Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G001824`

染色体: Chr02 坐标: 33264556-33267413 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G001824`
名称	SmilChr02G001824
描述	uroporphyrinogen decarboxylase 1, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	33264556 - 33267413 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131012077`
GeneID	`131012077`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131012077`
原始查询	`LOC131012077`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	uroporphyrinogen decarboxylase 1, chloroplastic
产物	uroporphyrinogen decarboxylase 1%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT3G14930` (HEME1) Uroporphyrinogen decarboxylase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820722] identity=79.2; qcov=0.891; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os01g0622300` (HEME) - identity=73.9; qcov=0.866; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004853 (uroporphyrinogen decarboxylase activity); GO:0006779 (porphyrin-containing compound biosynthetic process)
KEGG	smil00860 (Porphyrin metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01240 (Biosynthesis of cofactors - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF01208 (URO-D)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131012077

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057795970.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	1.00000	`XP_057795970.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057795970.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057795970.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057795970.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:33264749`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C38
`Chr2:33264828`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B10,B8
`Chr2:33264893`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B122
`Chr2:33265074`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	C24,C33,C49,C50,C6
`Chr2:33265674`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D3
`Chr2:33266391`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B117,B30,C24,C33,C50
`Chr2:33267087`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795970.1

411 aa

206

411

URO-D

PF01208 URO-D 56-392 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057795970.1`	Pfam	`PF01208`	URO-D	Domain	56	392	2.5e-117	392.5	Uroporphyrinogen decarboxylase (URO-D)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057939987.1
AAAACTCATAAAATGGTTTATCAATGGTCTGTCTGCCATCAATCACACTCCACTTTCACCTAACAAAACAGAAGTTGAGGCGATAAGGGGCGGGGGACAAATCCAGCGACGACTCACGCACATCACAATTCCTTTGATGGGCTTCTCCACCATTAGCAGTTCCTGCTGCGGTGTGGGCTGGAGATACTCGAGCTTGTTTACGCCCCTGAATTTTGTGCCCGGAAGTTTCAGTGGAGCTGCTTCATCTCAGAAGCAATCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131012077
ATGGGCTTCTCCACCATTAGCAGTTCCTGCTGCGGTGTGGGCTGGAGATACTCGAGCTTGTTTACGCCCCTGAATTTTGTGCCCGGAAGTTTCAGTGGAGCTGCTTCATCTCAGAAGCAATCTCGCATATTCATCTCCGCACACGCTTCTGCTTCTTCATCTGATCCTTTGTTGGTCAAGGCTGCAAGAGGGGAGCTAGTAAACCGACCTCCTGCATGGATGATGCGTCAAGCAGGAAGGTACATGGCTGTTTATAGAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057795970.1
MGFSTISSSCCGVGWRYSSLFTPLNFVPGSFSGAASSQKQSRIFISAHASASSSDPLLVKAARGELVNRPPAWMMRQAGRYMAVYRKLAEKYPSFRERSETTDLIVQISLQPWEAFRPDGVIIFSDILTPLPAFGVPFDIEEVRGPVIQSPIRSEQDLKALHPIDLEQLQFVGDSLKILRKQVGEQAAVLGFVGAPWTIATYIVEGGTTRTYTTIKSMCHTAPALLRSLLSHLTKAIAEYIIYQVESGAHCIQIFDSWGG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器