当前解析结果
SmilChr02G003225| 统一新 Gene ID | SmilChr02G003225 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G003225 |
| 描述 | V-type proton ATPase subunit G-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 53502682 - 53503942 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131010209 |
|---|---|
| GeneID | 131010209 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131010209 |
| 原始查询 | LOC131010209 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | V-type proton ATPase subunit G-like |
| 产物 | V-type proton ATPase subunit G-like |
| Arabidopsis | AT3G01390 (VMA10)vacuolar membrane ATPase 10 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821130] identity=55.5; qcov=1; evalue=2.25e-30; confidence=medium |
| Rice | Os04g0601700- identity=58.2; qcov=1; evalue=2.18e-39; confidence=medium |
| GO | GO:0016471 (vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex); GO:0046961 (proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism); GO:1902600 (proton transmembrane transport) |
| KEGG | smil00190 (Oxidative phosphorylation - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04142 (Lysosome biogenesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04145 (Phagocytosis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF03179 (V-ATPase_G) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131010209 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Vacuole | 液泡 | 0.60000 | XP_057793608.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057793608.1 |
| 3 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.20000 | XP_057793608.1 |
| 4 | Vacuole membrane | 液泡膜 | 0.20000 | XP_057793608.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057793608.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:53502944 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A21 |
Chr2:53503240 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A5,B124,B27 |
Chr2:53503436 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B72,C74 |
Chr2:53503445 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C22 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057793608.1PF03179
V-ATPase_G 8-108 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057793608.1 |
Pfam | PF03179 |
V-ATPase_G | Coiled-coil | 8 | 108 | 4.8e-29 | 101.7 | Vacuolar (H+)-ATPase G subunit |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。