAAGGCATTCCTTATCCAAGTTCGGAATACTTCAAGTTTGATGAAAATACATTGATTAATGATGAACTGAGGTATGATAGAAGAGCTTTAACAGAGGAACACAAAGTTTTGATTACTCAACTTAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057793359.1
MTVNGVVHGSFKEACYALGLLNDDKEYIDEIEKLLRSFGRSLREFEGIPYPSSEYFKFDENTLINDELRYDRRALTEEHKVLITQLTDEQRCVYDTIMSAAQSNSGGMFFIYGYGGTGKTFIWNTLSAALRSKGEIVLNVASSGIASLLLPGGRTAHSRFKIPINVNEDSTCNIHQGSPLAELIIRCKLIIWDEAPMMHKFCFEALDRSLRDIMRFVNPSSAYTPFGGKTIVFGGDFRQILPVIPKESRQDIVFATINSS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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